Станція відкрита 1892 року під час прокладанні відгалуженої дільниці казенної Лозово-Севастопольської залізниці до Феодосії. Розмови про необхідність побудувати дорогу до Феодосійського морського порту велися з 1857 року, проте втілення задуму відбулося лише через 35 років.
В перші роки відкриття руху поїзди курсували до сучасної станції Айвазовська (нині вона знаходиться у межах міста).
З 1892 по 1907 роки станція мала назву Феодосія-Порт, з 1907 по 1952 роки — Сариголь (з кримськотатарського — залізне озеро). У 1952 станція отримала назву на честь художника-мариністаІвана Айвазовського, який майже все життя прожив у Феодосії. Депо при цій станції до 1941 року забезпечувало рух на напрямках у бік Джанкоя та Керчі.