USP28

USP28
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2LVA, 2MUU
Ідентифікатори
Символи	USP28, ubiquitin specific peptidase 28
Зовнішні ІД	OMIM: 610748 MGI: 2442293 HomoloGene: 10840 GeneCards: USP28
Онтологія гена Молекулярна функція • cysteine-type peptidase activity • GO:0070122 peptidase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • thiol-dependent deubiquitinase • hydrolase activity • cysteine-type endopeptidase activity Клітинна компонента • клітинне ядро • нуклеоплазма • ядерні тільця • GO:0009327 protein-containing complex • гіалоплазма Біологічний процес • response to ionizing radiation • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator • regulation of protein stability • ubiquitin-dependent protein catabolic process • cellular response to UV • DNA damage checkpoint signaling • протеоліз • cellular response to DNA damage stimulus • Ras protein signal transduction • проліферація • GO:0100026 Репарація ДНК • protein deubiquitination Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	57646	235323
Ensembl	ENSG00000048028	ENSMUSG00000032267
UniProt	Q96RU2	Q5I043
RefSeq (мРНК)	NM_001301029 NM_001346252 NM_001346253 NM_001346254 NM_001346255 NM_001346257 NM_001346258 NM_001346259 NM_001346260 NM_001346261 NM_001346262 NM_001346263 NM_001346264 NM_001346265 NM_001346267 NM_001346268 NM_001346269 NM_001346270 NM_001346271 NM_001346272 NM_001346273 NM_020886	NM_175482 NM_001359739
RefSeq (білок)	NP_001287958 NP_001333181 NP_001333182 NP_001333183 NP_001333184 NP_001333186 NP_001333187 NP_001333188 NP_001333189 NP_001333190 NP_001333191 NP_001333192 NP_001333193 NP_001333194 NP_001333196 NP_001333197 NP_001333198 NP_001333199 NP_001333200 NP_001333201 NP_001333202 NP_065937	NP_780691 NP_001346668
Локус (UCSC)	Хр. 11: 113.8 – 113.88 Mb	Хр. 9: 48.9 – 48.95 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

USP28 (англ. Ubiquitin specific peptidase 28) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 11-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 077 амінокислот, а молекулярна маса — 122 491.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTAELQQDDA		AGAADGHGSS		CQMLLNQLRE		ITGIQDPSFL		HEALKASNGD
ITQAVSLLTD		ERVKEPSQDT		VATEPSEVEG		SAANKEVLAK		VIDLTHDNKD
DLQAAIALSL		LESPKIQADG		RDLNRMHEAT		SAETKRSKRK		RCEVWGENPN
PNDWRRVDGW		PVGLKNVGNT		CWFSAVIQSL		FQLPEFRRLV		LSYSLPQNVL
ENCRSHTEKR		NIMFMQELQY		LFALMMGSNR		KFVDPSAALD		LLKGAFRSSE
EQQQDVSEFT		HKLLDWLEDA		FQLAVNVNSP		RNKSENPMVQ		LFYGTFLTEG
VREGKPFCNN		ETFGQYPLQV		NGYRNLDECL		EGAMVEGDVE		LLPSDHSVKY
GQERWFTKLP		PVLTFELSRF		EFNQSLGQPE		KIHNKLEFPQ		IIYMDRYMYR
SKELIRNKRE		CIRKLKEEIK		ILQQKLERYV		KYGSGPARFP		LPDMLKYVIE
FASTKPASES		CPPESDTHMT		LPLSSVHCSV		SDQTSKESTS		TESSSQDVES
TFSSPEDSLP		KSKPLTSSRS		SMEMPSQPAP		RTVTDEEINF		VKTCLQRWRS
EIEQDIQDLK		TCIASTTQTI		EQMYCDPLLR		QVPYRLHAVL		VHEGQANAGH
YWAYIYNQPR		QSWLKYNDIS		VTESSWEEVE		RDSYGGLRNV		SAYCLMYIND
KLPYFNAEAA		PTESDQMSEV		EALSVELKHY		IQEDNWRFEQ		EVEEWEEEQS
CKIPQMESST		NSSSQDYSTS		QEPSVASSHG		VRCLSSEHAV		IVKEQTAQAI
ANTARAYEKS		GVEAALSEVM		LSPAMQGVIL		AIAKARQTFD		RDGSEAGLIK
AFHEEYSRLY		QLAKETPTSH		SDPRLQHVLV		YFFQNEAPKR		VVERTLLEQF
ADKNLSYDER		SISIMKVAQA		KLKEIGPDDM		NMEEYKKWHE		DYSLFRKVSV
YLLTGLELYQ		KGKYQEALSY		LVYAYQSNAA		LLMKGPRRGV		KESVIALYRR
KCLLELNAKA		ASLFETNDDH		SVTEGINVMN		ELIIPCIHLI		INNDISKDDL
DAIEVMRNHW		CSYLGQDIAE		NLQLCLGEFL		PRLLDPSAEI		IVLKEPPTIR
PNSPYDLCSR		FAAVMESIQG		VSTVTVK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, тіолових протеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143
• Zhang D., Zaugg K., Mak T.W., Elledge S.J. (2006). A role for the deubiquitinating enzyme USP28 in control of the DNA-damage response. Cell. 126: 529—542. PMID 16901786 DOI:10.1016/j.cell.2006.06.039
• Popov N., Herold S., Llamazares M., Schulein C., Eilers M. (2007). Fbw7 and Usp28 regulate myc protein stability in response to DNA damage. Cell Cycle. 6: 2327—2331. PMID 17873522 DOI:10.4161/cc.6.19.4804
• Li Q., Kluz T., Sun H., Costa M. (2009). Mechanisms of c-myc degradation by nickel compounds and hypoxia. PLoS ONE. 4: E8531—E8531. PMID 20046830 DOI:10.1371/journal.pone.0008531
• Serra R.W., Fang M., Park S.M., Hutchinson L., Green M.R. (2014). A KRAS-directed transcriptional silencing pathway that mediates the CpG island methylator phenotype. Elife. 3: E02313—E02313. PMID 24623306 DOI:10.7554/eLife.02313

Див. також

• Хромосома 11