SNRNP200

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
SNRNP200
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Ідентифікатори
Символи SNRNP200, ASCC3L1, BRR2, HELIC2, RP33, U5-200KD, small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200
Зовнішні ІД OMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: SNRNP200
Пов'язані генетичні захворювання
retinitis pigmentosa 33[1]
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
NM_014014
NM_177214
RefSeq (білок)
NP_054733
NP_796188
Локус (UCSC) Хр. 2: 96.27 – 96.32 Mb Хр. 2: 127.05 – 127.08 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

SNRNP200 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 136 амінокислот, а молекулярна маса — 244 508[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MADVTARSLQYEYKANSNLVLQADRSLIDRTRRDEPTGEVLSLVGKLEGT
RMGDKAQRTKPQMQEERRAKRRKRDEDRHDINKMKGYTLLSEGIDEMVGI
IYKPKTKETRETYEVLLSFIQAALGDQPRDILCGAADEVLAVLKNEKLRD
KERRKEIDLLLGQTDDTRYHVLVNLGKKITDYGGDKEIQNMDDNIDETYG
VNVQFESDEEEGDEDVYGEVREEASDDDMEGDEAVVRCTLSANLVASGEL
MSSKKKDLHPRDIDAFWLQRQLSRFYDDAIVSQKKADEVLEILKTASDDR
ECENQLVLLLGFNTFDFIKVLRQHRMMILYCTLLASAQSEAEKERIMGKM
EADPELSKFLYQLHETEKEDLIREERSRRERVRQSRMDTDLETMDLDQGG
EALAPRQVLDLEDLVFTQGSHFMANKRCQLPDGSFRRQRKGYEEVHVPAL
KPKPFGSEEQLLPVEKLPKYAQAGFEGFKTLNRIQSKLYRAALETDENLL
LCAPTGAGKTNVALMCMLREIGKHINMDGTINVDDFKIIYIAPMRSLVQE
MVGSFGKRLATYGITVAELTGDHQLCKEEISATQIIVCTPEKWDIITRKG
GERTYTQLVRLIILDEIHLLHDDRGPVLEALVARAIRNIEMTQEDVRLIG
LSATLPNYEDVATFLRVDPAKGLFYFDNSFRPVPLEQTYVGITEKKAIKR
FQIMNEIVYEKIMEHAGKNQVLVFVHSRKETGKTARAIRDMCLEKDTLGL
FLREGSASTEVLRTEAEQCKNLELKDLLPYGFAIHHAGMTRVDRTLVEDL
FADKHIQVLVSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQVYSPEKGRWTELGALDIL
QMLGRAGRPQYDTKGEGILITSHGELQYYLSLLNQQLPIESQMVSKLPDM
LNAEIVLGNVQNAKDAVNWLGYAYLYIRMLRSPTLYGISHDDLKGDPLLD
QRRLDLVHTAALMLDKNNLVKYDKKTGNFQVTELGRIASHYYITNDTVQT
YNQLLKPTLSEIELFRVFSLSSEFKNITVREEEKLELQKLLERVPIPVKE
SIEEPSAKINVLLQAFISQLKLEGFALMADMVYVTQSAGRLMRAIFEIVL
NRGWAQLTDKTLNLCKMIDKRMWQSMCPLRQFRKLPEEVVKKIEKKNFPF
ERLYDLNHNEIGELIRMPKMGKTIHKYVHLFPKLELSVHLQPITRSTLKV
ELTITPDFQWDEKVHGSSEAFWILVEDVDSEVILHHEYFLLKAKYAQDEH
LITFFVPVFEPLPPQYFIRVVSDRWLSCETQLPVSFRHLILPEKYPPPTE
LLDLQPLPVSALRNSAFESLYQDKFPFFNPIQTQVFNTVYNSDDNVFVGA
PTGSGKTICAEFAILRMLLQSSEGRCVYITPMEALAEQVYMDWYEKFQDR
LNKKVVLLTGETSTDLKLLGKGNIIISTPEKWDILSRRWKQRKNVQNINL
FVVDEVHLIGGENGPVLEVICSRMRYISSQIERPIRIVALSSSLSNAKDV
AHWLGCSATSTFNFHPNVRPVPLELHIQGFNISHTQTRLLSMAKPVYHAI
TKHSPKKPVIVFVPSRKQTRLTAIDILTTCAADIQRQRFLHCTEKDLIPY
LEKLSDSTLKETLLNGVGYLHEGLSPMERRLVEQLFSSGAIQVVVASRSL
CWGMNVAAHLVIIMDTQYYNGKIHAYVDYPIYDVLQMVGHANRPLQDDEG
RCVIMCQGSKKDFFKKFLYEPLPVESHLDHCMHDHFNAEIVTKTIENKQD
AVDYLTWTFLYRRMTQNPNYYNLQGISHRHLSDHLSELVEQTLSDLEQSK
CISIEDEMDVAPLNLGMIAAYYYINYTTIELFSMSLNAKTKVRGLIEIIS
NAAEYENIPIRHHEDNLLRQLAQKVPHKLNNPKFNDPHVKTNLLLQAHLS
RMQLSAELQSDTEEILSKAIRLIQACVDVLSSNGWLSPALAAMELAQMVT
QAMWSKDSYLKQLPHFTSEHIKRCTDKGVESVFDIMEMEDEERNALLQLT
DSQIADVARFCNRYPNIELSYEVVDKDSIRSGGPVVVLVQLEREEEVTGP
VIAPLFPQKREEGWWVVIGDAKSNSLISIKRLTLQQKAKVKLDFVAPATG
AHNYTLYFMSDAYMGCDQEYKFSVDVKEAETDSDSD

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

[ред. | ред. код]
  • Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Laggerbauer B., Achsel T., Luehrmann R. (1998). The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 4188—4192. PMID 9539711 DOI:10.1073/pnas.95.8.4188
  • Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
  • Carrascal M., Ovelleiro D., Casas V., Gay M., Abian J. (2008). Phosphorylation analysis of primary human T lymphocytes using sequential IMAC and titanium oxide enrichment. J. Proteome Res. 7: 5167—5176. PMID 19367720 DOI:10.1021/pr800500r
  • Li N., Mei H., MacDonald I.M., Jiao X., Hejtmancik J.F. (2010). Mutations in ASCC3L1 on 2q11.2 are associated with autosomal dominant retinitis pigmentosa in a Chinese family. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 51: 1036—1043. PMID 19710410 DOI:10.1167/iovs.09-3725

Примітки

[ред. | ред. код]
  1. Захворювання, генетично пов'язані з SNRNP200 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Human PubMed Reference:.
  3. Mouse PubMed Reference:.
  4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30859 (англ.) . Архів оригіналу за 7 квітня 2016. Процитовано 6 лютого 2017.
  5. UniProt, O75643 (англ.) . Архів оригіналу за 23 листопада 2016. Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

[ред. | ред. код]