COPB1

COPB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 5A1U, 5A1V, 5A1W, 5A1X, 5A1Y
Ідентифікатори
Символи	COPB1, COPB, coatomer protein complex subunit beta 1, COPI coat complex subunit beta 1, BARMACS
Зовнішні ІД	OMIM: 600959 MGI: 1917599 HomoloGene: 5664 GeneCards: COPB1
Онтологія гена Молекулярна функція • structural molecule activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding Клітинна компонента • комплекс Ґольджі • мембрана • внутрішньоклітинна мембранна органела • Golgi membrane • COPI-coated vesicle membrane • transport vesicle • Golgi-associated vesicle • membrane coat • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • COPI-coated vesicle • endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment • endoplasmic reticulum membrane • цитоплазма • гіалоплазма • клітинна мембрана • COPI vesicle coat • secretory granule membrane • tertiary granule membrane • ficolin-1-rich granule membrane Біологічний процес • protein transport • intracellular protein transport • GO:0022415 viral process • vesicle-mediated transport • endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport • retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum • intra-Golgi vesicle-mediated transport • neutrophil degranulation • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1315	70349
Ensembl	ENSG00000129083	ENSMUSG00000030754
UniProt	P53618	Q9JIF7
RefSeq (мРНК)	NM_016451 NM_001144061 NM_001144062	NM_033370
RefSeq (білок)	NP_001137533 NP_001137534 NP_057535	NP_203534
Локус (UCSC)	Хр. 11: 14.44 – 14.5 Mb	Хр. 7: 113.81 – 113.85 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

COPB1 (англ. Coatomer protein complex subunit beta 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 953 амінокислот, а молекулярна маса — 107 142.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTAAENVCYT		LINVPMDSEP		PSEISLKNDL		EKGDVKSKTE		ALKKVIIMIL
NGEKLPGLLM		TIIRFVLPLQ		DHTIKKLLLV		FWEIVPKTTP		DGRLLHEMIL
VCDAYRKDLQ		HPNEFIRGST		LRFLCKLKEA		ELLEPLMPAI		RACLEHRHSY
VRRNAVLAIY		TIYRNFEHLI		PDAPELIHDF		LVNEKDASCK		RNAFMMLIHA
DQDRALDYLS		TCIDQVQTFG		DILQLVIVEL		IYKVCHANPS		ERARFIRCIY
NLLQSSSPAV		KYEAAGTLVT		LSSAPTAIKA		AAQCYIDLII		KESDNNVKLI
VLDRLIELKE		HPAHERVLQD		LVMDILRVLS		TPDLEVRKKT		LQLALDLVSS
RNVEELVIVL		KKEVIKTNNV		SEHEDTDKYR		QLLVRTLHSC		SVRFPDMAAN
VIPVLMEFLS		DNNEAAAADV		LEFVREAIQR		FDNLRMLIVE		KMLEVFHAIK
SVKIYRGALW		ILGEYCSTKE		DIQSVMTEIR		RSLGEIPIVE		SEIKKEAGEL
KPEEEITVGP		VQKLVTEMGT		YATQSALSSS		RPTKKEEDRP		PLRGFLLDGD
FFVAASLATT		LTKIALRYVA		LVQEKKKQNS		FVAEAMLLMA		TILHLGKSSL
PKKPITDDDV		DRISLCLKVL		SECSPLMNDI		FNKECRQSLS		HMLSAKLEEE
KLSQKKESEK		RNVTVQPDDP		ISFMQLTAKN		EMNCKEDQFQ		LSLLAAMGNT
QRKEAADPLA		SKLNKVTQLT		GFSDPVYAEA		YVHVNQYDIV		LDVLVVNQTS
DTLQNCTLEL		ATLGDLKLVE		KPSPLTLAPH		DFANIKANVK		VASTENGIIF
GNIVYDVSGA		ASDRNCVVLS		DIHIDIMDYI		QPATCTDAEF		RQMWAEFEWE
NKVTVNTNMV		DLNDYLQHIL		KSTNMKCLTP		EKALSGYCGF		MAANLYARSI
FGEDALANVS		IEKPIHQGPD		AAVTGHIRIR		AKSQGMALSL		GDKINLSQKK
TSI

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транспорт, транспорт білків, транспорт між ендоплазматичним ретикулумом і апаратом Гольджі, ацетилювання. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, мембрані, цитоплазматичних везикулах, апараті гольджі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Futatsumori M., Kasai K., Takatsu H., Shin H.-W., Nakayama K. (2000). Identification and characterization of novel isoforms of COP I subunits. J. Biochem. 128: 793—801. PMID 11056392 DOI:10.1093/oxfordjournals.jbchem.a022817
• Styers M.L., O'Connor A.K., Grabski R., Cormet-Boyaka E., Sztul E. (2008). Depletion of beta-COP reveals a role for COP-I in compartmentalization of secretory compartments and in biosynthetic transport of caveolin-1. Am. J. Physiol. 294: C1485—C1498. PMID 18385291 DOI:10.1152/ajpcell.00010.2008
• Schaefer M.R., Wonderlich E.R., Roeth J.F., Leonard J.A., Collins K.L. (2008). HIV-1 Nef targets MHC-I and CD4 for degradation via a final common beta-COP-dependent pathway in T cells. PLoS Pathog. 4: E1000131—E1000131. PMID 18725938 DOI:10.1371/journal.ppat.1000131
• Tamayo A.G., Bharti A., Trujillo C., Harrison R., Murphy J.R. (2008). COPI coatomer complex proteins facilitate the translocation of anthrax lethal factor across vesicular membranes in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 5254—5259. PMID 18356299 DOI:10.1073/pnas.0710100105
• Razi M., Chan E.Y., Tooze S.A. (2009). Early endosomes and endosomal coatomer are required for autophagy. J. Cell Biol. 185: 305—321. PMID 19364919 DOI:10.1083/jcb.200810098

Див. також

• Хромосома 11