UPF3A

UPF3A
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2L08
Ідентифікатори
Символи	UPF3A, HRENT3A, UPF3, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog A (yeast), regulator of nonsense mediated mRNA decay
Зовнішні ІД	OMIM: 605530 MGI: 1914281 HomoloGene: 23395 GeneCards: UPF3A
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • telomeric DNA binding • RNA binding • nucleic acid binding • GO:0005487 structural constituent of nuclear pore Клітинна компонента • exon-exon junction complex • внутрішньоклітинна мембранна органела • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма • ядерце Біологічний процес • mRNA transport • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • positive regulation of translation • nucleocytoplasmic transport Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	65110	67031
Ensembl	ENSG00000169062	ENSMUSG00000038398
UniProt	Q9H1J1	Q3ULJ3
RefSeq (мРНК)	NM_023011 NM_080687	NM_025924
RefSeq (білок)	NP_075387 NP_542418 NP_001340573 NP_001340574 NP_001340575 NP_001340576 NP_001340577 NP_001340578 NP_001340579 NP_001340580 NP_001340581	NP_080200
Локус (UCSC)	н/д	Хр. 8: 13.84 – 13.85 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

UPF3A (англ. UPF3A, regulator of nonsense mediated mRNA decay) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 476 амінокислот, а молекулярна маса — 54 696.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MRSEKEGAGG		LRAAVAARGP		SGREKLSALE		VQFHRDSQQQ		EAETPPTSSS
GCGGGAGKPR		EEKRTALSKV		VIRRLPPGLT		KEQLEEQLRP		LPAHDYFEFF
AADLSLYPHL		YSRAYINFRN		PDDILLFRDR		FDGYIFLDSK		GLEYPAVVEF
APFQKIAKKK		LRKKDAKTGS		IEDDPEYKKF		LETYCVEEEK		TSANPETLLG
EMEAKTRELI		ARRTTPLLEY		IKNRKLEKQR		IREEKREERR		RRELEKKRLR
EEEKRRRREE		ERCKKKETDK		QKKIAEKEVR		IKLLKKPEKG		EEPTTEKPKE
RGEEIDTGGG		KQESCAPGAV		VKARPMEGSL		EEPQETSHSG		SDKEHRDVER
SQEQESEAQR		YHVDDGRRHR		AHHEPERLSR		RSEDEQRWGK		GPGQDRGKKG
SQDSGAPGEA		MERLGRAQRC		DDSPAPRKER		LANKDRPALQ		LYDPGARFRA
RECGGNRRIC		KAEGSGTGPE		KREEAE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Serin G., Gersappe A., Black J.D., Aronoff R., Maquat L.E. (2001). Identification and characterization of human orthologues to Saccharomyces cerevisiae Upf2 protein and Upf3 protein (Caenorhabditis elegans SMG-4). Mol. Cell. Biol. 21: 209—223. PMID 11113196 DOI:10.1128/MCB.21.1.209-223.2001
• Kim V.N., Kataoka N., Dreyfuss G. (2001). Role of the nonsense-mediated decay factor hUpf3 in the splicing-dependent exon-exon junction complex. Science. 293: 1832—1836. PMID 11546873 DOI:10.1126/science.1062829
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
• Chiu S.-Y., Serin G., Ohara O., Maquat L.E. (2003). Characterization of human Smg5/7a: a protein with similarities to Caenorhabditis elegans SMG5 and SMG7 that functions in the dephosphorylation of Upf1. RNA. 9: 77—87. PMID 12554878 DOI:10.1261/rna.2137903

Див. також

• Хромосома 13