PHF12

PHF12
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2L9S, 2LKM
Ідентифікатори
Символи	PHF12, PF1, PHD finger protein 12
Зовнішні ІД	MGI: 1924057 HomoloGene: 10841 GeneCards: PHF12
Онтологія гена Молекулярна функція • transcription corepressor binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • phosphatidylinositol binding • зв'язування з іоном металу Клітинна компонента • transcription repressor complex • Sin3 complex • клітинне ядро • Нуклеоплазма • Sin3-type complex Біологічний процес • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	57649	268448
Ensembl	ENSG00000109118	ENSMUSG00000037791
UniProt	Q96QT6	Q5SPL2
RefSeq (мРНК)	NM_001033561 NM_001290131 NM_020889	NM_174852
RefSeq (білок)	NP_001028733 NP_001277060 NP_065940	NP_777277
Локус (UCSC)	Хр. 17: 28.91 – 28.95 Mb	Хр. 11: 77.87 – 77.92 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PHF12 (англ. PHD finger protein 12) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 004 амінокислот, а молекулярна маса — 109 698.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MWEKMETKTI		VYDLDTSGGL		MEQIQALLAP		PKTDEAEKRS		RKPEKEPRRS
GRATNHDSCD		SCKEGGDLLC		CDHCPAAFHL		QCCNPPLSEE		MLPPGEWMCH
RCTVRRKKRE		QKKELGHVNG		LVDKSGKRTT		SPSSDTDLLD		RSASKTELKA
IAHARILERR		ASRPGTPTSS		ASTETPTSEQ		NDVDEDIIDV		DEEPVAAEPD
YVQPQLRRPF		ELLIAAAMER		NPTQFQLPNE		LTCTTALPGS		SKRRRKEETT
GKNVKKTQHE		LDHNGLVPLP		VKVCFTCNRS		CRVAPLIQCD		YCPLLFHMDC
LEPPLTAMPL		GRWMCPNHIE		HVVLNQKNMT		LSNRCQVFDR		FQDTVSQHVV
KVDFLNRIHK		KHPPNRRVLQ		SVKRRSLKVP		DAIKSQYQFP		PPLIAPAAIR
DGELICNGIP		EESQMHLLNS		EHLATQAEQQ		EWLCSVVALQ		CSILKHLSAK
QMPSHWDSEQ		TEKADIKPVI		VTDSSVTTSL		QTADKTPTPS		HYPLSCPSGI
STQNSLSCSP		PHQSPALEDI		GCSSCAEKSK		KTPCGTANGP		VNTEVKANGP
HLYSSPTDST		DPRRLPGANT		PLPGLSHRQG		WPRPLTPPAA		GGLQNHTVGI
IVKTENATGP		SSCPQRSLVP		VPSLPPSIPS		SCASIENTST		LQRKTVQSQI
GPPLTDSRPL		GSPPNATRVL		TPPQAAGDGI		LATTANQRFS		SPAPSSDGKV
SPGTLSIGSA		LTVPSFPANS		TAMVDLTNSL		RAFMDVNGEI		EINMLDEKLI
KFLALQRIHQ		LFPSRVQPSP		GSVGTHQLAS		GGHHIEVQRK		EVQARAVFYP
LLGLGGAVNM		CYRTLYIGTG		ADMDVCLTNY		GHCNYVSGKH		ACIFYDENTK
HYELLNYSEH		GTTVDNVLYS		CDFSEKTPPT		PPSSIVAKVQ		SVIRRRRHQK
QDEEPSEEAA		MMSSQAQGPQ		RRPCNCKASS		SSLIGGSGAG		WEGTALLHHG
SYIKLGCLQF		VFSITEFATK		QPKGDASLLQ		DGVLAEKLSL		KPHQGPVLRS
NSVP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

• Yochum G.S., Ayer D.E. (2001). Pf1, a novel PHD zinc finger protein that links the TLE corepressor to the mSin3A-histone deacetylase complex. Mol. Cell. Biol. 21: 4110—4118. PMID 11390640 DOI:10.1128/MCB.21.13.4110-4118.2001
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
• Kaadige M.R., Ayer D.E. (2006). The polybasic region that follows the plant homeodomain zinc finger 1 of Pf1 is necessary and sufficient for specific phosphoinositide binding. J. Biol. Chem. 281: 28831—28836. PMID 16893883 DOI:10.1074/jbc.M605624200
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 17