SCAF1

SCAF1
Ідентифікатори
Символи	SCAF1, SRA1, SR-related CTD associated factor 1
Зовнішні ІД	OMIM: 617264 MGI: 2141980 HomoloGene: 10442 GeneCards: SCAF1
Онтологія гена Молекулярна функція • protein domain specific binding • RNA binding • RNA polymerase II C-terminal domain binding Клітинна компонента • клітинне ядро Біологічний процес • mRNA processing • transcription by RNA polymerase II • Сплайсинг РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	58506	233208
Ensembl	ENSG00000126461	ENSMUSG00000038406
UniProt	Q9H7N4	Q5U4C3
RefSeq (мРНК)	NM_021228	NM_001008422 NM_001400819 NM_001400820 NM_001400821 NM_001400822
RefSeq (білок)	NP_067051	NP_001008422 NP_001387748 NP_001387749 NP_001387750 NP_001387751
Локус (UCSC)	Хр. 19: 49.64 – 49.66 Mb	Хр. 7: 44.65 – 44.67 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SCAF1 (англ. SR-related CTD associated factor 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на довгому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 312 амінокислот, а молекулярна маса — 139 270.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEEEDESRGK		TEESGEDRGD		GPPDRDPTLS		PSAFILRAIQ		QAVGSSLQGD
LPNDKDGSRC		HGLRWRRCRS		PRSEPRSQES		GGTDTATVLD		MATDSFLAGL
VSVLDPPDTW		VPSRLDLRPG		ESEDMLELVA		EVRIGDRDPI		PLPVPSLLPR
LRAWRTGKTV		SPQSNSSRPT		CARHLTLGTG		DGGPAPPPAP		SSASSSPSPS
PSSSSPSPPP		PPPPPAPPAP		PAPRFDIYDP		FHPTDEAYSP		PPAPEQKYDP
FEPTGSNPSS		SAGTPSPEEE		EEEEEEEEEE		EEDEEEEEGL		SQSISRISET
LAGIYDDNSL		SQDFPGDESP		RPDAQPTQPT		PAPGTPPQVD		STRADGAMRR
RVFVVGTEAE		ACREGKVSVE		VVTAGGAALP		PPLLPPGDSE		IEEGEIVQPE
EEPRLALSLF		RPGGRAARPT		PAASATPTAQ		PLPQPPAPRA		PEGDDFLSLH
AESDGEGALQ		VDLGEPAPAP		PAADSRWGGL		DLRRKILTQR		RERYRQRSPS
PAPAPAPAAA		AGPPTRKKSR		RERKRSGEAK		EAASSSSGTQ		PAPPAPASPW
DSKKHRSRDR		KPGSHASSSA		RRRSRSRSRS		RSTRRRSRST		DRRRGGSRRS
RSREKRRRRR		RSASPPPATS		SSSSSRRERH		RGKHRDGGGS		KKKKKRSRSR
GEKRSGDGSE		KAPAPAPPPS		GSTSCGDRDS		RRRGAVPPSI		QDLTDHDLFA
IKRTITVGRL		DKSDPRGPSP		APASSPKREV		LYDSEGLSGE		ERGGKSSQKD
RRRSGAASSS		SSSREKGSRR		KALDGGDRDR		DRDRDRDRDR		SSKKARPPKE
SAPSSGPPPK		PPVSSGSGSS		SSSSSCSSRK		VKLQSKVAVL		IREGVSSTTP
AKDAASAGLG		SIGVKFSRDR		ESRSPFLKPD		ERAPTEMAKA		APGSTKPKKT
KVKAKAGAKK		TKGTKGKTKP		SKTRKKVRSG		GGSGGSGGQV		SLKKSKADSC
SQAAGTKGAE		ETSWSGEERA		AKVPSTPPPK		AAPPPPALTP		DSQTVDSSCK
TPEVSFLPEE		ATEEAGVRGG		AEEEEEEEEE		EEEEEEEEEQ		QPATTTATST
AAAAPSTAPS		AGSTAGDSGA		EDGPASRVSQ		LPTLPPPMPW		NLPAGVDCTT
SGVLALTALL		FKMEEANLAS		RAKAQELIQA		TNQILSHRKP		PSSLGMTPAP
VPTSLGLPPG		PSSYLLPGSL		PLGGCGSTPP		TPTGLAATSD		KREGSSSSEG
RGDTDKYLKK		LHTQERAVEE		VKLAIKPYYQ		KKDITKEEYK		DILRKAVHKI
CHSKSGEINP		VKVSNLVRAY		VQRYRYFRKH		GRKPGDPPGP		PRPPKEPGPP
DKGGPGLPLP		PL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Scorilas A., Kyriakopoulou L., Katsaros D., Diamandis E.P. (2001). Cloning of a gene (SR-A1), encoding for a new member of the human Ser/Arg-rich family of pre-mRNA splicing factors: overexpression in aggressive ovarian cancer. Br. J. Cancer. 85: 190—198. PMID 11461075 DOI:10.1054/bjoc.2001.1885
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Katsarou M.E., Papakyriakou A., Katsaros N., Scorilas A. (2005). Expression of the C-terminal domain of novel human SR-A1 protein: interaction with the CTD domain of RNA polymerase II. Biochem. Biophys. Res. Commun. 334: 61—68. PMID 15992770 DOI:10.1016/j.bbrc.2005.06.053
• Leoutsakou T., Talieri M., Scorilas A. (2006). Expression analysis and prognostic significance of the SRA1 gene, in ovarian cancer. Biochem. Biophys. Res. Commun. 344: 667—674. PMID 16631123 DOI:10.1016/j.bbrc.2006.03.184
• Leoutsakou T., Talieri M., Scorilas A. (2006). Prognostic significance of the expression of SR-A1, encoding a novel SR-related CTD-associated factor, in breast cancer. Biol. Chem. 387: 1613—1618. PMID 17132108 DOI:10.1515/BC.2006.201
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Див. також

• Хромосома 19