CWC22

CWC22
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4C9B
Ідентифікатори
Символи	CWC22, EIF4GL, NCM, fSAPb, CWC22 homolog, spliceosome-associated protein, CWC22 spliceosome associated protein homolog
Зовнішні ІД	OMIM: 615186 MGI: 2136773 HomoloGene: 6048 GeneCards: CWC22
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • U2-type catalytic step 1 spliceosome • spliceosomal complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • U2-type catalytic step 2 spliceosome • U2-type precatalytic spliceosome Біологічний процес • mRNA processing • regulation of mRNA splicing, via spliceosome • Сплайсинг РНК • mRNA splicing, via spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	57703	80744
Ensembl	ENSG00000163510	ENSMUSG00000027014
UniProt	Q9HCG8	Q8C5N3
RefSeq (мРНК)	NM_020943	NM_001290740 NM_030560 NM_172667 NM_001362657 NM_001362658 NM_001362659 NM_001362664
RefSeq (білок)	NP_065994 NP_001362958 NP_001362959 NP_001362961 NP_001362962	NP_001277669 NP_085037 NP_766255 NP_001349586 NP_001349587 NP_001349588 NP_001349593
Локус (UCSC)	Хр. 2: 179.94 – 180.01 Mb	Хр. 2: 77.71 – 77.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CWC22 (англ. CWC22 spliceosome associated protein homolog) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 2-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 908 амінокислот, а молекулярна маса — 105 466.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKSSVAQIKP		SSGHDRRENL		NSYQRNSSPE		DRYEEQERSP		RDRDYFDYSR
SDYEHSRRGR		SYDSSMESRN		RDREKRRERE		RDTDRKRSRK		SPSPGRRNPE
TSVTQSSSAQ		DEPATKKKKD		ELDPLLTRTG		GAYIPPAKLR		MMQEQITDKN
SLAYQRMSWE		ALKKSINGLI		NKVNISNISI		IIQELLQENI		VRGRGLLSRS
VLQAQSASPI		FTHVYAALVA		IINSKFPQIG		ELILKRLILN		FRKGYRRNDK
QLCLTASKFV		AHLINQNVAH		EVLCLEMLTL		LLERPTDDSV		EVAIGFLKEC
GLKLTQVSPR		GINAIFERLR		NILHESEIDK		RVQYMIEVMF		AVRKDGFKDH
PIILEGLDLV		EEDDQFTHML		PLEDDYNPED		VLNVFKMDPN		FMENEEKYKA
IKKEILDEGD		TDSNTDQDAG		SSEEDEEEEE		EEGEEDEEGQ		KVTIHDKTEI
NLVSFRRTIY		LAIQSSLDFE		ECAHKLLKME		FPESQTKELC		NMILDCCAQQ
RTYEKFFGLL		AGRFCMLKKE		YMESFEGIFK		EQYDTIHRLE		TNKLRNVAKM
FAHLLYTDSL		PWSVLECIKL		SEETTTSSSR		IFVKIFFQEL		CEYMGLPKLN
ARLKDETLQP		FFEGLLPRDN		PRNTRFAINF		FTSIGLGGLT		DELREHLKNT
PKVIVAQKPD		VEQNKSSPSS		SSSASSSSES		DSSDSDSDSS		DSSSESSSEE
SDSSSISSHS		SASANDVRKK		GHGKTRSKEV		DKLIRNQQTN		DRKQKERRQE
HGHQETRTER		ERRSEKHRDQ		NSSGSNWRDP		ITKYTSDKDV		PSERNNYSRV
ANDRDQEMHI		DLENKHGDPK		KKRGERRNSF		SENEKHTHRI		KDSENFRRKD
RSKSKEMNRK		HSGSRSDEDR		YQNGAERRWE		KSSRYSEQSR		ESKKNQDRRR
EKSPAKQK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Nakayama M., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 273—281. PMID 10997877 DOI:10.1093/dnares/7.4.271
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zhou Z., Licklider L.J., Gygi S.P., Reed R. (2002). Comprehensive proteomic analysis of the human spliceosome. Nature. 419: 182—185. PMID 12226669 DOI:10.1038/nature01031
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Steckelberg A.L., Boehm V., Gromadzka A.M., Gehring N.H. (2012). CWC22 connects pre-mRNA splicing and exon junction complex assembly. Cell Rep. 2: 454—461. PMID 22959432 DOI:10.1016/j.celrep.2012.08.017
• Alexandrov A., Colognori D., Shu M.D., Steitz J.A. (2012). Human spliceosomal protein CWC22 plays a role in coupling splicing to exon junction complex deposition and nonsense-mediated decay. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109: 21313—21318. PMID 23236153 DOI:10.1073/pnas.1219725110

Див. також

• Хромосома 2