OGFOD1

OGFOD1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4NHX, 4NHY
Ідентифікатори
Символи	OGFOD1, TPA1, 2-oxoglutarate and iron dependent oxygenase domain containing 1
Зовнішні ІД	OMIM: 615857 MGI: 2442978 HomoloGene: 41238 GeneCards: OGFOD1
Онтологія гена Молекулярна функція • 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity • L-ascorbic acid binding • iron ion binding • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • GO:0050602 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen • peptidyl-proline dioxygenase activity • peptidyl-proline 3-dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу Клітинна компонента • cytoplasmic stress granule • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма Біологічний процес • regulation of translational termination • проліферація • peptidyl-proline hydroxylation • protein hydroxylation • stress granule assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55239	270086
Ensembl	ENSG00000087263	ENSMUSG00000033009
UniProt	Q8N543	Q3U0K8
RefSeq (мРНК)	NM_018233 NM_001324357 NM_001324358 NM_001324359 NM_001324360 NM_001324361 NM_001324362 NM_001324363	NM_001093757 NM_177767
RefSeq (білок)	NP_001311286 NP_001311287 NP_001311288 NP_001311289 NP_001311290 NP_001311291 NP_001311292 NP_060703	NP_001087226 NP_808435
Локус (UCSC)	Хр. 16: 56.45 – 56.48 Mb	Хр. 8: 94.76 – 94.79 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

OGFOD1 (англ. 2-oxoglutarate and iron dependent oxygenase domain containing 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 542 амінокислот, а молекулярна маса — 63 246.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNGKRPAEPG		PARVGKKGKK		EVMAEFSDAV		TEETLKKQVA		EAWSRRTPFS
HEVIVMDMDP		FLHCVIPNFI		QSQDFLEGLQ		KELMNLDFHE		KYNDLYKFQQ
SDDLKKRREP		HISTLRKILF		EDFRSWLSDI		SKIDLESTID		MSCAKYEFTD
ALLCHDDELE		GRRIAFILYL		VPPWDRSMGG		TLDLYSIDEH		FQPKQIVKSL
IPSWNKLVFF		EVSPVSFHQV		SEVLSEEKSR		LSISGWFHGP		SLTRPPNYFE
PPIPRSPHIP		QDHEILYDWI		NPTYLDMDYQ		VQIQEEFEES		SEILLKEFLK
PEKFTKVCEA		LEHGHVEWSS		RGPPNKRFYE		KAEESKLPEI		LKECMKLFRS
EALFLLLSNF		TGLKLHFLAP		SEEDEMNDKK		EAETTDITEE		GTSHSPPEPE
NNQMAISNNS		QQSNEQTDPE		PEENETKKES		SVPMCQGELR		HWKTGHYTLI
HDHSKAEFAL		DLILYCGCEG		WEPEYGGFTS		YIAKGEDEEL		LTVNPESNSL
ALVYRDRETL		KFVKHINHRS		LEQKKTFPNR		TGFWDFSFIY		YE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до оксидоредуктаз. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном заліза. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Nakayama M., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 273—281. PMID 10997877 DOI:10.1093/dnares/7.4.271
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Saito K., Adachi N., Koyama H., Matsushita M. (2010). OGFOD1, a member of the 2-oxoglutarate and iron dependent dioxygenase family, functions in ischemic signaling. FEBS Lett. 584: 3340—3347. PMID 20579638 DOI:10.1016/j.febslet.2010.06.015
• Wehner K.A., Schutz S., Sarnow P. (2010). OGFOD1, a novel modulator of eukaryotic translation initiation factor 2alpha phosphorylation and the cellular response to stress. Mol. Cell. Biol. 30: 2006—2016. PMID 20154146 DOI:10.1128/MCB.01350-09
• Ahmad Y., Boisvert F.M., Lundberg E., Uhlen M., Lamond A.I. (2012). Systematic analysis of protein pools, isoforms, and modifications affecting turnover and subcellular localization. Mol. Cell. Proteomics. 11: M111.013680.01 — M111.013680.15. PMID 22002106 DOI:10.1074/mcp.M111.013680

Див. також

• Хромосома 16