XRN2

XRN2
Ідентифікатори
Символи	XRN2, entrez:22803, 5'-3' exoribonuclease 2
Зовнішні ІД	OMIM: 608851 MGI: 894687 HomoloGene: 6927 GeneCards: XRN2
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • 5'-3' exoribonuclease activity • 5'-3' exonuclease activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nuclease activity • transcription termination site sequence-specific DNA binding • exonuclease activity • hydrolase activity • 3'-5'-exoribonuclease activity • RNA binding Клітинна компонента • мембрана • aggresome • ядерце • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • DNA-templated transcription, termination • mRNA processing • Деградація РНК • transcription, DNA-templated • DNA catabolic process, exonucleolytic • Сперматогенез • RNA metabolic process • nucleobase-containing compound metabolic process • neuron differentiation • retina development in camera-type eye • rRNA processing • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • hippocampus development Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	22803	24128
Ensembl	ENSG00000088930	ENSMUSG00000027433
UniProt	Q9H0D6	Q9DBR1
RefSeq (мРНК)	NM_012255 NM_001317960	NM_011917 NM_001356402 NM_001356403
RefSeq (білок)	NP_001304889 NP_036387	NP_036047 NP_001343331 NP_001343332
Локус (UCSC)	Хр. 20: 21.3 – 21.39 Mb	Хр. 2: 146.85 – 146.92 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

XRN2 (англ. 5'-3' exoribonuclease 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 950 амінокислот, а молекулярна маса — 108 582.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MGVPAFFRWL		SRKYPSIIVN		CVEEKPKECN		GVKIPVDASK		PNPNDVEFDN
LYLDMNGIIH		PCTHPEDKPA		PKNEDEMMVA		IFEYIDRLFS		IVRPRRLLYM
AIDGVAPRAK		MNQQRSRRFR		ASKEGMEAAV		EKQRVREEIL		AKGGFLPPEE
IKERFDSNCI		TPGTEFMDNL		AKCLRYYIAD		RLNNDPGWKN		LTVILSDASA
PGEGEHKIMD		YIRRQRAQPN		HDPNTHHCLC		GADADLIMLG		LATHEPNFTI
IREEFKPNKP		KPCGLCNQFG		HEVKDCEGLP		REKKGKHDEL		ADSLPCAEGE
FIFLRLNVLR		EYLERELTMA		SLPFTFDVER		SIDDWVFMCF		FVGNDFLPHL
PSLEIRENAI		DRLVNIYKNV		VHKTGGYLTE		SGYVNLQRVQ		MIMLAVGEVE
DSIFKKRKDD		EDSFRRRQKE		KRKRMKRDQP		AFTPSGILTP		HALGSRNSPG
SQVASNPRQA		AYEMRMQNNS		SPSISPNTSF		TSDGSPSPLG		GIKRKAEDSD
SEPEPEDNVR		LWEAGWKQRY		YKNKFDVDAA		DEKFRRKVVQ		SYVEGLCWVL
RYYYQGCASW		KWYYPFHYAP		FASDFEGIAD		MPSDFEKGTK		PFKPLEQLMG
VFPAASGNFL		PPSWRKLMSD		PDSSIIDFYP		EDFAIDLNGK		KYAWQGVALL
PFVDERRLRA		ALEEVYPDLT		PEETRRNSLG		GDVLFVGKHH		PLHDFILELY
QTGSTEPVEV		PPELCHGIQG		KFSLDEEAIL		PDQIVCSPVP		MLRDLTQNTV
VSINFKDPQF		AEDYIFKAVM		LPGARKPAAV		LKPSDWEKSS		NGRQWKPQLG
FNRDRRPVHL		DQAAFRTLGH		VMPRGSGTGI		YSNAAPPPVT		YQGNLYRPLL
RGQAQIPKLM		SNMRPQDSWR		GPPPLFQQQR		FDRGVGAEPL		LPWNRMLQTQ
NAAFQPNQYQ		MLAGPGGYPP		RRDDRGGRQG		YPREGRKYPL		PPPSGRYNWN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• West S., Gromak N., Proudfoot N.J. (2004). Human 5' -> 3' exonuclease Xrn2 promotes transcription termination at co-transcriptional cleavage sites. Nature. 432: 522—525. PMID 15565158 DOI:10.1038/nature03035
• Gromak N., West S., Proudfoot N.J. (2006). Pause sites promote transcriptional termination of mammalian RNA polymerase II. Mol. Cell. Biol. 26: 3986—3996. PMID 16648491 DOI:10.1128/MCB.26.10.3986-3996.2006
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Skourti-Stathaki K., Proudfoot N.J., Gromak N. (2011). Human senataxin resolves RNA/DNA hybrids formed at transcriptional pause sites to promote Xrn2-dependent termination. Mol. Cell. 42: 794—805. PMID 21700224 DOI:10.1016/j.molcel.2011.04.026
• Miki T.S., Richter H., Rueegger S., Grosshans H. (2014). PAXT-1 promotes XRN2 activity by stabilizing it through a conserved domain. Mol. Cell. 53: 351—360. PMID 24462208 DOI:10.1016/j.molcel.2014.01.001

Див. також

• Хромосома 20