SAFB

SAFB
Ідентифікатори
Символи	SAFB, HAP, HET, SAF-B1, SAFB1, SAB-B1, SAF-B, scaffold attachment factor B
Зовнішні ІД	OMIM: 602895 MGI: 2146974 HomoloGene: 2229 GeneCards: SAFB
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • double-stranded DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription, DNA-templated • hormone metabolic process • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • intracellular estrogen receptor signaling pathway • regulation of mRNA processing • ріст • regulation of growth Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6294	224903
Ensembl	ENSG00000160633	ENSMUSG00000071054
UniProt	Q15424	D3YXK2
RefSeq (мРНК)	NM_001201338 NM_001201339 NM_001201340 NM_002967 NM_001320571 NM_001320572	NM_001163300 NM_001374619
RefSeq (білок)	NP_001188267 NP_001188268 NP_001188269 NP_001307500 NP_001307501 NP_002958	NP_001156772 NP_001361548
Локус (UCSC)	Хр. 19: 5.62 – 5.67 Mb	Хр. 17: 56.89 – 56.91 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SAFB (англ. Scaffold attachment factor B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 915 амінокислот, а молекулярна маса — 102 642.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAETLSGLGD		SGAAGAAALS		SASSETGTRR		LSDLRVIDLR		AELRKRNVDS
SGNKSVLMER		LKKAIEDEGG		NPDEIEITSE		GNKKTSKRSS		KGRKPEEEGV
EDNGLEENSG		DGQEDVETSL		ENLQDIDIMD		ISVLDEAEID		NGSVADCVED
DDADNLQESL		SDSRELVEGE		MKELPEQLQE		HAIEDKETIN		NLDTSSSDFT
ILQEIEEPSL		EPENEKILDI		LGETCKSEPV		KEESSELEQP		FAQDTSSVGP
DRKLAEEEDL		FDSAHPEEGD		LDLASESTAH		AQSSKADSLL		AVVKREPAEQ
PGDGERTDCE		PVGLEPAVEQ		SSAASELAEA		SSEELAEAPT		EAPSPEARDS
KEDGRKFDFD		ACNEVPPAPK		ESSTSEGADQ		KMSSPEDDSD		TKRLSKEEKG
RSSCGRNFWV		SGLSSTTRAT		DLKNLFSKYG		KVVGAKVVTN		ARSPGARCYG
FVTMSTAEEA		TKCINHLHKT		ELHGKMISVE		KAKNEPVGKK		TSDKRDSDGK
KEKSSNSDRS		TNLKRDDKCD		RKDDAKKGDD		GSGEKSKDQD		DQKPGPSERS
RATKSGSRGT		ERTVVMDKSK		GVPVISVKTS		GSKERASKSQ		DRKSASREKR
SVVSFDKVKE		PRKSRDSESH		SRVRERSERE		QRMQAQWERE		ERERLEIARE
RLAFQRQRLE		RERMERERLE		RERMHVEHER		RREQERIHRE		REELRRQQEL
RYEQERRPAV		RRPYDLDRRD		DAYWPEAKRA		ALDERYHSDF		NRQDRFHDFD
HRDRGRYPDH		SVDRREGSRS		MMGEREGQHY		PERHGGPERH		GRDSRDGWGG
YGSDKRMSEG		RGLPPPPRRD		WGDHGRREDD		RSWQGTADGG		MMDRDHKRWQ
GGERSMSGHS		GPGHMMNRGG		MSGRGSFAPG		GASRGHPIPH		GGMQGGFGGQ
SRGSRPSDAR		FTRRY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Renz A., Fackelmayer F.O. (1996). Purification and molecular cloning of the scaffold attachment factor B (SAF-B), a novel human nuclear protein that specifically binds to S/MAR-DNA. Nucleic Acids Res. 24: 843—849. PMID 8600450 DOI:10.1093/nar/24.5.843
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Garee J.P., Meyer R., Oesterreich S. (2011). Co-repressor activity of scaffold attachment factor B1 requires sumoylation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 408: 516—522. PMID 21527249 DOI:10.1016/j.bbrc.2011.04.040
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Див. також

• Хромосома 19