TDP1

TDP1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1JY1, 1MU7, 1MU9, 1NOP, 1QZQ, 1RFF, 1RFI, 1RG1, 1RG2, 1RGT, 1RGU, 1RH0
Ідентифікатори
Символи	TDP1, tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
Зовнішні ІД	OMIM: 607198 MGI: 1920036 HomoloGene: 5424 GeneCards: TDP1
Пов'язані генетичні захворювання
spinocerebellar ataxia type 1 with axonal neuropathy
Онтологія гена Молекулярна функція • phosphoric diester hydrolase activity • single-stranded DNA binding • nuclease activity • double-stranded DNA binding • 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity • exonuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity Клітинна компонента • цитоплазма • клітинна мембрана • внутрішньоклітинна мембранна органела • клітинне ядро Біологічний процес • single strand break repair • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • cellular response to DNA damage stimulus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55775	104884
Ensembl	ENSG00000042088	ENSMUSG00000021177
UniProt	Q9NUW8	Q8BJ37
RefSeq (мРНК)	NM_001008744 NM_018319 NM_001330205	NM_028354
RefSeq (білок)	NP_001008744 NP_001317134 NP_060789	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 14: 89.95 – 90.04 Mb	Хр. 12: 99.88 – 99.96 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

TDP1 (англ. Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 608 амінокислот, а молекулярна маса — 68 420.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSQEGDYGRW		TISSSDESEE		EKPKPDKPST		SSLLCARQGA		ANEPRYTCSE
AQKAAHKRKI		SPVKFSNTDS		VLPPKRQKSG		SQEDLGWCLS		SSDDELQPEM
PQKQAEKVVI		KKEKDISAPN		DGTAQRTENH		GAPACHRLKE		EEDEYETSGE
GQDIWDMLDK		GNPFQFYLTR		VSGVKPKYNS		GALHIKDILS		PLFGTLVSSA
QFNYCFDVDW		LVKQYPPEFR		KKPILLVHGD		KREAKAHLHA		QAKPYENISL
CQAKLDIAFG		THHTKMMLLL		YEEGLRVVIH		TSNLIHADWH		QKTQGIWLSP
LYPRIADGTH		KSGESPTHFK		ADLISYLMAY		NAPSLKEWID		VIHKHDLSET
NVYLIGSTPG		RFQGSQKDNW		GHFRLKKLLK		DHASSMPNAE		SWPVVGQFSS
VGSLGADESK		WLCSEFKESM		LTLGKESKTP		GKSSVPLYLI		YPSVENVRTS
LEGYPAGGSL		PYSIQTAEKQ		NWLHSYFHKW		SAETSGRSNA		MPHIKTYMRP
SPDFSKIAWF		LVTSANLSKA		AWGALEKNGT		QLMIRSYELG		VLFLPSAFGL
DSFKVKQKFF		AGSQEPMATF		PVPYDLPPEL		YGSKDRPWIW		NIPYVKAPDT
HGNMWVPS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Pouliot J.J., Yao K.C., Robertson C.A., Nash H.A. (1999). Yeast gene for a Tyr-DNA phosphodiesterase that repairs topoisomerase I complexes. Science. 286: 552—555. PMID 10521354 DOI:10.1126/science.286.5439.552
• Interthal H., Pouliot J.J., Champoux J.J. (2001). The tyrosyl-DNA phosphodiesterase Tdp1 is a member of the phospholipase D superfamily. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 12009—12014. PMID 11572945 DOI:10.1073/pnas.211429198
• Raymond A.C., Rideout M.C., Staker B., Hjerrild K., Burgin A.B. Jr. (2004). Analysis of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase I catalytic residues. J. Mol. Biol. 338: 895—906. PMID 15111055 DOI:10.1016/j.jmb.2004.03.013
• Raymond A.C., Staker B.L., Burgin A.B. Jr. (2005). Substrate specificity of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (Tdp1). J. Biol. Chem. 280: 22029—22035. PMID 15811850 DOI:10.1074/jbc.M502148200
• Interthal H., Chen H.J., Champoux J.J. (2005). Human Tdp1 cleaves a broad spectrum of substrates, including phosphoamide linkages. J. Biol. Chem. 280: 36518—36528. PMID 16141202 DOI:10.1074/jbc.M508898200

Див. також

• Хромосома 14