DDX42

DDX42
Ідентифікатори
Символи	DDX42, DDX42P, RHELP, RNAHP, SF3B8, SF3b125, DEAD-box helicase 42
Зовнішні ІД	OMIM: 613369 MGI: 1919297 HomoloGene: 49137 GeneCards: DDX42
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • Тільце Кахаля • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear speck • ядерце Біологічний процес • GO:0034613 protein localization • RNA secondary structure unwinding • mRNA splicing, via spliceosome • regulation of apoptotic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	11325	72047
Ensembl	ENSG00000198231	ENSMUSG00000020705
UniProt	Q86XP3	Q810A7
RefSeq (мРНК)	NM_007372 NM_203499	NM_028074
RefSeq (білок)	NP_031398 NP_987095	NP_082350 NP_001348569 NP_001348571 NP_001348572 NP_001348573
Локус (UCSC)	Хр. 17: 63.77 – 63.82 Mb	Хр. 11: 106.22 – 106.25 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX42 (англ. DEAD-box helicase 42) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 938 амінокислот, а молекулярна маса — 102 975.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNWNKGGPGT		KRGFGFGGFA		ISAGKKEEPK		LPQQSHSAFG		ATSSSSGFGK
SAPPQLPSFY		KIGSKRANFD		EENAYFEDEE		EDSSNVDLPY		IPAENSPTRQ
QFHSKPVDSD		SDDDPLEAFM		AEVEDQAARD		MKRLEEKDKE		RKNVKGIRDD
IEEEDDQEAY		FRYMAENPTA		GVVQEEEEDN		LEYDSDGNPI		APTKKIIDPL
PPIDHSEIDY		PPFEKNFYNE		HEEITNLTPQ		QLIDLRHKLN		LRVSGAAPPR
PGSSFAHFGF		DEQLMHQIRK		SEYTQPTPIQ		CQGVPVALSG		RDMIGIAKTG
SGKTAAFIWP		MLIHIMDQKE		LEPGDGPIAV		IVCPTRELCQ		QIHAECKRFG
KAYNLRSVAV		YGGGSMWEQA		KALQEGAEIV		VCTPGRLIDH		VKKKATNLQR
VSYLVFDEAD		RMFDMGFEYQ		VRSIASHVRP		DRQTLLFSAT		FRKKIEKLAR
DILIDPIRVV		QGDIGEANED		VTQIVEILHS		GPSKWNWLTR		RLVEFTSSGS
VLLFVTKKAN		AEELANNLKQ		EGHNLGLLHG		DMDQSERNKV		ISDFKKKDIP
VLVATDVAAR		GLDIPSIKTV		INYDVARDID		THTHRIGRTG		RAGEKGVAYT
LLTPKDSNFA		GDLVRNLEGA		NQHVSKELLD		LAMQNAWFRK		SRFKGGKGKK
LNIGGGGLGY		RERPGLGSEN		MDRGNNNVMS		NYEAYKPSTG		AMGDRLTAMK
AAFQSQYKSH		FVAASLSNQK		AGSSAAGASG		WTSAGSLNSV		PTNSAQQGHN
SPDSPVTSAA		KGIPGFGNTG		NISGAPVTYP		SAGAQGVNNT		ASGNNSREGT
GGSNGKRERY		TENRGSSRHS		HGETGNRHSD		SPRHGDGGRH		GDGYRHPESS
SRHTDGHRHG		ENRHGGSAGR		HGENRGANDG		RNGESRKEAF		NRESKMEPKM
EPKVDSSKMD		KVDSKTDKTA		DGFAVPEPPK		RKKSRWDS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Uhlmann-Schiffler H., Jalal C., Stahl H. (2006). Ddx42p -- a human DEAD box protein with RNA chaperone activities. Nucleic Acids Res. 34: 10—22. PMID 16397294 DOI:10.1093/nar/gkj403
• Uhlmann-Schiffler H., Kiermayer S., Stahl H. (2009). The DEAD box protein Ddx42p modulates the function of ASPP2, a stimulator of apoptosis. Oncogene. 28: 2065—2073. PMID 19377511 DOI:10.1038/onc.2009.75

Див. також

• Хромосома 17