SLBP

SLBP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2KJM, 4QOZ
Ідентифікатори
Символи	SLBP, HBP, stem-loop binding protein
Зовнішні ІД	OMIM: 602422 MGI: 108402 HomoloGene: 31389 GeneCards: SLBP
Онтологія гена Молекулярна функція • histone pre-mRNA DCP binding • histone pre-mRNA stem-loop binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • RNA binding • identical protein binding Клітинна компонента • цитоплазма • histone pre-mRNA 3'end processing complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • ядерце • гіалоплазма • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage • mRNA processing • mRNA export from nucleus • nuclear DNA replication • histone mRNA metabolic process • cell cycle phase transition Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	7884	20492
Ensembl	ENSG00000163950	ENSMUSG00000004642
UniProt	Q14493 Q53XR2	P97440
RefSeq (мРНК)	NM_001306074 NM_001306075 NM_006527	NM_001289724 NM_001289725 NM_009193
RefSeq (білок)	NP_001293003 NP_001293004 NP_006518 NP_006518.1	NP_001276653 NP_001276654 NP_033219
Локус (UCSC)	Хр. 4: 1.69 – 1.71 Mb	Хр. 5: 33.79 – 33.81 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SLBP (англ. Stem-loop binding protein) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 270 амінокислот, а молекулярна маса — 31 286.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MACRPRSPPR		HQSRCDGDAS		PPSPARWSLG		RKRRADGRRW		RPEDAEEAEH
RGAERRPESF		TTPEGPKPRS		RCSDWASAVE		EDEMRTRVNK		EMARYKRKLL
INDFGRERKS		SSGSSDSKES		MSTVPADFET		DESVLMRRQK		QINYGKNTIA
YDRYIKEVPR		HLRQPGIHPK		TPNKFKKYSR		RSWDQQIKLW		KVALHFWDPP
AEEGCDLQEI		HPVDLESAES		SSEPQTSSQD		DFDVYSGTPT		KVRHMDSQVE
DEFDLEACLT		EPLRDFSAMS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рибонуклеопротеїнів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Wang Z.-F., Whitfield M.L., Ingledue T.C. III, Dominski Z., Marzluff W.F. (1996). The protein that binds the 3' end of histone mRNA: a novel RNA-binding protein required for histone pre-mRNA processing. Genes Dev. 10: 3028—3040. PMID 8957003 DOI:10.1101/gad.10.23.3028
• Martin F., Schaller A., Eglite S., Schuemperli D., Mueller B. (1997). The gene for histone RNA hairpin binding protein is located on human chromosome 4 and encodes a novel type of RNA binding protein. EMBO J. 16: 769—778. PMID 9049306 DOI:10.1093/emboj/16.4.769
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Dominski Z., Erkmann J.A., Yang X., Sanchez R., Marzluff W.F. (2002). A novel zinc finger protein is associated with U7 snRNP and interacts with the stem-loop binding protein in the histone pre-mRNP to stimulate 3'-end processing. Genes Dev. 16: 58—71. PMID 11782445 DOI:10.1101/gad.932302
• Kaygun H., Marzluff W.F. (2005). Regulated degradation of replication-dependent histone mRNAs requires both ATR and Upf1. Nat. Struct. Mol. Biol. 12: 794—800. PMID 16086026 DOI:10.1038/nsmb972
• Yang X.-C., Purdy M., Marzluff W.F., Dominski Z. (2006). Characterization of 3'hExo, a 3' exonuclease specifically interacting with the 3' end of histone mRNA. J. Biol. Chem. 281: 30447—30454. PMID 16912046 DOI:10.1074/jbc.M602947200

Див. також

• Хромосома 4