SNRNP200

SNRNP200
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2Q0Z, 4F91, 4F92, 4F93, 4KIT, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRNP200, ASCC3L1, BRR2, HELIC2, RP33, U5-200KD, small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200
Зовнішні ІД	OMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: SNRNP200
Пов'язані генетичні захворювання
retinitis pigmentosa 33
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA binding Клітинна компонента • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • U5 snRNP • нуклеоплазма • spliceosomal complex • клітинне ядро • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • post-mRNA release spliceosomal complex Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • mRNA processing • osteoblast differentiation • cis assembly of pre-catalytic spliceosome • Сплайсинг РНК • spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23020	320632
Ensembl	ENSG00000144028	ENSMUSG00000003660
UniProt	O75643	Q6P4T2
RefSeq (мРНК)	NM_014014	NM_177214
RefSeq (білок)	NP_054733	NP_796188
Локус (UCSC)	Хр. 2: 96.27 – 96.32 Mb	Хр. 2: 127.05 – 127.08 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SNRNP200 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 136 амінокислот, а молекулярна маса — 244 508.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MADVTARSLQ		YEYKANSNLV		LQADRSLIDR		TRRDEPTGEV		LSLVGKLEGT
RMGDKAQRTK		PQMQEERRAK		RRKRDEDRHD		INKMKGYTLL		SEGIDEMVGI
IYKPKTKETR		ETYEVLLSFI		QAALGDQPRD		ILCGAADEVL		AVLKNEKLRD
KERRKEIDLL		LGQTDDTRYH		VLVNLGKKIT		DYGGDKEIQN		MDDNIDETYG
VNVQFESDEE		EGDEDVYGEV		REEASDDDME		GDEAVVRCTL		SANLVASGEL
MSSKKKDLHP		RDIDAFWLQR		QLSRFYDDAI		VSQKKADEVL		EILKTASDDR
ECENQLVLLL		GFNTFDFIKV		LRQHRMMILY		CTLLASAQSE		AEKERIMGKM
EADPELSKFL		YQLHETEKED		LIREERSRRE		RVRQSRMDTD		LETMDLDQGG
EALAPRQVLD		LEDLVFTQGS		HFMANKRCQL		PDGSFRRQRK		GYEEVHVPAL
KPKPFGSEEQ		LLPVEKLPKY		AQAGFEGFKT		LNRIQSKLYR		AALETDENLL
LCAPTGAGKT		NVALMCMLRE		IGKHINMDGT		INVDDFKIIY		IAPMRSLVQE
MVGSFGKRLA		TYGITVAELT		GDHQLCKEEI		SATQIIVCTP		EKWDIITRKG
GERTYTQLVR		LIILDEIHLL		HDDRGPVLEA		LVARAIRNIE		MTQEDVRLIG
LSATLPNYED		VATFLRVDPA		KGLFYFDNSF		RPVPLEQTYV		GITEKKAIKR
FQIMNEIVYE		KIMEHAGKNQ		VLVFVHSRKE		TGKTARAIRD		MCLEKDTLGL
FLREGSASTE		VLRTEAEQCK		NLELKDLLPY		GFAIHHAGMT		RVDRTLVEDL
FADKHIQVLV		STATLAWGVN		LPAHTVIIKG		TQVYSPEKGR		WTELGALDIL
QMLGRAGRPQ		YDTKGEGILI		TSHGELQYYL		SLLNQQLPIE		SQMVSKLPDM
LNAEIVLGNV		QNAKDAVNWL		GYAYLYIRML		RSPTLYGISH		DDLKGDPLLD
QRRLDLVHTA		ALMLDKNNLV		KYDKKTGNFQ		VTELGRIASH		YYITNDTVQT
YNQLLKPTLS		EIELFRVFSL		SSEFKNITVR		EEEKLELQKL		LERVPIPVKE
SIEEPSAKIN		VLLQAFISQL		KLEGFALMAD		MVYVTQSAGR		LMRAIFEIVL
NRGWAQLTDK		TLNLCKMIDK		RMWQSMCPLR		QFRKLPEEVV		KKIEKKNFPF
ERLYDLNHNE		IGELIRMPKM		GKTIHKYVHL		FPKLELSVHL		QPITRSTLKV
ELTITPDFQW		DEKVHGSSEA		FWILVEDVDS		EVILHHEYFL		LKAKYAQDEH
LITFFVPVFE		PLPPQYFIRV		VSDRWLSCET		QLPVSFRHLI		LPEKYPPPTE
LLDLQPLPVS		ALRNSAFESL		YQDKFPFFNP		IQTQVFNTVY		NSDDNVFVGA
PTGSGKTICA		EFAILRMLLQ		SSEGRCVYIT		PMEALAEQVY		MDWYEKFQDR
LNKKVVLLTG		ETSTDLKLLG		KGNIIISTPE		KWDILSRRWK		QRKNVQNINL
FVVDEVHLIG		GENGPVLEVI		CSRMRYISSQ		IERPIRIVAL		SSSLSNAKDV
AHWLGCSATS		TFNFHPNVRP		VPLELHIQGF		NISHTQTRLL		SMAKPVYHAI
TKHSPKKPVI		VFVPSRKQTR		LTAIDILTTC		AADIQRQRFL		HCTEKDLIPY
LEKLSDSTLK		ETLLNGVGYL		HEGLSPMERR		LVEQLFSSGA		IQVVVASRSL
CWGMNVAAHL		VIIMDTQYYN		GKIHAYVDYP		IYDVLQMVGH		ANRPLQDDEG
RCVIMCQGSK		KDFFKKFLYE		PLPVESHLDH		CMHDHFNAEI		VTKTIENKQD
AVDYLTWTFL		YRRMTQNPNY		YNLQGISHRH		LSDHLSELVE		QTLSDLEQSK
CISIEDEMDV		APLNLGMIAA		YYYINYTTIE		LFSMSLNAKT		KVRGLIEIIS
NAAEYENIPI		RHHEDNLLRQ		LAQKVPHKLN		NPKFNDPHVK		TNLLLQAHLS
RMQLSAELQS		DTEEILSKAI		RLIQACVDVL		SSNGWLSPAL		AAMELAQMVT
QAMWSKDSYL		KQLPHFTSEH		IKRCTDKGVE		SVFDIMEMED		EERNALLQLT
DSQIADVARF		CNRYPNIELS		YEVVDKDSIR		SGGPVVVLVQ		LEREEEVTGP
VIAPLFPQKR		EEGWWVVIGD		AKSNSLISIK		RLTLQQKAKV		KLDFVAPATG
AHNYTLYFMS		DAYMGCDQEY		KFSVDVKEAE		TDSDSD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

• Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Laggerbauer B., Achsel T., Luehrmann R. (1998). The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 4188—4192. PMID 9539711 DOI:10.1073/pnas.95.8.4188
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Carrascal M., Ovelleiro D., Casas V., Gay M., Abian J. (2008). Phosphorylation analysis of primary human T lymphocytes using sequential IMAC and titanium oxide enrichment. J. Proteome Res. 7: 5167—5176. PMID 19367720 DOI:10.1021/pr800500r
• Li N., Mei H., MacDonald I.M., Jiao X., Hejtmancik J.F. (2010). Mutations in ASCC3L1 on 2q11.2 are associated with autosomal dominant retinitis pigmentosa in a Chinese family. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 51: 1036—1043. PMID 19710410 DOI:10.1167/iovs.09-3725

Див. також

• Хромосома 2