SMARCD1

SMARCD1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1UHR
Ідентифікатори
Символи	SMARCD1, BAF60A, CRACD1, Rsc6p, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1, CSS11
Зовнішні ІД	OMIM: 601735 MGI: 1933623 HomoloGene: 20670 GeneCards: SMARCD1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0032947 molecular adaptor activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • signaling receptor binding Клітинна компонента • npBAF complex • nBAF complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • внутрішньоклітинна мембранна органела • SWI/SNF complex Біологічний процес • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину • nucleosome disassembly • cellular response to fatty acid • нейробіологія розвитку • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6602	83797
Ensembl	ENSG00000066117	ENSMUSG00000023018
UniProt	Q96GM5	Q61466
RefSeq (мРНК)	NM_003076 NM_139071	NM_031842
RefSeq (білок)	NP_003067 NP_620710	NP_114030
Локус (UCSC)	Хр. 12: 50.09 – 50.1 Mb	Хр. 15: 99.6 – 99.61 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SMARCD1 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 515 амінокислот, а молекулярна маса — 58 233.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAARAGFQSV		APSGGAGASG		GAGAAAALGP		GGTPGPPVRM		GPAPGQGLYR
SPMPGAAYPR		PGMLPGSRMT		PQGPSMGPPG		YGGNPSVRPG		LAQSGMDQSR
KRPAPQQIQQ		VQQQAVQNRN		HNAKKKKMAD		KILPQRIREL		VPESQAYMDL
LAFERKLDQT		IMRKRLDIQE		ALKRPIKQKR		KLRIFISNTF		NPAKSDAEDG
EGTVASWELR		VEGRLLEDSA		LSKYDATKQK		RKFSSFFKSL		VIELDKDLYG
PDNHLVEWHR		TATTQETDGF		QVKRPGDVNV		RCTVLLMLDY		QPPQFKLDPR
LARLLGIHTQ		TRPVIIQALW		QYIKTHKLQD		PHEREFVICD		KYLQQIFESQ
RMKFSEIPQR		LHALLMPPEP		IIINHVISVD		PNDQKKTACY		DIDVEVDDTL
KTQMNSFLLS		TASQQEIATL		DNKIHETIET		INQLKTQREF		MLSFARDPQG
FINDWLQSQC		RDLKTMTDVV		GNPEEERRAE		FYFQPWAQEA		VCRYFYSKVQ
QRRQELEQAL		GIRNT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як нейрогенез, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Koszewski N.J., Henry K.W., Lubert E.J., Gravatte H., Noonan D.J. (2003). Use of a modified yeast one-hybrid screen to identify BAF60a interactions with the Vitamin D receptor heterodimer. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 87: 223—231. PMID 14698202 DOI:10.1016/j.jsbmb.2003.09.006
• Hsiao P.W., Fryer C.J., Trotter K.W., Wang W., Archer T.K. (2003). BAF60a mediates critical interactions between nuclear receptors and the BRG1 chromatin-remodeling complex for transactivation. Mol. Cell. Biol. 23: 6210—6220. PMID 12917342 DOI:10.1128/MCB.23.17.6210-6220.2003

Див. також

• Хромосома 12