PARN

PARN
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2A1R, 2A1S, 3CTR
Ідентифікатори
Символи	PARN, DAN, DKCB6, PFBMFT4, Poly(A)-specific ribonuclease
Зовнішні ІД	OMIM: 604212 MGI: 1921358 HomoloGene: 31098 GeneCards: PARN
Пов'язані генетичні захворювання
pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, Telomere-related, 4
Онтологія гена Молекулярна функція • зв'язування з іоном металу • mRNA 3'-UTR binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nuclease activity • exonuclease activity • hydrolase activity • protein kinase binding • cation binding • RNA binding • poly(A)-specific ribonuclease activity • telomerase RNA binding • 3'-5'-exoribonuclease activity Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • ядерце • клітинне ядро Біологічний процес • mRNA catabolic process • female gamete generation • regulation of mRNA stability • GO:0016547 Редагування РНК • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • telomerase RNA stabilization • positive regulation of telomere maintenance via telomerase • positive regulation of telomerase activity • regulation of telomerase RNA localization to Cajal body • ncRNA deadenylation • box H/ACA RNA 3'-end processing • miRNA catabolic process • polyadenylation-dependent snoRNA 3'-end processing Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5073	74108
Ensembl	ENSG00000140694 ENSG00000274829	ENSMUSG00000022685
UniProt	O95453	Q8VDG3
RefSeq (мРНК)	NM_001134477 NM_001242992 NM_002582	NM_028761 NM_001358452 NM_001358453
RefSeq (білок)	NP_001127949 NP_001229921 NP_002573	NP_083037 NP_001345381 NP_001345382
Локус (UCSC)	Хр. 16: 14.44 – 14.63 Mb	Хр. 16: 13.36 – 13.49 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PARN (англ. Poly(A)-specific ribonuclease) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 639 амінокислот, а молекулярна маса — 73 451.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEIIRSNFKS		NLHKVYQAIE		EADFFAIDGE		FSGISDGPSV		SALTNGFDTP
EERYQKLKKH		SMDFLLFQFG		LCTFKYDYTD		SKYITKSFNF		YVFPKPFNRS
SPDVKFVCQS		SSIDFLASQG		FDFNKVFRNG		IPYLNQEEER		QLREQYDEKR
SQANGAGALS		YVSPNTSKCP		VTIPEDQKKF		IDQVVEKIED		LLQSEENKNL
DLEPCTGFQR		KLIYQTLSWK		YPKGIHVETL		ETEKKERYIV		ISKVDEEERK
RREQQKHAKE		QEELNDAVGF		SRVIHAIANS		GKLVIGHNML		LDVMHTVHQF
YCPLPADLSE		FKEMTTCVFP		RLLDTKLMAS		TQPFKDIINN		TSLAELEKRL
KETPFNPPKV		ESAEGFPSYD		TASEQLHEAG		YDAYITGLCF		ISMANYLGSF
LSPPKIHVSA		RSKLIEPFFN		KLFLMRVMDI		PYLNLEGPDL		QPKRDHVLHV
TFPKEWKTSD		LYQLFSAFGN		IQISWIDDTS		AFVSLSQPEQ		VKIAVNTSKY
AESYRIQTYA		EYMGRKQEEK		QIKRKWTEDS		WKEADSKRLN		PQCIPYTLQN
HYYRNNSFTA		PSTVGKRNLS		PSQEEAGLED		GVSGEISDTE		LEQTDSCAEP
LSEGRKKAKK		LKRMKKELSP		AGSISKNSPA		TLFEVPDTW

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном магнію, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Gao M., Fritz D.T., Ford L.P., Wilusz J. (2000). Interaction between a poly(A)-specific ribonuclease and the 5' cap influences mRNA deadenylation rates in vitro. Mol. Cell. 5: 479—488. PMID 10882133 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80442-6
• Martinez J., Ren Y.-G., Nilsson P., Ehrenberg M., Virtanen A. (2001). The mRNA cap structure stimulates rate of poly(A) removal and amplifies processivity of degradation. J. Biol. Chem. 276: 27923—27929. PMID 11359775 DOI:10.1074/jbc.M102270200
• Ren Y.-G., Martinez J., Virtanen A. (2002). Identification of the active site of poly(A)-specific ribonuclease by site-directed mutagenesis and Fe(2+)-mediated cleavage. J. Biol. Chem. 277: 5982—5987. PMID 11742007 DOI:10.1074/jbc.M111515200
• Lejeune F., Li X., Maquat L.E. (2003). Nonsense-mediated mRNA decay in mammalian cells involves decapping, deadenylating, and exonucleolytic activities. Mol. Cell. 12: 675—687. PMID 14527413 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00349-6
• Lai W.S., Kennington E.A., Blackshear P.J. (2003). Tristetraprolin and its family members can promote the cell-free deadenylation of AU-rich element-containing mRNAs by poly(A) ribonuclease. Mol. Cell. Biol. 23: 3798—3812. PMID 12748283 DOI:10.1128/MCB.23.11.3798-3812.2003

Див. також

• Хромосома 16