SPIDR

SPIDR
Ідентифікатори
Символи	SPIDR, KIAA0146, scaffolding protein involved in DNA repair
Зовнішні ІД	OMIM: 615384 MGI: 1924834 HomoloGene: 51693 GeneCards: SPIDR
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding Клітинна компонента • nuclear chromosome • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • cellular response to ionizing radiation • regulation of establishment of protein localization to chromosome • positive regulation of double-strand break repair • DNA recombination • cellular response to camptothecin • positive regulation of protein-containing complex assembly • cellular response to hydroxyurea • regulation of double-strand break repair via homologous recombination • cellular response to DNA damage stimulus • GO:0100026 Репарація ДНК • double-strand break repair via homologous recombination Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23514	224008
Ensembl	ENSG00000164808	ENSMUSG00000041974
UniProt	Q14159	Q8BGX7
RefSeq (мРНК)	NM_001080394 NM_001282916 NM_001282919	NM_146068 NM_001355731
RefSeq (білок)	NP_001073863 NP_001269845 NP_001269848 NP_001339860 NP_001339861 NP_001339862 NP_001339863 NP_001339864 NP_001339865 NP_001339866 NP_001339867 NP_001339868 NP_001339869 NP_001339870 NP_001339871 NP_001339872 NP_001339873 NP_001339874 NP_001339875 NP_001339876 NP_001339877 NP_001339878 NP_001339879 NP_001339880 NP_001339881 NP_001339882 NP_001339884 NP_001339885 NP_001339886 NP_001339887 NP_001339888 NP_001339889 NP_001339890	NP_666180 NP_001342660
Локус (UCSC)	н/д	Хр. 16: 15.71 – 15.96 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SPIDR (англ. Scaffolding protein involved in DNA repair) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 8-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 915 амінокислот, а молекулярна маса — 100 316.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MPRGSRARGS		KRKRSWNTEC		PSFPGERPLQ		VRRAGLRTAG		AAASLSEAWL
RCGEGFQNTS		GNPSLTAEEK		TITEKHLELC		PRPKQETTTS		KSTSGLTDIT
WSSSGSDLSD		EDKTLSQLQR		DELQFIDWEI		DSDRAEASDC		DEFEDDEGAV
EISDCASCAS		NQSLTSDEKL		SELPKPSSIE		ILEYSSDSEK		EDDLENVLLI
DSESPHKYHV		QFASDARQIM		ERLIDPRTKS		TETILHTPQK		PTAKFPRTPE
NSAKKKLLRG		GLAERLNGLQ		NRERSAISLW		RHQCISYQKT		LSGRKSGVLT
VKILELHEEC		AMQVAMCEQL		LGSPATSSSQ		SVAPRPGAGL		KVLFTKETAG
YLRGRPQDTV		RIFPPWQKLI		IPSGSCPVIL		NTYFCEKVVA		KEDSEKTCEV
YCPDIPLPRR		SISLAQMFVI		KGLTNNSPEI		QVVCSGVATT		GTAWTHGHKE
AKQRIPTSTP		LRDSLLDVVE		SQGAASWPGA		GVRVVVQRVY		SLPSRDSTRG
QQGASSGHTD		PAGTRACLLV		QDACGMFGEV		HLEFTMSKAR		QLEGKSCSLV
GMKVLQKVTR		GRTAGIFSLI		DTLWPPAIPL		KTPGRDQPCE		EIKTHLPPPA
LCYILTAHPN		LGQIDIIDED		PIYKLYQPPV		TRCLRDILQM		NDLGTRCSFY
ATVIYQKPQL		KSLLLLEQRE		IWLLVTDVTL		QTKEERDPRL		PKTLLVYVAP
LCVLGSEVLE		ALAGAAPHSL		FFKDALRDQG		RIVCAERTVL		LLQKPLLSVV
SGASSCELPG		PVMLDSLDSA		TPVNSICSVQ		GTVVGVDEST		AFSWPVCDMC
GNGRLEQRPE		DRGAFSCGDC		SRVVTSPVLK		RHLQVFLDCR		SRPQCRVKVK
LLQRSISSLL		RFAAGEDGSY		EVKSVLGKEV		GLLNCFVQSV		TAHPTSCIGL
EEIELLSAGG		ASAEH

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• Nagase T., Seki N., Tanaka A., Ishikawa K., Nomura N. (1995). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. IV. The coding sequences of 40 new genes (KIAA0121-KIAA0160) deduced by analysis of cDNA clones from human cell line KG-1. DNA Res. 2: 167—174. PMID 8590280 DOI:10.1093/dnares/2.4.167
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Lee Y.W., Eum S.Y., Chen K.C., Hennig B., Toborek M. (2004). Gene expression profile in interleukin-4-stimulated human vascular endothelial cells. Mol. Med. 10: 19—27. PMID 15502879 DOI:10.2119/2004-00024.Lee
• Yuan J., Chen J. (2013). FIGNL1-containing protein complex is required for efficient homologous recombination repair. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110: 10640—10645. PMID 23754376 DOI:10.1073/pnas.1220662110

Див. також

• Хромосома 8