SMPD4

SMPD4
Ідентифікатори
Символи	SMPD4, NET13, NSMASE-3, NSMASE3, sphingomyelin phosphodiesterase 4, SKNY, NEDMABA, NEDMEBA
Зовнішні ІД	OMIM: 610457 MGI: 1924876 HomoloGene: 9813 GeneCards: SMPD4
Онтологія гена Молекулярна функція • sphingomyelin phosphodiesterase activity • hydrolase activity • зв'язування з іоном металу • sphingomyelin phosphodiesterase D activity Клітинна компонента • integral component of membrane • Golgi membrane • trans-Golgi network • комплекс Ґольджі • endoplasmic reticulum membrane • ендоплазматичний ретикулум • мембрана Біологічний процес • ceramide biosynthetic process • cellular response to tumor necrosis factor • sphingomyelin catabolic process • glycosphingolipid metabolic process • glycerophospholipid catabolic process • обмін речовин Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55627	77626
Ensembl	ENSG00000136699	ENSMUSG00000005899
UniProt	Q9NXE4	Q6ZPR5
RefSeq (мРНК)	NM_001171083 NM_001171084 NM_017751 NM_017951	NM_001164609 NM_001164610 NM_001164611 NM_029945
RefSeq (білок)	NP_001164554 NP_060221 NP_060421 NP_060421.2	NP_001158081 NP_001158082 NP_001158083 NP_084221
Локус (UCSC)	Хр. 2: 130.15 – 130.18 Mb	Хр. 16: 17.44 – 17.46 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SMPD4 (англ. Sphingomyelin phosphodiesterase 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 827 амінокислот, а молекулярна маса — 93 352.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAFPHLQQPS		FLLASLKADS		INKPFAQQCQ		DLVKVIEDFP		AKELHTIFPW
LVESIFGSLD		GVLVGWNLRC		LQGRVNPVEY		SIVMEFLDPG		GPMMKLVYKL
QAEDYKFDFP		VSYLPGPVKA		SIQECILPDS		PLYHNKVQFT		PTGGLGLNLA
LNPFEYYIFF		FALSLITQKP		LPVSLHVRTS		DCAYFILVDR		YLSWFLPTEG
SVPPPLSSSP		GGTSPSPPPR		TPAIPFASYG		LHHTSLLKRH		ISHQTSVNAD
PASHEIWRSE		TLLQVFVEMW		LHHYSLEMYQ		KMQSPHAKLE		VLHYRLSVSS
ALYSPAQPSL		QALHAYQESF		TPTEEHVLVV		RLLLKHLHAF		ANSLKPEQAS
PSAHSHATSP		LEEFKRAAVP		RFVQQKLYLF		LQHCFGHWPL		DASFRAVLEM
WLSYLQPWRY		APDKQAPGSD		SQPRCVSEKW		APFVQENLLM		YTKLFVGFLN
RALRTDLVSP		KHALMVFRVA		KVFAQPNLAE		MIQKGEQLFL		EPELVIPHRQ
HRLFTAPTFT		GSFLSPWPPA		VTDASFKVKS		HVYSLEGQDC		KYTPMFGPEA
RTLVLRLAQL		ITQAKHTAKS		ISDQCAESPA		GHSFLSWLGF		SSMDTNGSYT
ANDLDEMGQD		SVRKTDEYLE		KALEYLRQIF		RLSEAQLRQF		TLALGTTQDE
NGKKQLPDCI		VGEDGLILTP		LGRYQIINGL		RRFEIEYQGD		PELQPIRSYE
IASLVRTLFR		LSSAINHRFA		GQMAALCSRD		DFLGSFCRYH		LTEPGLASRH
LLSPVGRRQV		AGHTRGPRLS		LRFLGSYRTL		VSLLLAFFVA		SLFCVGPLPC
TLLLTLGYVL		YASAMTLLTE		RGKLHQP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном магнію. Локалізований у мембрані, ендоплазматичному ретикулумі, апараті гольджі.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 65—73. PMID 10718198 DOI:10.1093/dnares/7.1.65
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Krut O., Wiegmann K., Kashkar H., Yazdanpanah B., Kroenke M. (2006). Novel tumor necrosis factor-responsive mammalian neutral sphingomyelinase-3 is a C-tail-anchored protein. J. Biol. Chem. 281: 13784—13793. PMID 16517606 DOI:10.1074/jbc.M511306200

Див. також

• Хромосома 2