UPF3B

UPF3B
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 1UW4, 2XB2
Ідентифікатори
Символи	UPF3B, HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B, regulator of nonsense mediated mRNA decay, UPF3B regulator of nonsense mediated mRNA decay, MRX82
Зовнішні ІД	OMIM: 300298 MGI: 1915384 HomoloGene: 11307 GeneCards: UPF3B
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • GO:0005487 structural constituent of nuclear pore • nucleic acid binding • RNA binding Клітинна компонента • exon-exon junction complex • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • ядерце • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • mRNA export from nucleus • positive regulation of translation • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA 3'-end processing • RNA export from nucleus • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	65109	68134
Ensembl	ENSG00000125351	ENSMUSG00000036572
UniProt	Q9BZI7	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_023010 NM_080632	NM_026573
RefSeq (білок)	NP_075386 NP_542199	н/д
Локус (UCSC)	Хр. X: 119.81 – 119.85 Mb	Хр. X: 37.09 – 37.11 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

UPF3B (англ. UPF3B, regulator of nonsense mediated mRNA decay) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 483 амінокислот, а молекулярна маса — 57 762.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKEEKEHRPK		EKRVTLLTPA		GATGSGGGTS		GDSSKGEDKQ		DRNKEKKEAL
SKVVIRRLPP		TLTKEQLQEH		LQPMPEHDYF		EFFSNDTSLY		PHMYARAYIN
FKNQEDIILF		RDRFDGYVFL		DNKGQEYPAI		VEFAPFQKAA		KKKTKKRDTK
VGTIDDDPEY		RKFLESYATD		NEKMTSTPET		LLEEIEAKNR		ELIAKKTTPL
LSFLKNKQRM		REEKREERRR		REIERKRQRE		EERRKWKEEE		KRKRKDIEKL
KKIDRIPERD		KLKDEPKIKV		HRFLLQAVNQ		KNLLKKPEKG		DEKELDKREK
AKKLDKENLS		DERASGQSCT		LPKRSDSELK		DEKPKRPEDE		SGRDYRERER
EYERDQERIL		RERERLKRQE		EERRRQKERY		EKEKTFKRKE		EEMKKEKDTL
RDKGKKAEST		ESIGSSEKTE		KKEEVVKRDR		IRNKDRPAMQ		LYQPGARSRN
RLCPPDDSTK		SGDSAAERKQ		ESGISHRKEG		GEE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
• Serin G., Gersappe A., Black J.D., Aronoff R., Maquat L.E. (2001). Identification and characterization of human orthologues to Saccharomyces cerevisiae Upf2 protein and Upf3 protein (Caenorhabditis elegans SMG-4). Mol. Cell. Biol. 21: 209—223. PMID 11113196 DOI:10.1128/MCB.21.1.209-223.2001
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Kim V.N., Kataoka N., Dreyfuss G. (2001). Role of the nonsense-mediated decay factor hUpf3 in the splicing-dependent exon-exon junction complex. Science. 293: 1832—1836. PMID 11546873 DOI:10.1126/science.1062829
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
• Gehring N.H., Neu-Yilik G., Schell T., Hentze M.W., Kulozik A.E. (2003). Y14 and hUpf3b form an NMD-activating complex. Mol. Cell. 11: 939—949. PMID 12718880 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00142-4

Див. також

• Хромосома X