SETMAR

SETMAR
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3BO5, 3F2K, 3K9J, 3K9K
Ідентифікатори
Символи	SETMAR, HsMar1, METNASE, Mar1, SET domain and mariner transposase fusion gene
Зовнішні ІД	OMIM: 609834 HomoloGene: 121979 GeneCards: SETMAR
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • protein homodimerization activity • zinc ion binding • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) • histone-lysine N-methyltransferase activity • зв'язування з іоном металу • single-stranded DNA binding • single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity • DNA topoisomerase binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • каталітична активність • nuclease activity • endonuclease activity • histone methyltransferase activity (H3-K36 specific) • double-stranded DNA binding • hydrolase activity • DNA binding Клітинна компонента • site of double-strand break • хромосома • condensed chromosome • клітинне ядро • ядерце Біологічний процес • histone H3-K36 dimethylation • DNA integration • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity • DNA double-strand break processing • positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining • DNA catabolic process, endonucleolytic • cellular response to DNA damage stimulus • histone H3-K36 methylation • histone H3-K4 methylation • Метилювання • replication fork processing • histone lysine methylation • mitotic DNA integrity checkpoint signaling • обмін речовин • проліферація • double-strand break repair via nonhomologous end joining • negative regulation of chromosome organization • GO:0100026 Репарація ДНК • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6419	41303
Ensembl	ENSG00000170364	FBgn0037841
UniProt	Q53H47	Q9VGW0
RefSeq (мРНК)	NM_001243723 NM_001276325 NM_006515 NM_001320676 NM_001320677 NM_001320678	NM_001104273
RefSeq (білок)	NP_001230652 NP_001263254 NP_001307605 NP_001307606 NP_001307607 NP_006506	NP_001097743
Локус (UCSC)	Хр. 3: 4.3 – 4.32 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SETMAR (англ. SET domain and mariner transposase fusion gene) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 684 амінокислот, а молекулярна маса — 78 034.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MFAEAAKTTR		PCGMAEFKEK		PEAPTEQLDV		ACGQENLPVG		AWPPGAAPAP
FQYTPDHVVG		PGADIDPTQI		TFPGCICVKT		PCLPGTCSCL		RHGENYDDNS
CLRDIGSGGK		YAEPVFECNV		LCRCSDHCRN		RVVQKGLQFH		FQVFKTHKKG
WGLRTLEFIP		KGRFVCEYAG		EVLGFSEVQR		RIHLQTKSDS		NYIIAIREHV
YNGQVMETFV		DPTYIGNIGR		FLNHSCEPNL		LMIPVRIDSM		VPKLALFAAK
DIVPEEELSY		DYSGRYLNLT		VSEDKERLDH		GKLRKPCYCG		AKSCTAFLPF
DSSLYCPVEK		SNISCGNEKE		PSMCGSAPSV		FPSCKRLTLE		TMKMMLDKKQ
IRAIFLFEFK		MGRKAAETTR		NINNAFGPGT		ANERTVQWWF		KKFCKGDESL
EDEERSGRPS		EVDNDQLRAI		IEADPLTTTR		EVAEELNVNH		STVVRHLKQI
GKVKKLDKWV		PHELTENQKN		RRFEVSSSLI		LRNHNEPFLD		RIVTCDEKWI
LYDNRRRSAQ		WLDQEEAPKH		FPKPILHPKK		VMVTIWWSAA		GLIHYSFLNP
GETITSEKYA		QEIDEMNQKL		QRLQLALVNR		KGPILLHDNA		RPHVAQPTLQ
KLNELGYEVL		PHPPYSPDLL		PTNYHVFKHL		NNFLQGKRFH		NQQDAENAFQ
EFVESQSTDF		YATGINQLIS		RWQKCVDCNG		SYFD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, гідролаз, регуляторів хроматину, нуклеаз, ендонуклеаз, метилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як пошкодження ДНК, репарація ДНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, іоном магнію, s-аденозил-l-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Cordaux R., Udit S., Batzer M.A., Feschotte C. (2006). Birth of a chimeric primate gene by capture of the transposase gene from a mobile element. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103: 8101—8106. PMID 16672366 DOI:10.1073/pnas.0601161103
• Robertson H.M., Zumpano K.L. (1997). Molecular evolution of an ancient mariner transposon, Hsmar1, in the human genome. Gene. 205: 203—217. PMID 9461395 DOI:10.1016/S0378-1119(97)00472-1
• Goodwin K.D., He H., Imasaki T., Lee S.H., Georgiadis M.M. (2010). Crystal structure of the human Hsmar1-derived transposase domain in the DNA repair enzyme Metnase. Biochemistry. 49: 5705—5713. PMID 20521842 DOI:10.1021/bi100171x

Див. також

• Хромосома 3