EXOSC1

EXOSC1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2NN6
Ідентифікатори
Символи	EXOSC1, CGI-108, CSL4, Csl4p, SKI4, Ski4p, hCsl4p, p13, Exosome component 1, PCH1F
Зовнішні ІД	OMIM: 606493 MGI: 1913833 HomoloGene: 9359 GeneCards: EXOSC1
Онтологія гена Молекулярна функція • exoribonuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • nuclear exosome (RNase complex) • ядерце • Екзосома • нуклеоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • regulation of mRNA stability • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • rRNA processing • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51013	66583
Ensembl	ENSG00000171311	ENSMUSG00000034321
UniProt	Q9Y3B2	Q9DAA6
RefSeq (мРНК)	NM_016046 NM_001318362 NM_001318363 NM_001318364 NM_001318365 NM_001318366	NM_001164561 NM_025644 NM_001320231 NM_001320232 NM_001320233
RefSeq (білок)	NP_001305291 NP_001305292 NP_001305293 NP_001305294 NP_001305295 NP_057130	NP_001158033 NP_001307160 NP_001307161 NP_001307162 NP_079920
Локус (UCSC)	Хр. 10: 97.44 – 97.45 Mb	Хр. 19: 41.91 – 41.92 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

EXOSC1 (англ. Exosome component 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 195 амінокислот, а молекулярна маса — 21 452.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAPPVRYCIP		GERLCNLEEG		SPGSGTYTRH		GYIFSSLAGC		LMKSSENGAL
PVVSVVRETE		SQLLPDVGAI		VTCKVSSINS		RFAKVHILYV		GSMPLKNSFR
GTIRKEDVRA		TEKDKVEIYK		SFRPGDIVLA		KVISLGDAQS		NYLLTTAENE
LGVVVAHSES		GIQMVPISWC		EMQCPKTHTK		EFRKVARVQP		EFLQT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як процесінг рРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, екзосомі.

Література

• Lai C.-H., Chou C.-Y., Ch'ang L.-Y., Liu C.-S., Lin W.-C. (2000). Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics. Genome Res. 10: 703—713. PMID 10810093 DOI:10.1101/gr.10.5.703
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Raijmakers R., Vree Egberts W., van Venrooij W.J., Pruijn G.J.M. (2002). Protein-protein interactions between human exosome components support the assembly of RNase PH-type subunits into a six-membered PNPase-like ring. J. Mol. Biol. 323: 653—663. PMID 12419256 DOI:10.1016/S0022-2836(02)00947-6
• Raijmakers R., Noordman Y.E., van Venrooij W.J., Pruijn G.J.M. (2002). Protein-protein interactions of hCsl4p with other human exosome subunits. J. Mol. Biol. 315: 809—818. PMID 11812149 DOI:10.1006/jmbi.2001.5265
• Lehner B., Sanderson C.M. (2004). A protein interaction framework for human mRNA degradation. Genome Res. 14: 1315—1323. PMID 15231747 DOI:10.1101/gr.2122004
• Miyashita M., Oshiumi H., Matsumoto M., Seya T. (2011). DDX60, a DEXD/H box helicase, is a novel antiviral factor promoting RIG-I-like receptor-mediated signaling. Mol. Cell. Biol. 31: 3802—3819. PMID 21791617 DOI:10.1128/MCB.01368-10

Див. також

• Хромосома 10