SHPRH

SHPRH
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2M85, 4QN1
Ідентифікатори
Символи	SHPRH, bA545I5.2, SNF2 histone linker PHD RING helicase, RAD5
Зовнішні ІД	OMIM: 608048 MGI: 1917581 HomoloGene: 6489 GeneCards: SHPRH
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • ubiquitin protein ligase binding • transferase activity • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity Клітинна компонента • Нуклеосома • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • nucleosome assembly • protein polyubiquitination • GO:0100026 Репарація ДНК • cellular response to DNA damage stimulus • Убіквітин-залежний протеоліз Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	257218	268281
Ensembl	ENSG00000146414	ENSMUSG00000090112
UniProt	Q149N8	Q7TPQ3
RefSeq (мРНК)	NM_001042683 NM_173082 NM_001370327 NM_001370328	NM_001077707 NM_001284354 NM_172937
RefSeq (білок)	NP_001036148 NP_775105 NP_001357256 NP_001357257	NP_001071175 NP_001271283 NP_766525
Локус (UCSC)	Хр. 6: 145.86 – 145.96 Mb	Хр. 10: 11.03 – 11.09 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SHPRH (англ. SNF2 histone linker PHD RING helicase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 683 амінокислот, а молекулярна маса — 193 079.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSSRRKRAPP		VRVDEEKRQQ		LHWNMHEDRR		NEPIIISDDD		EQPCPGSDTS
SAHYIILSDS		LKEEVAHRDK		KRCSKVVSFS		KPIEKEETVG		IFSPLSVKLN
IVISPYHFDN		SWKAFLGELT		LQLLPAQSLI		ENFSERSITL		MSSESSNQFL
IYVHSKGEDV		EKQKKEPMSI		CDKGILVESS		FSGEMLEDLG		WLQKKRRIKL
YQKPEGNHII		KVGIYLLEAG		LAKLDFLSDA		NSRMKKFNQL		MKKVMEKLHN
SIIPDVLEED		EDDPESEPEG		QDIDELYHFV		KQTHQQETQS		IQVDVQHPAL
IPVLRPYQRE		AVNWMLQQEC		FRSSPATESA		LHFLWREIVT		SEGLKLYYNP
YTGCIIREYP		NSGPQLLGGI		LADEMGLGKT		VEVLALILTH		TRQDVKQDAL
TLPEGKVVNY		FIPSHYFGGK		LKKTEIQNIE		FEPKEKVQCP		PTRVMILTAV
KEMNGKKGVS		ILSIYKYVSS		IYRYDVQRNR		SLLKRMLKCL		IFEGLVKQIK
GHGFSGTFTL		GKNYKEEDIC		DKTKKQAVGS		PRKIQKETRK		SGNKDTDSEY
LPSDTSDDDD		DPYYYYYKSR		RNRSKLRKKL		VPSTKKGKSQ		PFINPDSQGH
CPATSDSGIT		DVAMSKSTCI		SEFNQEHETE		DCAESLNHAD		SDVPPSNTMS
PFNTSDYRFE		CICGELDQID		RKPRVQCLKC		HLWQHAKCVN		YDEKNLKIKP
FYCPHCLVAM		EPVSTRATLI		ISPSSICHQW		VDEINRHVRS		SSLRVLVYQG
VKKDGFLQPH		FLAEQDIVII		TYDVLRSELN		YVDIPHSNSE		DGRRLRNQKR
YMAIPSPLVA		VEWWRICLDE		AQMVECPTVK		AAEMAQRLSG		INRWCISGTP
VQRGLEDLFG		LVVFLGIEPY		CVKHWWVRLL		YRPYCKKNPQ		HLYSFIAKIL
WRSAKKDVID		QIQIPPQTEE		IHWLHFSPVE		RHFYHRQHEV		CCQDVVVKLR
KISDWALKLS		SLDRRTVTSI		LYPLLRLRQA		CCHPQAVRGE		FLPLQKSTMT
MEELLTSLQK		KCGTECEEAH		RQLVCALNGL		AGIHIIKGEY		ALAAELYREV
LRSSEEHKGK		LKTDSLQRLH		ATHNLMELLI		ARHPGIPPTL		RDGRLEEEAK
QLREHYMSKC		NTEVAEAQQA		LYPVQQTIHE		LQRKIHSNSP		WWLNVIHRAI
EFTIDEELVQ		RVRNEITSNY		KQQTGKLSMS		EKFRDCRGLQ		FLLTTQMEEL
NKCQKLVREA		VKNLEGPPSR		NVIESATVCH		LRPARLPLNC		CVFCKADELF
TEYESKLFSN		TVKGQTAIFE		EMIEDEEGLV		DDRAPTTTRG		LWAISETERS
MKAILSFAKS		HRFDVEFVDE		GSTSMDLFEA		WKKEYKLLHE		YWMALRNRVS
AVDELAMATE		RLRVRDPREP		KPNPPVLHII		EPHEVEQNRI		KLLNDKAVAT
SQLQKKLGQL		LYLTNLEKSQ		DKTSGGVNPE		PCPICARQLG		KQWAVLTCGH
CFCNECISII		IEQYSVGSHR		SSIKCAICRQ		TTSHKEISYV		FTSEKANQEE
DIPVKGSHST		KVEAVVRTLM		KIQLRDPGAK		ALVFSTWQDV		LDIISKALTD
NNMEFAQISR		VKTFQENLSA		FKRDPQINIL		LLPLHTGSNG		LTIIEATHVL
LVEPILNPAH		ELQAIGRVHR		IGQTKPTIVH		RFLIKATIEE		RMQAMLKTAE
RSHTNSSAKH		SEASVLTVAD		LADLFTKETE		ELE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 6