PAPD5

PAPD5
Ідентифікатори
Символи	TENT4B, TRF4-2, PAP associated domain containing 5, poly(A) RNA polymerase D5, non-canonical, TUT3, terminal nucleotidyltransferase 4B, PAPD5
Зовнішні ІД	OMIM: 605540 MGI: 1917820 HomoloGene: 64245 GeneCards: TENT4B
Онтологія гена Молекулярна функція • transferase activity • DNA binding • DNA-directed DNA polymerase activity • polynucleotide adenylyltransferase activity • nucleotidyltransferase activity • зв'язування з іоном металу • RNA binding • telomerase RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • ядерце • клітинне ядро Біологічний процес • rRNA processing • histone mRNA catabolic process • mRNA processing • клітинний цикл • DNA biosynthetic process • поділ клітини • negative regulation of telomere maintenance via telomerase • ncRNA polyadenylation involved in polyadenylation-dependent ncRNA catabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	64282	214627
Ensembl	ENSG00000121274	ENSMUSG00000036779
UniProt	Q8NDF8	Q68ED3
RefSeq (мРНК)	NM_001040284 NM_001040285 NM_022447 NM_001365323 NM_001365324	NM_001164497 NM_001164498 NM_001164499 NM_001372333
RefSeq (білок)	NP_001035374 NP_001035375 NP_001352252 NP_001352253	NP_001157969 NP_001157970 NP_001157971 NP_001359262
Локус (UCSC)	Хр. 16: 50.15 – 50.24 Mb	Хр. 8: 88.93 – 88.99 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PAPD5 (англ. Poly(A) RNA polymerase D5, non-canonical) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 16-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 572 амінокислот, а молекулярна маса — 63 267.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MYRSGERLLG		SHALPAEQRD		FLPLETTNNN		NNHHQPGAWA		RRAGSSASSP
PSASSSPHPS		AAVPAADPAD		SASGSSNKRK		RDNKASGGRA		AGGGRADGGG
VVYSGTPWKR		RNYNQGVVGL		HEEISDFYEY		MSPRPEEEKM		RMEVVNRIES
VIKELWPSAD		VQIFGSFKTG		LYLPTSDIDL		VVFGKWENLP		LWTLEEALRK
HKVADEDSVK		VLDKATVPII		KLTDSFTEVK		VDISFNVQNG		VRAADLIKDF
TKKYPVLPYL		VLVLKQFLLQ		RDLNEVFTGG		IGSYSLFLMA		VSFLQLHPRE
DACIPNTNYG		VLLIEFFELY		GRHFNYLKTG		IRIKDGGSYV		AKDEVQKNML
DGYRPSMLYI		EDPLQPGNDV		GRSSYGAMQV		KQAFDYAYVV		LSHAVSPIAK
YYPNNETESI		LGRIIRVTDE		VATYRDWISK		QWGLKNRPEP		SCNGPVSSSS
ATQSSSSDVD		SDATPCKTPK		QLLCRPSTGN		RVGSQDVSLE		SSQAVGKMQS
TQTTNTSNST		NKSQHGSARL		FRSSSKGFQG		TTQTSHGSLM		TNKQHQGKSN
NQYYHGKKRK		HKRDAPLSDL		CR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, клітинний цикл, поділ клітини, мітоз, процесинг рРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, ДНК, іоном магнію, іоном марганцю. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Mullen T.E., Marzluff W.F. (2008). Degradation of histone mRNA requires oligouridylation followed by decapping and simultaneous degradation of the mRNA both 5' to 3' and 3' to 5'. Genes Dev. 22: 50—65. PMID 18172165 DOI:10.1101/gad.1622708
• Rammelt C., Bilen B., Zavolan M., Keller W. (2011). PAPD5, a noncanonical poly(A) polymerase with an unusual RNA-binding motif. RNA. 17: 1737—1746. PMID 21788334 DOI:10.1261/rna.2787011
• Sloan K.E., Schneider C., Watkins N.J. (2012). Comparison of the yeast and human nuclear exosome complexes. Biochem. Soc. Trans. 40: 850—855. PMID 22817747 DOI:10.1042/BST20120061
• Ogami K., Cho R., Hoshino S. (2013). Molecular cloning and characterization of a novel isoform of the non-canonical poly(A) polymerase PAPD7. Biochem. Biophys. Res. Commun. 432: 135—140. PMID 23376078 DOI:10.1016/j.bbrc.2013.01.072

Див. також

• Хромосома 16