LDB1

LDB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2XJY, 2XJZ, 2YPA
Ідентифікатори
Символи	LDB1, CLIM2, NLI, CLIM-2, LDB-1, LIM domain binding 1
Зовнішні ІД	OMIM: 603451 MGI: 894762 HomoloGene: 2891 GeneCards: LDB1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • protein homodimerization activity • GO:0001106 transcription corepressor activity • LIM domain binding • chromatin binding • protein self-association • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • enzyme binding • GO:0001104 transcription coregulator activity Клітинна компонента • transcription regulator complex • клітинне ядро • cell leading edge • нуклеоплазма • beta-catenin-TCF complex • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • hair follicle development • transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery • epithelial structure maintenance • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of hemoglobin biosynthetic process • somatic stem cell population maintenance • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • gastrulation with mouth forming second • cerebellar Purkinje cell differentiation • regulation of DNA-templated transcription, elongation • head development • histone H3-K4 acetylation • Wnt signaling pathway • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cerebellum development • negative regulation of erythrocyte differentiation • multicellular organism development • neuron differentiation • anterior/posterior axis specification • cellular component assembly • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of cell adhesion • regulation of focal adhesion assembly • regulation of cell migration • regulation of kinase activity • regulation of hematopoietic stem cell differentiation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	8861	16825
Ensembl	ENSG00000198728	ENSMUSG00000025223
UniProt	Q86U70	P70662
RefSeq (мРНК)	NM_001113407 NM_003893 NM_001321612	NM_001113408 NM_010697 NM_001360336
RefSeq (білок)	NP_001106878 NP_001308541 NP_003884	NP_001106879 NP_034827 NP_001347265
Локус (UCSC)	Хр. 10: 102.11 – 102.12 Mb	Хр. 19: 46.02 – 46.03 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

LDB1 (англ. LIM domain binding 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 411 амінокислот, а молекулярна маса — 46 533.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSVGCACPGC		SSKSFKLYSP		KEPPNGNAFP		PFHPGTMLDR		DVGPTPMYPP
TYLEPGIGRH		TPYGNQTDYR		IFELNKRLQN		WTEECDNLWW		DAFTTEFFED
DAMLTITFCL		EDGPKRYTIG		RTLIPRYFRS		IFEGGATELY		YVLKHPKEAF
HSNFVSLDCD		QGSMVTQHGK		PMFTQVCVEG		RLYLEFMFDD		MMRIKTWHFS
IRQHRELIPR		SILAMHAQDP		QMLDQLSKNI		TRCGLSNSTL		NYLRLCVILE
PMQELMSRHK		TYSLSPRDCL		KTCLFQKWQR		MVAPPAEPTR		QQPSKRRKRK
MSGGSTMSSG		GGNTNNSNSK		KKSPASTFAL		SSQVPDVMVV		GEPTLMGGEF
GDEDERLITR		LENTQFDAAN		GIDDEDSFNN		SPALGANSPW		NSKPPSSQES
KSENPTSQAS		Q

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• Semina E.V., Altherr M.R., Murray J.C. (1998). Cloning and chromosomal localization of two novel human genes encoding LIM-domain binding factors CLIM1 and CLIM2/LDB1/NLI. Mamm. Genome. 9: 921—924. PMID 9799849 DOI:10.1007/s003359900899
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 10