SNRNP40

SNRNP40
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3JCR
Ідентифікатори
Символи	SNRNP40, 40K, HPRP8BP, PRP8BP, PRPF8BP, SPF38, WDR57, small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 40
Зовнішні ІД	OMIM: 607797 MGI: 1913835 HomoloGene: 3538 GeneCards: SNRNP40
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex • U5 snRNP • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • precatalytic spliceosome • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear speck • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA splicing, via spliceosome • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • Сплайсинг РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9410	66585
Ensembl	ENSG00000060688	ENSMUSG00000074088
UniProt	Q96DI7	Q6PE01
RefSeq (мРНК)	NM_004814	NM_025645
RefSeq (білок)	NP_004805	NP_079921
Локус (UCSC)	Хр. 1: 31.26 – 31.3 Mb	Хр. 4: 130.25 – 130.28 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SNRNP40 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 40) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 357 амінокислот, а молекулярна маса — 39 311.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MIEQQKRKGP		ELPLVPVKRQ		RHELLLGAGS		GPGAGQQQAT		PGALLQAGPP
RCSSLQAPIM		LLSGHEGEVY		CCKFHPNGST		LASAGFDRLI		LLWNVYGDCD
NYATLKGHSG		AVMELHYNTD		GSMLFSASTD		KTVAVWDSET		GERVKRLKGH
TSFVNSCYPA		RRGPQLVCTG		SDDGTVKLWD		IRKKAAIQTF		QNTYQVLAVT
FNDTSDQIIS		GGIDNDIKVW		DLRQNKLTYT		MRGHADSVTG		LSLSSEGSYL
LSNAMDNTVR		VWDVRPFAPK		ERCVKIFQGN		VHNFEKNLLR		CSWSPDGSKI
AAGSADRFVY		VWDTTSRRIL		YKLPGHAGSI		NEVAFHPDEP		IIISASSDKR
LYMGEIQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luehrmann R. (1998). The human U5-220kD protein (hPrp8) forms a stable RNA-free complex with several U5-specific proteins, including an RNA unwindase, a homologue of ribosomal elongation factor EF-2, and a novel WD-40 protein. Mol. Cell. Biol. 18: 6756—6766. PMID 9774689 DOI:10.1128/MCB.18.11.6756
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406

Див. також

• Хромосома 1