SMARCC2

SMARCC2
Ідентифікатори
Символи	SMARCC2, BAF170, CRACC2, Rsc8, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2, CSS8
Зовнішні ІД	OMIM: 601734 MGI: 1915344 HomoloGene: 2312 GeneCards: SMARCC2
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleosomal DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0031493 histone binding Клітинна компонента • transcription repressor complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • SWI/SNF complex • npBAF complex • nBAF complex • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • nucleosome disassembly • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • ремоделювання хроматину • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6601	68094
Ensembl	ENSG00000139613	ENSMUSG00000025369
UniProt	Q8TAQ2	Q6PDG5
RefSeq (мРНК)	NM_001130420 NM_003075 NM_139067 NM_001330288	NM_001114096 NM_001114097 NM_198160 NM_001372395
RefSeq (білок)	NP_001123892 NP_001317217 NP_003066 NP_620706	NP_001107568 NP_001107569 NP_937803 NP_001359324
Локус (UCSC)	Хр. 12: 56.16 – 56.19 Mb	Хр. 10: 128.3 – 128.33 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SMARCC2 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 214 амінокислот, а молекулярна маса — 132 879.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAVRKKDGGP		NVKYYEAADT		VTQFDNVRLW		LGKNYKKYIQ		AEPPTNKSLS
SLVVQLLQFQ		EEVFGKHVSN		APLTKLPIKC		FLDFKAGGSL		CHILAAAYKF
KSDQGWRRYD		FQNPSRMDRN		VEMFMTIEKS		LVQNNCLSRP		NIFLCPEIEP
KLLGKLKDII		KRHQGTVTED		KNNASHVVYP		VPGNLEEEEW		VRPVMKRDKQ
VLLHWGYYPD		SYDTWIPASE		IEASVEDAPT		PEKPRKVHAK		WILDTDTFNE
WMNEEDYEVN		DDKNPVSRRK		KISAKTLTDE		VNSPDSDRRD		KKGGNYKKRK
RSPSPSPTPE		AKKKNAKKGP		STPYTKSKRG		HREEEQEDLT		KDMDEPSPVP
NVEEVTLPKT		VNTKKDSESA		PVKGGTMTDL		DEQEDESMET		TGKDEDENST
GNKGEQTKNP		DLHEDNVTEQ		THHIIIPSYA		AWFDYNSVHA		IERRALPEFF
NGKNKSKTPE		IYLAYRNFMI		DTYRLNPQEY		LTSTACRRNL		AGDVCAIMRV
HAFLEQWGLI		NYQVDAESRP		TPMGPPPTSH		FHVLADTPSG		LVPLQPKTPQ
QTSASQQMLN		FPDKGKEKPT		DMQNFGLRTD		MYTKKNVPSK		SKAAASATRE
WTEQETLLLL		EALEMYKDDW		NKVSEHVGSR		TQDECILHFL		RLPIEDPYLE
DSEASLGPLA		YQPIPFSQSG		NPVMSTVAFL		ASVVDPRVAS		AAAKSALEEF
SKMKEEVPTA		LVEAHVRKVE		EAAKVTGKAD		PAFGLESSGI		AGTTSDEPER
IEESGNDEAR		VEGQATDEKK		EPKEPREGGG		AIEEEAKEKT		SEAPKKDEEK
GKEGDSEKES		EKSDGDPIVD		PEKEKEPKEG		QEEVLKEVVE		SEGERKTKVE
RDIGEGNLST		AAAAALAAAA		VKAKHLAAVE		ERKIKSLVAL		LVETQMKKLE
IKLRHFEELE		TIMDREREAL		EYQRQQLLAD		RQAFHMEQLK		YAEMRARQQH
FQQMHQQQQQ		PPPALPPGSQ		PIPPTGAAGP		PAVHGLAVAP		ASVVPAPAGS
GAPPGSLGPS		EQIGQAGSTA		GPQQQQPAGA		PQPGAVPPGV		PPPGPHGPSP
FPNQQTPPSM		MPGAVPGSGH		PGVAGNAPLG		LPFGMPPPPP		PPAPSIIPFG
SLADSISINL		PAPPNLHGHH		HHLPFAPGTL		PPPNLPVSMA		NPLHPNLPAT
TTMPSSLPLG		PGLGSAAAQS		PAIVAAVQGN		LLPSASPLPD		PGTPLPPDPT
APSPGTVTPV		PPPQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
• Phelan M.L., Sif S., Narlikar G.J., Kingston R.E. (1999). Reconstitution of a core chromatin remodeling complex from SWI/SNF subunits. Mol. Cell. 3: 247—253. PMID 10078207 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80315-9
• Sif S., Saurin A.J., Imbalzano A.N., Kingston R.E. (2001). Purification and characterization of mSin3A-containing Brg1 and hBrm chromatin remodeling complexes. Genes Dev. 15: 603—618. PMID 11238380 DOI:10.1101/gad.872801
• Hsiao P.W., Fryer C.J., Trotter K.W., Wang W., Archer T.K. (2003). BAF60a mediates critical interactions between nuclear receptors and the BRG1 chromatin-remodeling complex for transactivation. Mol. Cell. Biol. 23: 6210—6220. PMID 12917342 DOI:10.1128/MCB.23.17.6210-6220.2003

Див. також

• Хромосома 12