SRRM1

SRRM1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1MP1
Ідентифікатори
Символи	SRRM1, 160-KD, POP101, SRM160, serine and arginine repetitive matrix 1
Зовнішні ІД	OMIM: 605975 MGI: 1858303 HomoloGene: 136796 GeneCards: SRRM1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • nuclear matrix • гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear speck Біологічний процес • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA processing • mRNA 3'-end processing • mRNA export from nucleus • Сплайсинг РНК • RNA export from nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10250	51796
Ensembl	ENSG00000133226	ENSMUSG00000028809
UniProt	Q8IYB3	Q52KI8
RefSeq (мРНК)	NM_001303448 NM_001303449 NM_005839	NM_001130477 NM_016799 NM_001369067 NM_001369068 NM_001369069 NM_001369070 NM_001369071 NM_001369072 NM_001369073 NM_001369074
RefSeq (білок)	NP_001290377 NP_001290378 NP_005830 NP_001353494 NP_001353495 NP_001353496 NP_001353497 NP_001353498 NP_001353499 NP_001353500 NP_001353501 NP_001353502 NP_001353504 NP_001353505 NP_001353506 NP_001353507 NP_001353510 NP_001353511 NP_001353513 NP_001353514 NP_001353515 NP_001353516 NP_001353517 NP_001353518 NP_001353519 NP_001353520 NP_001353521 NP_001353522 NP_001353523 NP_001353524 NP_001353525 NP_001353526 NP_001353527 NP_001353528 NP_001353529	NP_001123949 NP_058079 NP_001355996 NP_001355997 NP_001355998 NP_001355999 NP_001356000 NP_001356001 NP_001356002 NP_001356003
Локус (UCSC)	Хр. 1: 24.63 – 24.67 Mb	Хр. 4: 135.32 – 135.35 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SRRM1 (англ. Serine and arginine repetitive matrix 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 904 амінокислот, а молекулярна маса — 102 335.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDAGFFRGTS		AEQDNRFSNK		QKKLLKQLKF		AECLEKKVDM		SKVNLEVIKP
WITKRVTEIL		GFEDDVVIEF		IFNQLEVKNP		DSKMMQINLT		GFLNGKNARE
FMGELWPLLL		SAQENIAGIP		SAFLELKKEE		IKQRQIEQEK		LASMKKQDED
KDKRDKEEKE		SSREKRERSR		SPRRRKSRSP		SPRRRSSPVR		RERKRSHSRS
PRHRTKSRSP		SPAPEKKEKT		PELPEPSVKV		KEPSVQEATS		TSDILKVPKP
EPIPEPKEPS		PEKNSKKEKE		KEKTRPRSRS		RSKSRSRTRS		RSPSHTRPRR
RHRSRSRSYS		PRRRPSPRRR		PSPRRRTPPR		RMPPPPRHRR		SRSPVRRRRR
SSASLSGSSS		SSSSSRSRSP		PKKPPKRTSS		PPRKTRRLSP		SASPPRRRHR
PSPPATPPPK		TRHSPTPQQS		NRTRKSRVSV		SPGRTSGKVT		KHKGTEKRES
PSPAPKPRKV		ELSESEEDKG		GKMAAADSVQ		QRRQYRRQNQ		QSSSDSGSSS
SSEDERPKRS		HVKNGEVGRR		RRHSPSRSAS		PSPRKRQKET		SPRGRRRRSP
SPPPTRRRRS		PSPAPPPRRR		RTPTPPPRRR		TPSPPPRRRS		PSPRRYSPPI
QRRYSPSPPP		KRRTASPPPP		PKRRASPSPP		PKRRVSHSPP		PKQRSSPVTK
RRSPSLSSKH		RKGSSPSRST		REARSPQPNK		RHSPSPRPRA		PQTSSSPPPV
RRGASSSPQR		RQSPSPSTRP		IRRVSRTPEP		KKIKKAASPS		PQSVRRVSSS
RSVSGSPEPA		AKKPPAPPSP		VQSQSPSTNW		SPAVPVKKAK		SPTPSPSPPR
NSDQEGGGKK		KKKKKDKKHK		KDKKHKKHKK		HKKEKAVAAA		AAAAVTPAAI
AAATTTLAQE		EPVAAPEPKK		ETESEAEDNL		DDLEKHLREK		ALRSMRKAQV
SPQS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Blencowe B.J., Issner R., Nickerson J.A., Sharp P.A. (1998). A coactivator of pre-mRNA splicing. Genes Dev. 12: 996—1009. PMID 9531537 DOI:10.1101/gad.12.7.996
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Eldridge A.G., Li Y., Sharp P.A., Blencowe B.J. (1999). The SRm160/300 splicing coactivator is required for exon-enhancer function. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 6125—6130. PMID 10339552 DOI:10.1073/pnas.96.11.6125
• Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 DOI:10.1093/emboj/19.24.6860
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
• Lejeune F., Ishigaki Y., Li X., Maquat L.E. (2002). The exon junction complex is detected on CBP80-bound but not eIF4E-bound mRNA in mammalian cells: dynamics of mRNP remodeling. EMBO J. 21: 3536—3545. PMID 12093754 DOI:10.1093/emboj/cdf345

Див. також

• Хромосома 1