UBR5

UBR5
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1I2T, 2QHO, 3PT3
Ідентифікатори
Символи	UBR5, DD5, EDD, EDD1, HYD, ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 5
Зовнішні ІД	OMIM: 608413 MGI: 1918040 HomoloGene: 9295 GeneCards: UBR5
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • ubiquitin-ubiquitin ligase activity • ubiquitin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • transferase activity • GO:1904264, GO:1904822, GO:0090622, GO:0090302 ubiquitin protein ligase activity Клітинна компонента • клітинне ядро • нуклеоплазма • мембрана • гіалоплазма • perinuclear region of cytoplasm • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • negative regulation of double-strand break repair • negative regulation of histone H2A K63-linked ubiquitination • protein polyubiquitination • progesterone receptor signaling pathway • cellular response to DNA damage stimulus • ubiquitin-dependent protein catabolic process • positive regulation of canonical Wnt signaling pathway • Убіквітин-залежний протеоліз • проліферація • GO:0100026 Репарація ДНК • GO:1901313 positive regulation of gene expression • GO:0022415 viral process • protein K48-linked ubiquitination • positive regulation of protein import into nucleus Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51366	70790
Ensembl	ENSG00000104517	ENSMUSG00000037487
UniProt	O95071	Q80TP3
RefSeq (мРНК)	NM_001282873 NM_015902	NM_001081359 NM_001112721 NM_027553
RefSeq (білок)	NP_001269802 NP_056986	NP_001074828 NP_001106192
Локус (UCSC)	Хр. 8: 102.25 – 102.41 Mb	Хр. 15: 37.97 – 38.08 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

UBR5 (англ. Ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 5) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 799 амінокислот, а молекулярна маса — 309 352.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTSIHFVVHP		LPGTEDQLND		RLREVSEKLN		KYNLNSHPPL		NVLEQATIKQ
CVVGPNHAAF		LLEDGRVCRI		GFSVQPDRLE		LGKPDNNDGS		KLNSNSGAGR
TSRPGRTSDS		PWFLSGSETL		GRLAGNTLGS		RWSSGVGGSG		GGSSGRSSAG
ARDSRRQTRV		IRTGRDRGSG		LLGSQPQPVI		PASVIPEELI		SQAQVVLQGK
SRSVIIRELQ		RTNLDVNLAV		NNLLSRDDED		GDDGDDTASE		SYLPGEDLMS
LLDADIHSAH		PSVIIDADAM		FSEDISYFGY		PSFRRSSLSR		LGSSRVLLLP
LERDSELLRE		RESVLRLRER		RWLDGASFDN		ERGSTSKEGE		PNLDKKNTPV
QSPVSLGEDL		QWWPDKDGTK		FICIGALYSE		LLAVSSKGEL		YQWKWSESEP
YRNAQNPSLH		HPRATFLGLT		NEKIVLLSAN		SIRATVATEN		NKVATWVDET
LSSVASKLEH		TAQTYSELQG		ERIVSLHCCA		LYTCAQLENS		LYWWGVVPFS
QRKKMLEKAR		AKNKKPKSSA		GISSMPNITV		GTQVCLRNNP		LYHAGAVAFS
ISAGIPKVGV		LMESVWNMND		SCRFQLRSPE		SLKNMEKASK		TTEAKPESKQ
EPVKTEMGPP		PSPASTCSDA		SSIASSASMP		YKRRRSTPAP		KEEEKVNEEQ
WSLREVVFVE		DVKNVPVGKV		LKVDGAYVAV		KFPGTSSNTN		CQNSSGPDAD
PSSLLQDCRL		LRIDELQVVK		TGGTPKVPDC		FQRTPKKLCI		PEKTEILAVN
VDSKGVHAVL		KTGNWVRYCI		FDLATGKAEQ		ENNFPTSSIA		FLGQNERNVA
IFTAGQESPI		ILRDGNGTIY		PMAKDCMGGI		RDPDWLDLPP		ISSLGMGVHS
LINLPANSTI		KKKAAVIIMA		VEKQTLMQHI		LRCDYEACRQ		YLMNLEQAVV
LEQNLQMLQT		FISHRCDGNR		NILHACVSVC		FPTSNKETKE		EEEAERSERN
TFAERLSAVE		AIANAISVVS		SNGPGNRAGS		SSSRSLRLRE		MMRRSLRAAG
LGRHEAGASS		SDHQDPVSPP		IAPPSWVPDP		PAMDPDGDID		FILAPAVGSL
TTAATGTGQG		PSTSTIPGPS		TEPSVVESKD		RKANAHFILK		LLCDSVVLQP
YLRELLSAKD		ARGMTPFMSA		VSGRAYPAAI		TILETAQKIA		KAEISSSEKE
EDVFMGMVCP		SGTNPDDSPL		YVLCCNDTCS		FTWTGAEHIN		QDIFECRTCG
LLESLCCCTE		CARVCHKGHD		CKLKRTSPTA		YCDCWEKCKC		KTLIAGQKSA
RLDLLYRLLT		ATNLVTLPNS		RGEHLLLFLV		QTVARQTVEH		CQYRPPRIRE
DRNRKTASPE		DSDMPDHDLE		PPRFAQLALE		RVLQDWNALK		SMIMFGSQEN
KDPLSASSRI		GHLLPEEQVY		LNQQSGTIRL		DCFTHCLIVK		CTADILLLDT
LLGTLVKELQ		NKYTPGRREE		AIAVTMRFLR		SVARVFVILS		VEMASSKKKN
NFIPQPIGKC		KRVFQALLPY		AVEELCNVAE		SLIVPVRMGI		ARPTAPFTLA
STSIDAMQGS		EELFSVEPLP		PRPSSDQSSS		SSQSQSSYII		RNPQQRRISQ
SQPVRGRDEE		QDDIVSADVE		EVEVVEGVAG		EEDHHDEQEE		HGEENAEAEG
QHDEHDEDGS		DMELDLLAAA		ETESDSESNH		SNQDNASGRR		SVVTAATAGS
EAGASSVPAF		FSEDDSQSND		SSDSDSSSSQ		SDDIEQETFM		LDEPLERTTN
SSHANGAAQA		PRSMQWAVRN		TQHQRAASTA		PSSTSTPAAS		SAGLIYIDPS
NLRRSGTIST		SAAAAAAALE		ASNASSYLTS		ASSLARAYSI		VIRQISDLMG
LIPKYNHLVY		SQIPAAVKLT		YQDAVNLQNY		VEEKLIPTWN		WMVSIMDSTE
AQLRYGSALA		SAGDPGHPNH		PLHASQNSAR		RERMTAREEA		SLRTLEGRRR
ATLLSARQGM		MSARGDFLNY		ALSLMRSHND		EHSDVLPVLD		VCSLKHVAYV
FQALIYWIKA		MNQQTTLDTP		QLERKRTREL		LELGIDNEDS		EHENDDDTNQ
SATLNDKDDD		SLPAETGQNH		PFFRRSDSMT		FLGCIPPNPF		EVPLAEAIPL
ADQPHLLQPN		ARKEDLFGRP		SQGLYSSSAS		SGKCLMEVTV		DRNCLEVLPT
KMSYAANLKN		VMNMQNRQKK		EGEEQPVLPE		ETESSKPGPS		AHDLAAQLKS
SLLAEIGLTE		SEGPPLTSFR		PQCSFMGMVI		SHDMLLGRWR		LSLELFGRVF
MEDVGAEPGS		ILTELGGFEV		KESKFRREME		KLRNQQSRDL		SLEVDRDRDL
LIQQTMRQLN		NHFGRRCATT		PMAVHRVKVT		FKDEPGEGSG		VARSFYTAIA
QAFLSNEKLP		NLECIQNANK		GTHTSLMQRL		RNRGERDRER		EREREMRRSS
GLRAGSRRDR		DRDFRRQLSI		DTRPFRPASE		GNPSDDPEPL		PAHRQALGER
LYPRVQAMQP		AFASKITGML		LELSPAQLLL		LLASEDSLRA		RVDEAMELII
AHGRENGADS		ILDLGLVDSS		EKVQQENRKR		HGSSRSVVDM		DLDDTDDGDD
NAPLFYQPGK		RGFYTPRPGK		NTEARLNCFR		NIGRILGLCL		LQNELCPITL
NRHVIKVLLG		RKVNWHDFAF		FDPVMYESLR		QLILASQSSD		ADAVFSAMDL
AFAIDLCKEE		GGGQVELIPN		GVNIPVTPQN		VYEYVRKYAE		HRMLVVAEQP
LHAMRKGLLD		VLPKNSLEDL		TAEDFRLLVN		GCGEVNVQML		ISFTSFNDES
GENAEKLLQF		KRWFWSIVEK		MSMTERQDLV		YFWTSSPSLP		ASEEGFQPMP
SITIRPPDDQ		HLPTANTCIS		RLYVPLYSSK		QILKQKLLLA		IKTKNFGFV

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Maddika S., Chen J. (2009). Protein kinase DYRK2 is a scaffold that facilitates assembly of an E3 ligase. Nat. Cell Biol. 11: 409—419. PMID 19287380 DOI:10.1038/ncb1848
• Bethard J.R., Zheng H., Roberts L., Eblen S.T. (2011). Identification of phosphorylation sites on the E3 ubiquitin ligase UBR5/EDD. J. Proteomics. 75: 603—609. PMID 21924388 DOI:10.1016/j.jprot.2011.08.023
• Deo R.C., Sonenberg N., Burley S.K. (2001). X-ray structure of the human hyperplastic discs protein: an ortholog of the C-terminal domain of poly(A)-binding protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 4414—4419. PMID 11287654 DOI:10.1073/pnas.071552198

Див. також

• Хромосома 8