CRNKL1

CRNKL1
Ідентифікатори
Символи	CRNKL1, CLF, CRN, Clf1, HCRN, MSTP021, SYF3, crooked neck pre-mRNA splicing factor 1
Зовнішні ІД	OMIM: 610952 MGI: 1914127 HomoloGene: 6462 GeneCards: CRNKL1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • RNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • клітинне ядро; • nuclear speck; • catalytic step 2 spliceosome; • spliceosomal complex; • нуклеоплазма; • Prp19 complex; • prespliceosome; • precatalytic spliceosome; • catalytic step 1 spliceosome; • post-mRNA release spliceosomal complex; • U2-type catalytic step 2 spliceosome;
Біологічний процес	• spliceosomal complex assembly; • mRNA processing; • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • Сплайсинг РНК; • mRNA splicing, via spliceosome;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	51340
	66877
	ENSG00000101343
	ENSMUSG00000001767
	Q9BZJ0
	P63154
	NM_016652; NM_001278625; NM_001278626; NM_001278627; NM_001278628
	NM_025820
	NP_001265554; NP_001265555; NP_001265556; NP_001265557; NP_057736
	NP_080096
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

CRNKL1 (англ. Crooked neck pre-mRNA splicing factor 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 848 амінокислот, а молекулярна маса — 100 452^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTATVENLTF	QKDTLGNAVD	KNTSRLELRS	YSLAGRHGST	EPLVLAWSSQ
FRRLTWGCAL	DALHRSPCVA	ASQHGVTHLI	RSSRTPHSTR	CRKEDAQPGH
HGNGAASVTA	QARGQRSVLQ	VPLPVPRSCL	FSESFVVSVS	SQSRFLASVP
GTGVQRSTAA	DMAASTAAGK	QRIPKVAKVK	NKAPAEVQIT	AEQLLREAKE
RELELLPPPP	QQKITDEEEL	NDYKLRKRKT	FEDNIRKNRT	VISNWIKYAQ
WEESLKEIQR	ARSIYERALD	VDYRNITLWL	KYAEMEMKNR	QVNHARNIWD
RAITTLPRVN	QFWYKYTYME	EMLGNVAGAR	QVFERWMEWQ	PEEQAWHSYI
NFELRYKEVD	RARTIYERFV	LVHPDVKNWI	KYARFEEKHA	YFAHARKVYE
RAVEFFGDEH	MDEHLYVAFA	KFEENQKEFE	RVRVIYKYAL	DRISKQDAQE
LFKNYTIFEK	KFGDRRGIED	IIVSKRRFQY	EEEVKANPHN	YDAWFDYLRL
VESDAEAEAV	REVYERAIAN	VPPIQEKRHW	KRYIYLWINY	ALYEELEAKD
PERTRQVYQA	SLELIPHKKF	TFAKMWILYA	QFEIRQKNLS	LARRALGTSI
GKCPKNKLFK	VYIELELQLR	EFDRCRKLYE	KFLEFGPENC	TSWIKFAELE
TILGDIDRAR	AIYELAISQP	RLDMPEVLWK	SYIDFEIEQE	ETERTRNLYR
RLLQRTQHVK	VWISFAQFEL	SSGKEGSLTK	CRQIYEEANK	TMRNCEEKEE
RLMLLESWRS	FEEEFGTASD	KERVDKLMPE	KVKKRRKVQT	DDGSDAGWEE
YFDYIFPEDA	ANQPNLKLLA	MAKLWKKQQQ	EKEDAEHHPD	EDVDESES

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Lai C.-H., Chiu J.-Y., Lin W.-C. (2001). Identification of the human crooked neck gene by comparative gene identification. Biochim. Biophys. Acta. 1517: 449—454. PMID 11342225 DOI:10.1016/S0167-4781(00)00295-5
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Hatakeyama S., Matsumoto M., Yada M., Nakayama K.I. (2004). Interaction of U-box-type ubiquitin-protein ligases (E3s) with molecular chaperones. Genes Cells. 9: 533—548. PMID 15189447 DOI:10.1111/j.1356-9597.2004.00742.x
Hillman R.T., Green R.E., Brenner S.E. (2004). An unappreciated role for RNA surveillance. Genome Biol. 5: R8.1—R8.16. PMID 14759258 DOI:10.1186/gb-2004-5-2-r8