SCAF8

SCAF8
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2DIW, 3D9I, 3D9J, 3D9K, 3D9L, 3D9M, 3D9N, 3D9O, 3D9P
Ідентифікатори
Символи	SCAF8, RBM16, SR-related CTD associated factor 8
Зовнішні ІД	OMIM: 616024 MGI: 1925212 HomoloGene: 8928 GeneCards: SCAF8
Онтологія гена Молекулярна функція • RNA polymerase core enzyme binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding • RNA polymerase II complex binding • mRNA binding Клітинна компонента • nuclear matrix • spliceosomal complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • цитоплазма • mRNA cleavage factor complex Біологічний процес • mRNA processing • Сплайсинг РНК • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA polyadenylation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	22828	106583
Ensembl	ENSG00000213079	ENSMUSG00000046201
UniProt	Q9UPN6	Q6DID3
RefSeq (мРНК)	NM_014892 NM_001286188 NM_001286189 NM_001286194 NM_001286199	NM_134123 NM_177053
RefSeq (білок)	NP_001273117 NP_001273118 NP_001273123 NP_001273128 NP_055707	NP_598884
Локус (UCSC)	Хр. 6: 154.73 – 154.83 Mb	Хр. 17: 3.17 – 3.25 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SCAF8 (англ. SR-related CTD associated factor 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 6-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 271 амінокислот, а молекулярна маса — 140 519.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEAVKTFNSE		LYSLNDYKPP		ISKAKMTQIT		KAAIKAIKFY		KHVVQSVEKF
IQKCKPEYKV		PGLYVIDSIV		RQSRHQFGQE		KDVFAPRFSN		NIISTFQNLY
RCPGDDKSKI		VRVLNLWQKN		NVFKSEIIQP		LLDMAAGIPP		PVVTPVLAST
TTAMSNTPGT		PVTPVTPANV		VQGLPDPWVS		QITNTDTLAA		VAQILQSPQG
QQLQQLIQTL		QIQQQKPQPS		ILQALDAGLV		VQLQALTAQL		TAAAAAANTL
TPLEQGVSFN		KKLMDRFDFG		EDSEHSEEPK		KEIPASQLSH		VSESVNNSIF
HQIAEQLQQQ		NLEHLRQQLL		EQQQPQKATP		QDSQEGTFGS		EHSASPSQGS
SQQHFLEPEV		NLDDSIDIQQ		QDMDIDEGQD		GVEEEVFEQE		AKKVAVRSRS
RTHSRSRSRS		PRKRRSRSRS		GSRKRKHRKR		SRSRSRERKR		KSSRSYSSER
RAREREKERQ		KKGLPPIRSK		TLSVCSTTLW		VGQVDKKATQ		QDLTNLFEEF
GQIESINMIP		PRGCAYVCMV		HRQDAFRALQ		KLSSGSYKIG		SKVIKIAWAL
NKGVKTEYKQ		FWDVDLGVTY		IPWEKVKVDD		LEGFAEGGMI		DQETVNTEWE
TVKSSEPVKE		TVQTTQSPTP		VEKETVVTTQ		AEVFPPPVAM		LQIPVAPAVP
TVSLVPPAFP		VSMPVPPPGF		SPIPPPPFLR		ASFNPSQPPP		GFMPPPVPPP
VVPPPTIPPV		VPTSLVQPSL		SMTPETVKDV		GFGSLVIPGG		SVASNLATSA
LPAGNVFNAP		TKQAEPEEKV		PHLIDHQISS		GENTRSVIPN		DISSNAAILG
GQPPNVTSNS		GILGVQRPNV		SSNSEILGVR		PSNVSSSSGI		IAAQPPNILN
NSGILGIQPP		SVSNSSGLLG		VLPPNIPNNS		GLVGVQPPNV		PNTPGLLGTQ
PPAGPQNLPP		LSIPNQRMPT		MPMLDIRPGL		IPQAPGPRFP		LIQPGIPPQR
GIPPPSVLDS		ALHPPPRGPF		PPGDIFSQPE		RPFLAPGRQS		VDNVTNPEKR
IPLGNDNIQQ		EGDRDYRFPP		IETRESISRP		PPVDVRDVVG		RPIDPREGPG
RPPLDGRDHF		GRPPVDIREN		LVRPGIDHLG		RRDHFGFNPE		KPWGHRGDFD
EREHRVLPVY		GGPKGLHEER		GRFRSGNYRF		DPRSGPWNRG		FGQEVHRDFD
DRRRPWERQR		DRDDRDFDFC		REMNGNRLGR		DRIQNTWVPP		PHARVFDYFE
GATSQRKGDN		VPQVNGENTE		RHAQPPPIPV		QNDPELYEKL		TSSNEINKEK
SDTVADIESE		PVVESTETEG		T

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, альтернативний сплайсинг, метилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Patturajan M., Wei X., Berezney R., Corden J.L. (1998). A nuclear matrix protein interacts with the phosphorylated C-terminal domain of RNA polymerase II. Mol. Cell. Biol. 18: 2406—2415. PMID 9528809 DOI:10.1128/MCB.18.4.2406
• Becker R., Loll B., Meinhart A. (2008). Snapshots of the RNA processing factor SCAF8 bound to different phosphorylated forms of the carboxyl-terminal domain of RNA polymerase II. J. Biol. Chem. 283: 22659—22669. PMID 18550522 DOI:10.1074/jbc.M803540200

Див. також

• Хромосома 6