CPSF6

CPSF6
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3P5T, 3P6Y, 3Q2S, 3Q2T, 4B4N, 4U0A, 4U0B, 4WYM
Ідентифікатори
Символи	CPSF6, CFIM, CFIM68, HPBRII-4, HPBRII-7, cleavage and polyadenylation specific factor 6, CFIM72
Зовнішні ІД	OMIM: 604979 MGI: 1913948 HomoloGene: 134126 GeneCards: CPSF6
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • RNA binding • nucleic acid binding • ribosomal large subunit binding • exon-exon junction complex binding Клітинна компонента • paraspeckles • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear speck • mRNA cleavage factor complex • perichromatin fibrils • цитоплазма • mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex • interchromatin granule • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • mRNA polyadenylation • mRNA processing • protein tetramerization • positive regulation of RNA export from nucleus • protein heterotetramerization • pre-mRNA cleavage required for polyadenylation • mRNA alternative polyadenylation • messenger ribonucleoprotein complex assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11052	432508
Ensembl	ENSG00000111605	ENSMUSG00000055531
UniProt	Q16630	Q6NVF9
RefSeq (мРНК)	NM_001300947 NM_007007	NM_001013391 NM_001310609
RefSeq (білок)	NP_001287876 NP_008938	NP_001013409 NP_001297538
Локус (UCSC)	Хр. 12: 69.24 – 69.27 Mb	Хр. 10: 117.18 – 117.22 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CPSF6 (англ. Cleavage and polyadenylation specific factor 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 551 амінокислот, а молекулярна маса — 59 210.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MADGVDHIDI		YADVGEEFNQ		EAEYGGHDQI		DLYDDVISPS		ANNGDAPEDR
DYMDTLPPTV		GDDVGKGAAP		NVVYTYTGKR		IALYIGNLTW		WTTDEDLTEA
VHSLGVNDIL		EIKFFENRAN		GQSKGFALVG		VGSEASSKKL		MDLLPKRELH
GQNPVVTPCN		KQFLSQFEMQ		SRKTTQSGQM		SGEGKAGPPG		GSSRAAFPQG
GRGRGRFPGA		VPGGDRFPGP		AGPGGPPPPF		PAGQTPPRPP		LGPPGPPGPP
GPPPPGQVLP		PPLAGPPNRG		DRPPPPVLFP		GQPFGQPPLG		PLPPGPPPPV
PGYGPPPGPP		PPQQGPPPPP		GPFPPRPPGP		LGPPLTLAPP		PHLPGPPPGA
PPPAPHVNPA		FFPPPTNSGM		PTSDSRGPPP		TDPYGRPPPY		DRGDYGPPGR
EMDTARTPLS		EAEFEEIMNR		NRAISSSAIS		RAVSDASAGD		YGSAIETLVT
AISLIKQSKV		SADDRCKVLI		SSLQDCLHGI		ESKSYGSGSR		RERSRERDHS
RSREKSRRHK		SRSRDRHDDY		YRERSRERER		HRDRDRDRDR		ERDREREYRH
R

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Rueegsegger U., Blank D., Keller W. (1998). Human pre-mRNA cleavage factor Im is related to spliceosomal SR proteins and can be reconstituted in vitro from recombinant subunits. Mol. Cell. 1: 243—253. PMID 9659921 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80025-8
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Rueegsegger U., Beyer K., Keller W. (1996). Purification and characterization of human cleavage factor Im involved in the 3' end processing of messenger RNA precursors. J. Biol. Chem. 271: 6107—6113. PMID 8626397 DOI:10.1074/jbc.271.11.6107
• Brown K.M., Gilmartin G.M. (2003). A mechanism for the regulation of pre-mRNA 3' processing by human cleavage factor Im. Mol. Cell. 12: 1467—1476. PMID 14690600 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00453-2
• Dettwiler S., Aringhieri C., Cardinale S., Keller W., Barabino S.M. (2004). Distinct sequence motifs within the 68-kDa subunit of cleavage factor Im mediate RNA binding, protein-protein interactions, and subcellular localization. J. Biol. Chem. 279: 35788—35797. PMID 15169763 DOI:10.1074/jbc.M403927200
• Awasthi S., Alwine J.C. (2003). Association of polyadenylation cleavage factor I with U1 snRNP. RNA. 9: 1400—1409. PMID 14561889 DOI:10.1261/rna.5104603

Див. також

• Хромосома 12