DDX20

DDX20
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2OXC, 3B7G
Ідентифікатори
Символи	DDX20, DP103, GEMIN3, DEAD-box helicase 20
Зовнішні ІД	OMIM: 606168 MGI: 1858415 HomoloGene: 5214 GeneCards: DDX20
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • protein-macromolecule adaptor activity • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • protein domain specific binding • histone deacetylase binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding Клітинна компонента • SMN-Sm protein complex • гіалоплазма • мембрана • transcription repressor complex • Нуклеоплазма • SMN complex • RNA polymerase II transcription repressor complex • Цитоскелет • клітинне ядро • gemini of coiled bodies • цитоплазма • Ядерні тільця • ядерце Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • spliceosomal tri-snRNP complex assembly • mRNA processing • regulation of steroid biosynthetic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Оогенез • spliceosomal snRNP assembly • RNA secondary structure unwinding • Сплайсинг РНК • positive regulation of apoptotic process • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • import into nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11218	53975
Ensembl	ENSG00000064703	ENSMUSG00000027905
UniProt	Q9UHI6	Q9JJY4
RefSeq (мРНК)	NM_007204	NM_017397
RefSeq (білок)	NP_009135	NP_059093
Локус (UCSC)	Хр. 1: 111.75 – 111.78 Mb	Хр. 3: 105.59 – 105.59 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX20 (англ. DEAD-box helicase 20) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 824 амінокислот, а молекулярна маса — 92 241.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAAAFEASGA		LAAVATAMPA		EHVAVQVPAP		EPTPGPVRIL		RTAQDLSSPR
TRTGDVLLAE		PADFESLLLS		RPVLEGLRAA		GFERPSPVQL		KAIPLGRCGL
DLIVQAKSGT		GKTCVFSTIA		LDSLVLENLS		TQILILAPTR		EIAVQIHSVI
TAIGIKMEGL		ECHVFIGGTP		LSQDKTRLKK		CHIAVGSPGR		IKQLIELDYL
NPGSIRLFIL		DEADKLLEEG		SFQEQINWIY		SSLPASKQML		AVSATYPEFL
ANALTKYMRD		PTFVRLNSSD		PSLIGLKQYY		KVVNSYPLAH		KVFEEKTQHL
QELFSRIPFN		QALVFSNLHS		RAQHLADILS		SKGFPAECIS		GNMNQNQRLD
AMAKLKHFHC		RVLISTDLTS		RGIDAEKVNL		VVNLDVPLDW		ETYMHRIGRA
GRFGTLGLTV		TYCCRGEEEN		MMMRIAQKCN		INLLPLPDPI		PSGLMEECVD
WDVEVKAAVH		TYGIASVPNQ		PLKKQIQKIE		RTLQIQKAHG		DHMASSRNNS
VSGLSVKSKN		NTKQKLPVKS		HSECGIIEKA		TSPKELGCDR		QSEEQMKNSV
QTPVENSTNS		QHQVKEALPV		SLPQIPCLSS		FKIHQPYTLT		FAELVEDYEH
YIKEGLEKPV		EIIRHYTGPG		DQTVNPQNGF		VRNKVIEQRV		PVLASSSQSG
DSESDSDSYS		SRTSSQSKGN		KSYLEGSSDN		QLKDSESTPV		DDRISLEQPP
NGSDTPNPEK		YQESPGIQMK		TRLKEGASQR		AKQSRRNLPR		RSSFRLQTEA
QEDDWYDCHR		EIRLSFSDTY		QDYEEYWRAY		YRAWQEYYAA		ASHSYYWNAQ
RHPSWMAAYH		MNTIYLQEMM		HSNQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Narayanan U., Ospina J.K., Frey M.R., Hebert M.D., Matera A.G. (2002). SMN, the spinal muscular atrophy protein, forms a pre-import snRNP complex with snurportin1 and importin beta. Hum. Mol. Genet. 11: 1785—1795. PMID 12095920 DOI:10.1093/hmg/11.15.1785
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Див. також

• Хромосома 1