USB1

USB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4H7W
Ідентифікатори
Символи	USB1, C16orf57, HVSL1, Mpn1, PN, hUsb1, U6 snRNA biogenesis phosphodiesterase 1, hMpn1
Зовнішні ІД	OMIM: 613276 MGI: 2142454 HomoloGene: 11611 GeneCards: USB1
Пов'язані генетичні захворювання
poikiloderma with neutropenia
Онтологія гена Молекулярна функція • nuclease activity • 3'-5'-exoribonuclease activity • hydrolase activity • poly(U)-specific exoribonuclease activity, producing 3' uridine cyclic phosphate ends Клітинна компонента • intercellular bridge • клітинне ядро Біологічний процес • U6 snRNA 3'-end processing • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • Сплайсинг РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	79650	101985
Ensembl	ENSG00000103005	ENSMUSG00000031792
UniProt	Q9BQ65	Q91W78
RefSeq (мРНК)	NM_001195302 NM_001204911 NM_024598 NM_001330568 NM_001330569	NM_133954
RefSeq (білок)	NP_001182231 NP_001191840 NP_001317497 NP_001317498 NP_078874	NP_598715
Локус (UCSC)	Хр. 16: 58 – 58.02 Mb	Хр. 8: 96.06 – 96.07 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

USB1 (англ. U6 snRNA biogenesis phosphodiesterase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 16-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 265 амінокислот, а молекулярна маса — 30 268.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSAAPLVGYS		SSGSEDESED		GMRTRPGDGS		HRRGQSPLPR		QRFPVPDSVL
NMFPGTEEGP		EDDSTKHGGR		VRTFPHERGN		WATHVYVPYE		AKEEFLDLLD
VLLPHAQTYV		PRLVRMKVFH		LSLSQSVVLR		HHWILPFVQA		LKARMTSFHR
FFFTANQVKI		YTNQEKTRTF		IGLEVTSGHA		QFLDLVSEVD		RVMEEFNLTT
FYQDPSFHLS		LAWCVGDARL		QLEGQCLQEL		QAIVDGFEDA		EVLLRVHTEQ
VRCKSGNKFF		SMPLK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, нуклеаз. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 16