PBRM1

PBRM1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3G0J, 3HMF, 3IU5, 3IU6, 3K2J, 3LJW, 3MB4, 3TLP, 4Q0N, 4Q0O, 4Y03, 5IID, 5FH7, 5II1, 5II2, 5FH6, 5FH8
Ідентифікатори
Символи	PBRM1, BAF180, PB1, polybromo 1, SMARCH1, RCC
Зовнішні ІД	OMIM: 606083 MGI: 1923998 HomoloGene: 10044 GeneCards: PBRM1
Пов'язані генетичні захворювання
афективні розлади, nonpapillary renal cell carcinoma
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA translocase activity Клітинна компонента • nuclear chromosome • клітинне ядро • Нуклеоплазма • RSC-type complex Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • GO:0007067 мітоз • Ремоделювання хроматину • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • nucleosome disassembly • transcription elongation from RNA polymerase II promoter Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	55193	66923
Ensembl	ENSG00000163939	ENSMUSG00000042323
UniProt	Q86U86	Q8BSQ9
RefSeq (мРНК)	NM_018165 NM_018313 NM_181041 NM_181042 NM_001350074 NM_001350075 NM_001350076 NM_001350077 NM_001350078 NM_001350079 NM_001366070 NM_001366071 NM_001366072 NM_001366073 NM_001366074 NM_001366075 NM_001366076 NM_001394867 NM_001394868 NM_001394869 NM_001394870 NM_001394871 NM_001394872 NM_001394873 NM_001394874 NM_001394875 NM_001394877 NM_001394878 NM_001394879 NM_001394880 NM_001394881 NM_001394876 NM_001400470 NM_001400471 NM_001400472 NM_001400473 NM_001400474 NM_001400475 NM_001400479 NM_001400481 NM_001400484 NM_001400487 NM_001400490 NM_001400496 NM_001400500 NM_001400501 NM_001400504	NM_001081251 NM_025847 NM_001359854 NM_001359855 NM_001359856 NM_001359857 NM_001359858
RefSeq (білок)	NP_060783 NP_851385 NP_001337003 NP_001337004 NP_001337005 NP_001337006 NP_001337007 NP_001337008 NP_001352999 NP_001353000 NP_001353001 NP_001353002 NP_001353003 NP_001353004 NP_001353005	NP_001074720 NP_001346783 NP_001346784 NP_001346785 NP_001346786 NP_001346787
Локус (UCSC)	Хр. 3: 52.55 – 52.69 Mb	Хр. 14: 30.74 – 30.84 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PBRM1 (англ. Polybromo 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 689 амінокислот, а молекулярна маса — 192 948.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MGSKRRRATS		PSSSVSGDFD		DGHHSVSTPG		PSRKRRRLSN		LPTVDPIAVC
HELYNTIRDY		KDEQGRLLCE		LFIRAPKRRN		QPDYYEVVSQ		PIDLMKIQQK
LKMEEYDDVN		LLTADFQLLF		NNAKSYYKPD		SPEYKAACKL		WDLYLRTRNE
FVQKGEADDE		DDDEDGQDNQ		GTVTEGSSPA		YLKEILEQLL		EAIVVATNPS
GRLISELFQK		LPSKVQYPDY		YAIIKEPIDL		KTIAQRIQNG		SYKSIHAMAK
DIDLLAKNAK		TYNEPGSQVF		KDANSIKKIF		YMKKAEIEHH		EMAKSSLRMR
TPSNLAAARL		TGPSHSKGSL		GEERNPTSKY		YRNKRAVQGG		RLSAITMALQ
YGSESEEDAA		LAAARYEEGE		SEAESITSFM		DVSNPFYQLY		DTVRSCRNNQ
GQLIAEPFYH		LPSKKKYPDY		YQQIKMPISL		QQIRTKLKNQ		EYETLDHLEC
DLNLMFENAK		RYNVPNSAIY		KRVLKLQQVM		QAKKKELARR		DDIEDGDSMI
SSATSDTGSA		KRKSKKNIRK		QRMKILFNVV		LEAREPGSGR		RLCDLFMVKP
SKKDYPDYYK		IILEPMDLKI		IEHNIRNDKY		AGEEGMIEDM		KLMFRNARHY
NEEGSQVYND		AHILEKLLKE		KRKELGPLPD		DDDMASPKLK		LSRKSGISPK
KSKYMTPMQQ		KLNEVYEAVK		NYTDKRGRRL		SAIFLRLPSR		SELPDYYLTI
KKPMDMEKIR		SHMMANKYQD		IDSMVEDFVM		MFNNACTYNE		PESLIYKDAL
VLHKVLLETR		RDLEGDEDSH		VPNVTLLIQE		LIHNLFVSVM		SHQDDEGRCY
SDSLAEIPAV		DPNFPNKPPL		TFDIIRKNVE		NNRYRRLDLF		QEHMFEVLER
ARRMNRTDSE		IYEDAVELQQ		FFIKIRDELC		KNGEILLSPA		LSYTTKHLHN
DVEKERKEKL		PKEIEEDKLK		REEEKREAEK		SEDSSGAAGL		SGLHRTYSQD
CSFKNSMYHV		GDYVYVEPAE		ANLQPHIVCI		ERLWEDSAGE		KWLYGCWFYR
PNETFHLATR		KFLEKEVFKS		DYYNKVPVSK		ILGKCVVMFV		KEYFKLCPEN
FRDEDVFVCE		SRYSAKTKSF		KKIKLWTMPI		SSVRFVPRDV		PLPVVRVASV
FANADKGDDE		KNTDNSEDSR		AEDNFNLEKE		KEDVPVEMSN		GEPGCHYFEQ
LHYNDMWLKV		GDCVFIKSHG		LVRPRVGRIE		KVWVRDGAAY		FYGPIFIHPE
ETEHEPTKMF		YKKEVFLSNL		EETCPMTCIL		GKCAVLSFKD		FLSCRPTEIP
ENDILLCESR		YNESDKQMKK		FKGLKRFSLS		AKVVDDEIYY		FRKPIVPQKE
PSPLLEKKIQ		LLEAKFAELE		GGDDDIEEMG		EEDSEVIEPP		SLPQLQTPLA
SELDLMPYTP		PQSTPKSAKG		SAKKEGSKRK		INMSGYILFS		SEMRAVIKAQ
HPDYSFGELS		RLVGTEWRNL		ETAKKAEYEE		RAAKVAEQQE		RERAAQQQQP
SASPRAGTPV		GALMGVVPPP		TPMGMLNQQL		TPVAGMMGGY		PPGLPPLQGP
VDGLVSMGSM		QPLHPGGPPP		HHLPPGVPGL		PGIPPPGVMN		QGVAPMVGTP
APGGSPYGQQ		VGVLGPPGQQ		APPPYPGPHP		AGPPVIQQPT		TPMFVAPPPK
TQRLLHSEAY		LKYIEGLSAE		SNSISKWDQT		LAARRRDVHL		SKEQESRLPS
HWLKSKGAHT		TMADALWRLR		DLMLRDTLNI		RQAYNLENV

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Horikawa I., Barrett J.C. (2002). cDNA cloning of the human polybromo-1 gene on chromosome 3p21. DNA Seq. 13: 211—215. PMID 12487023 DOI:10.1080/1042517021000021590
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. (2001). Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription. Nature. 414: 924—928. PMID 11780067 DOI:10.1038/414924a
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 3