EXOSC9

EXOSC9
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2NN6
Ідентифікатори
Символи	EXOSC9, PM/Scl-75, PMSCL1, RRP45, Rrp45p, p5, p6, Exosome component 9, PCH1D
Зовнішні ІД	OMIM: 606180 MGI: 1355319 HomoloGene: 3693 GeneCards: EXOSC9
Онтологія гена Молекулярна функція • 3'-5'-exoribonuclease activity • exoribonuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • mRNA 3'-UTR AU-rich region binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • Екзосома • nuclear exosome (RNase complex) • nuclear chromosome • ядерце • екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма • cytoplasmic exosome (RNase complex) Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • regulation of mRNA stability • nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • positive regulation of cell growth • GO:0071049, GO:0071048, GO:0071033 nuclear mRNA surveillance • GO:0046730, GO:0046737, GO:0046738, GO:0046736 імунна відповідь • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • rRNA processing • exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic, 3'-5' • U1 snRNA 3'-end processing • U4 snRNA 3'-end processing • U5 snRNA 3'-end processing • nuclear polyadenylation-dependent tRNA catabolic process • nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process • rRNA catabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5393	50911
Ensembl	ENSG00000123737	ENSMUSG00000027714
UniProt	Q06265	Q9JHI7
RefSeq (мРНК)	NM_001034194 NM_005033	NM_019393
RefSeq (білок)	NP_001029366 NP_005024	NP_062266
Локус (UCSC)	Хр. 4: 121.8 – 121.82 Mb	Хр. 3: 36.61 – 36.62 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

EXOSC9 (англ. Exosome component 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 439 амінокислот, а молекулярна маса — 48 949.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKETPLSNCE		RRFLLRAIEE		KKRLDGRQTY		DYRNIRISFG		TDYGCCIVEL
GKTRVLGQVS		CELVSPKLNR		ATEGILFFNL		ELSQMAAPAF		EPGRQSDLLV
KLNRLMERCL		RNSKCIDTES		LCVVAGEKVW		QIRVDLHLLN		HDGNIIDAAS
IAAIVALCHF		RRPDVSVQGD		EVTLYTPEER		DPVPLSIHHM		PICVSFAFFQ
QGTYLLVDPN		EREERVMDGL		LVIAMNKHRE		ICTIQSSGGI		MLLKDQVLRC
SKIAGVKVAE		ITELILKALE		NDQKVRKEGG		KFGFAESIAN		QRITAFKMEK
APIDTSDVEE		KAEEIIAEAE		PPSEVVSTPV		LWTPGTAQIG		EGVENSWGDL
EDSEKEDDEG		GGDQAIILDG		IKMDTGVEVS		DIGSQDAPII		LSDSEEEEMI
ILEPDKNPKK		IRTQTTSAKQ		EKAPSKKPVK		RRKKKRAAN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесинг рРНК, поліморфізм, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, екзосомі.

Література

• Alderuccio F., Chan E.K.L., Tan E.M. (1991). Molecular characterization of an autoantigen of PM-Scl in the polymyositis/scleroderma overlap syndrome: a unique and complete human cDNA encoding an apparent 75-kD acidic protein of the nucleolar complex. J. Exp. Med. 173: 941—952. PMID 2007859 DOI:10.1084/jem.173.4.941
• Raijmakers R., Egberts W.V., van Venrooij W.J., Pruijn G.J. (2003). The association of the human PM/Scl-75 autoantigen with the exosome is dependent on a newly identified N terminus. J. Biol. Chem. 278: 30698—30704. PMID 12788944 DOI:10.1074/jbc.M302488200
• West S., Gromak N., Norbury C.J., Proudfoot N.J. (2006). Adenylation and exosome-mediated degradation of cotranscriptionally cleaved pre-messenger RNA in human cells. Mol. Cell. 21: 437—443. PMID 16455498 DOI:10.1016/j.molcel.2005.12.008
• van Dijk E.L., Schilders G., Pruijn G.J. (2007). Human cell growth requires a functional cytoplasmic exosome, which is involved in various mRNA decay pathways. RNA. 13: 1027—1035. PMID 17545563 DOI:10.1261/rna.575107
• Richard P., Feng S., Manley J.L. (2013). A SUMO-dependent interaction between Senataxin and the exosome, disrupted in the neurodegenerative disease AOA2, targets the exosome to sites of transcription-induced DNA damage. Genes Dev. 27: 2227—2232. PMID 24105744 DOI:10.1101/gad.224923.113
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Див. також

• Хромосома 4