Мультиоміка: відмінності між версіями

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
Інтерактивний перегляд історії
[неперевірена версія][неперевірена версія]
← Попереднє редагуванняНаступне редагування →
Вилучено вміст Додано вміст
ВізуальнийВікірозмітка
мНемає опису редагування
Немає опису редагування
Рядок 114: Рядок 114:
[[Метагеноміка]] — це дослідження [[Генетичний матеріал|генетичного матеріалу]], отриманого безпосередньо зі зразків [[Навколишнє середовище|навколишнього середовища]]<ref>{{Cite news|title=Metagenomics: A New Direction in Ecology|url=https://doi.org/10.1134/S1062359022010150|work=Biology Bulletin|date=2021-12-01|accessdate=2023-06-11|issn=1608-3059|doi=10.1134/S1062359022010150|pages=S107–S117|volume=48|issue=3|language=en|first=M. V.|last=Vecherskii|first2=M. V.|last2=Semenov|first3=A. A.|last3=Lisenkova|first4=A. A.|last4=Stepankov}}</ref> чи мікробіому певного організму.<ref>{{Cite news|title=A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly|url=https://academic.oup.com/bib/article/20/4/1125/4210288|work=Briefings in Bioinformatics|date=2019-07-19|accessdate=2023-06-11|issn=1467-5463|pmc=PMC6781581|pmid=29028872|doi=10.1093/bib/bbx120|pages=1125–1136|volume=20|issue=4|language=en|first=Florian P|last=Breitwieser|first2=Jennifer|last2=Lu|first3=Steven L|last3=Salzberg}}</ref> Це дозволяє охарактеризувати спільноти організмів, які не піддаються культивуванню звичайними [[Мікробіологічна культура|мікробіологічними]] методами.<ref>{{Cite news|title=Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms|url=https://journals.asm.org/doi/10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004|work=Microbiology and Molecular Biology Reviews|date=2004-12|accessdate=2023-06-11|issn=1092-2172|pmc=PMC539003|pmid=15590779|doi=10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004|pages=669–685|volume=68|issue=4|language=en|first=Jo|last=Handelsman}}</ref> Метагеноміка дає уявлення про структуру та функції мікробних спільнот у різноманітних середовищах, у тому числі в організмі людини.<ref>{{Cite news|title=Clinical metagenomics|url=https://www.nature.com/articles/s41576-019-0113-7|work=[[Nature Reviews Genetics]]|date=2019-06|accessdate=2023-06-11|issn=1471-0064|pmc=PMC6858796|pmid=30918369|doi=10.1038/s41576-019-0113-7|pages=341–355|volume=20|issue=6|language=en|first=Charles Y.|last=Chiu|first2=Steven A.|last2=Miller}}</ref>
[[Метагеноміка]] — це дослідження [[Генетичний матеріал|генетичного матеріалу]], отриманого безпосередньо зі зразків [[Навколишнє середовище|навколишнього середовища]]<ref>{{Cite news|title=Metagenomics: A New Direction in Ecology|url=https://doi.org/10.1134/S1062359022010150|work=Biology Bulletin|date=2021-12-01|accessdate=2023-06-11|issn=1608-3059|doi=10.1134/S1062359022010150|pages=S107–S117|volume=48|issue=3|language=en|first=M. V.|last=Vecherskii|first2=M. V.|last2=Semenov|first3=A. A.|last3=Lisenkova|first4=A. A.|last4=Stepankov}}</ref> чи мікробіому певного організму.<ref>{{Cite news|title=A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly|url=https://academic.oup.com/bib/article/20/4/1125/4210288|work=Briefings in Bioinformatics|date=2019-07-19|accessdate=2023-06-11|issn=1467-5463|pmc=PMC6781581|pmid=29028872|doi=10.1093/bib/bbx120|pages=1125–1136|volume=20|issue=4|language=en|first=Florian P|last=Breitwieser|first2=Jennifer|last2=Lu|first3=Steven L|last3=Salzberg}}</ref> Це дозволяє охарактеризувати спільноти організмів, які не піддаються культивуванню звичайними [[Мікробіологічна культура|мікробіологічними]] методами.<ref>{{Cite news|title=Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms|url=https://journals.asm.org/doi/10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004|work=Microbiology and Molecular Biology Reviews|date=2004-12|accessdate=2023-06-11|issn=1092-2172|pmc=PMC539003|pmid=15590779|doi=10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004|pages=669–685|volume=68|issue=4|language=en|first=Jo|last=Handelsman}}</ref> Метагеноміка дає уявлення про структуру та функції мікробних спільнот у різноманітних середовищах, у тому числі в організмі людини.<ref>{{Cite news|title=Clinical metagenomics|url=https://www.nature.com/articles/s41576-019-0113-7|work=[[Nature Reviews Genetics]]|date=2019-06|accessdate=2023-06-11|issn=1471-0064|pmc=PMC6858796|pmid=30918369|doi=10.1038/s41576-019-0113-7|pages=341–355|volume=20|issue=6|language=en|first=Charles Y.|last=Chiu|first2=Steven A.|last2=Miller}}</ref>


== Інструменти та методи ==
⚫
== Одноклітинна мультиоміка ==

=== Секвенування наступного покоління ===
Технології секвенування наступного покоління (NGS) зробили революцію в геноміці та інших галузях оміки.<ref>{{Cite book
|url=https://www.taylorfrancis.com/books/mono/10.1201/9780429329180/next-generation-sequencing-data-analysis-xinkun-wang
|title=Next-Generation Sequencing Data Analysis
|last=Wang
|first=Xinkun
|date=2023-07-06
|publisher=CRC Press
|edition=2
|location=New York
|doi=10.1201/9780429329180
|isbn=978-0-429-32918-0
}}</ref> Вони забезпечують високопродуктивне секвенування, обробляючи мільйони послідовностей одночасно.<ref>{{Cite news|title=Next-Generation DNA Sequencing Methods|url=https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.genom.9.081307.164359|work=Annual Review of Genomics and Human Genetics|date=2008-09-01|accessdate=2023-06-12|issn=1527-8204|doi=10.1146/annurev.genom.9.081307.164359|pages=387–402|volume=9|issue=1|language=en|first=Elaine R.|last=Mardis}}</ref><ref>{{Cite news|title=Next-generation DNA sequencing|url=https://www.nature.com/articles/nbt1486|work=[[Nature Biotechnology]]|date=2008-10|accessdate=2023-06-12|issn=1546-1696|doi=10.1038/nbt1486|pages=1135–1145|volume=26|issue=10|language=en|first=Jay|last=Shendure|first2=Hanlee|last2=Ji}}</ref> NGS використовується для секвенування цілих геномів, транскриптомів (RNA-seq), метагеномів і аналізу епігенетичних маркерів.<ref>{{Cite web|title=Next-Generation Sequencing (NGS) {{!}} Explore the technology|url=https://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing.html|website=www.illumina.com|accessdate=2023-06-12|language=en}}</ref><ref>{{Cite web|title=An Overview of Next-Generation Sequencing|url=http://www.technologynetworks.com/genomics/articles/an-overview-of-next-generation-sequencing-346532|website=Genomics Research from Technology Networks|accessdate=2023-06-12|language=en}}</ref><ref>{{Cite news|title=Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing|url=https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2023.982111|work=Frontiers in Bioengineering and Biotechnology|date=2023|accessdate=2023-06-12|issn=2296-4185|pmc=PMC9895957|pmid=36741756|doi=10.3389/fbioe.2023.982111|volume=11|first=Chu|last=Cheng|first2=Zhongjie|last2=Fei|first3=Pengfeng|last3=Xiao}}</ref><ref>{{Cite news|title=A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms|url=https://www.hindawi.com/journals/bmri/2022/3457806/|work=BioMed Research International|date=2022-09-29|accessdate=2023-06-12|issn=2314-6133|pmc=PMC9537002|pmid=36212714|doi=10.1155/2022/3457806|pages=e3457806|volume=2022|language=en|first=Muhammad Tariq|last=Pervez|first2=Mirza Jawad ul|last2=Hasnain|first3=Syed Hassan|last3=Abbas|first4=Mahmoud F.|last4=Moustafa|first5=Naeem|last5=Aslam|first6=Syed Shah Muhammad|last6=Shah}}</ref>

⚫
=== Одноклітинна мультиоміка ===
Відгалуженням галузі мультиоміки є аналіз багаторівневих одноклітинних даних, які називають [[Одноклітинний аналіз|одноклітинною]] мультиомікою.<ref name=":0">{{Cite journal|last=Han|first=Jing-Dong Jackie|date=2018-09-05|title=Faculty of 1000 evaluation for Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells.|url=https://facultyopinions.com/prime/727213649#eval793550351|journal=Trends in Genetics|volume=33|issue=2|doi=10.3410/f.727213649.793550351}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Hu|first=Youjin|last2=An|first2=Qin|last3=Sheu|first3=Katherine|last4=Trejo|first4=Brandon|last5=Fan|first5=Shuxin|last6=Guo|first6=Ying|date=2018-04-20|title=Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application|journal=Frontiers in Cell and Developmental Biology|volume=6|pages=28|doi=10.3389/fcell.2018.00028|issn=2296-634X|pmc=5919954|pmid=29732369|doi-access=free}}</ref> Цей підхід дає нам безпрецедентну можливість розглядати багаторівневі процеси в здоров’ї та захворюваннях на рівні однієї клітини.<ref>{{Cite news|title=Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics|url=https://www.nature.com/articles/s41576-023-00580-2|work=Nature Reviews Genetics|date=2023-03-02|accessdate=2023-06-11|issn=1471-0064|doi=10.1038/s41576-023-00580-2|pages=1–22|language=en|first=Katy|last=Vandereyken|first2=Alejandro|last2=Sifrim|first3=Bernard|last3=Thienpont|first4=Thierry|last4=Voet}}</ref>
Відгалуженням галузі мультиоміки є аналіз багаторівневих одноклітинних даних, які називають [[Одноклітинний аналіз|одноклітинною]] мультиомікою.<ref name=":0">{{Cite journal|last=Han|first=Jing-Dong Jackie|date=2018-09-05|title=Faculty of 1000 evaluation for Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells.|url=https://facultyopinions.com/prime/727213649#eval793550351|journal=Trends in Genetics|volume=33|issue=2|doi=10.3410/f.727213649.793550351}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Hu|first=Youjin|last2=An|first2=Qin|last3=Sheu|first3=Katherine|last4=Trejo|first4=Brandon|last5=Fan|first5=Shuxin|last6=Guo|first6=Ying|date=2018-04-20|title=Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application|journal=Frontiers in Cell and Developmental Biology|volume=6|pages=28|doi=10.3389/fcell.2018.00028|issn=2296-634X|pmc=5919954|pmid=29732369|doi-access=free}}</ref> Цей підхід дає нам безпрецедентну можливість розглядати багаторівневі процеси в здоров’ї та захворюваннях на рівні однієї клітини.<ref>{{Cite news|title=Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics|url=https://www.nature.com/articles/s41576-023-00580-2|work=Nature Reviews Genetics|date=2023-03-02|accessdate=2023-06-11|issn=1471-0064|doi=10.1038/s41576-023-00580-2|pages=1–22|language=en|first=Katy|last=Vandereyken|first2=Alejandro|last2=Sifrim|first3=Bernard|last3=Thienpont|first4=Thierry|last4=Voet}}</ref>


Рядок 121: Рядок 137:
Проблемою є інтеграція протеомних<ref name=":7" /><ref name=":8" /> і транскриптомних даних.<ref name=":1">{{Cite journal|last=Darmanis|first=Spyros|last2=Gallant|first2=Caroline Julie|last3=Marinescu|first3=Voichita Dana|last4=Niklasson|first4=Mia|last5=Segerman|first5=Anna|last6=Flamourakis|first6=Georgios|last7=Fredriksson|first7=Simon|last8=Assarsson|first8=Erika|last9=Lundberg|first9=Martin|date=2016-01-12|title=Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells|journal=Cell Reports|volume=14|issue=2|pages=380–389|doi=10.1016/j.celrep.2015.12.021|issn=2211-1247|pmc=4713867|pmid=26748716}}</ref><ref name=":2">{{Cite journal|last=Gherardini|first=Pier Federico|last2=Nolan|first2=Garry P.|last3=Chen|first3=Shih-Yu|last4=Hsieh|first4=Elena W. Y.|last5=Zunder|first5=Eli R.|last6=Bava|first6=Felice-Alessio|last7=Frei|first7=Andreas P.|date=March 2016|title=Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells|journal=Nature Methods|volume=13|issue=3|pages=269–275|doi=10.1038/nmeth.3742|issn=1548-7105|pmc=4767631|pmid=26808670}}</ref> Один із підходів до виконання такого вимірювання полягає у фізичному розділенні одноклітинних лізатів на дві частини, обробці половини для РНК, а половини для білків.<ref name=":1" /> Вміст білка в лізатах можна виміряти, наприклад, за допомогою методів розширення (PEA), які використовують антитіла зі штрих-кодом ДНК.<ref>{{Cite journal|last=Assarsson|first=Erika|last2=Lundberg|first2=Martin|last3=Holmquist|first3=Göran|last4=Björkesten|first4=Johan|last5=Bucht Thorsen|first5=Stine|last6=Ekman|first6=Daniel|last7=Eriksson|first7=Anna|last8=Rennel Dickens|first8=Emma|last9=Ohlsson|first9=Sandra|date=2014-04-22|title=Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability|journal=PLOS ONE|volume=9|issue=4|pages=e95192|bibcode=2014PLoSO...995192A|doi=10.1371/journal.pone.0095192|issn=1932-6203|pmc=3995906|pmid=24755770|doi-access=free}}</ref> Інший підхід використовує комбінацію РНК-зондів важких металів і білкових антитіл для адаптації мас-цитометрії для мультиомічного аналізу.<ref name=":2" />
Проблемою є інтеграція протеомних<ref name=":7" /><ref name=":8" /> і транскриптомних даних.<ref name=":1">{{Cite journal|last=Darmanis|first=Spyros|last2=Gallant|first2=Caroline Julie|last3=Marinescu|first3=Voichita Dana|last4=Niklasson|first4=Mia|last5=Segerman|first5=Anna|last6=Flamourakis|first6=Georgios|last7=Fredriksson|first7=Simon|last8=Assarsson|first8=Erika|last9=Lundberg|first9=Martin|date=2016-01-12|title=Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells|journal=Cell Reports|volume=14|issue=2|pages=380–389|doi=10.1016/j.celrep.2015.12.021|issn=2211-1247|pmc=4713867|pmid=26748716}}</ref><ref name=":2">{{Cite journal|last=Gherardini|first=Pier Federico|last2=Nolan|first2=Garry P.|last3=Chen|first3=Shih-Yu|last4=Hsieh|first4=Elena W. Y.|last5=Zunder|first5=Eli R.|last6=Bava|first6=Felice-Alessio|last7=Frei|first7=Andreas P.|date=March 2016|title=Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells|journal=Nature Methods|volume=13|issue=3|pages=269–275|doi=10.1038/nmeth.3742|issn=1548-7105|pmc=4767631|pmid=26808670}}</ref> Один із підходів до виконання такого вимірювання полягає у фізичному розділенні одноклітинних лізатів на дві частини, обробці половини для РНК, а половини для білків.<ref name=":1" /> Вміст білка в лізатах можна виміряти, наприклад, за допомогою методів розширення (PEA), які використовують антитіла зі штрих-кодом ДНК.<ref>{{Cite journal|last=Assarsson|first=Erika|last2=Lundberg|first2=Martin|last3=Holmquist|first3=Göran|last4=Björkesten|first4=Johan|last5=Bucht Thorsen|first5=Stine|last6=Ekman|first6=Daniel|last7=Eriksson|first7=Anna|last8=Rennel Dickens|first8=Emma|last9=Ohlsson|first9=Sandra|date=2014-04-22|title=Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability|journal=PLOS ONE|volume=9|issue=4|pages=e95192|bibcode=2014PLoSO...995192A|doi=10.1371/journal.pone.0095192|issn=1932-6203|pmc=3995906|pmid=24755770|doi-access=free}}</ref> Інший підхід використовує комбінацію РНК-зондів важких металів і білкових антитіл для адаптації мас-цитометрії для мультиомічного аналізу.<ref name=":2" />


== Мультиоміка та машинне навчання ==
=== Машинне навчання ===
Паралельно з прогресом у [[Молекулярна біологія|молекулярній]], [[Системна біологія|системній]] та [[Обчислювальна біологія|обчислювальній біології]], процвітають програми [[Машинне навчання|машинного навчання]] для аналізу біомедичних [[Дані|даних]]. Інтеграція мультиомічного аналізу даних і машинного навчання призвела до відкриття нових біомаркерів.<ref>{{Cite journal|last=Garmire|first=Lana X.|last2=Chaudhary|first2=Kumardeep|last3=Huang|first3=Sijia|date=2017|title=More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods|journal=Frontiers in Genetics|language=English|volume=8|pages=84|doi=10.3389/fgene.2017.00084|issn=1664-8021|pmc=5472696|pmid=28670325|doi-access=free}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Tagkopoulos|first=Ilias|last2=Kim|first2=Minseung|date=2018|title=Data integration and predictive modeling methods for multi-omics datasets|journal=Molecular Omics|volume=14|issue=1|pages=8–25|doi=10.1039/C7MO00051K|pmid=29725673}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lin|first=Eugene|last2=Lane|first2=Hsien-Yuan|date=2017-01-20|title=Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data|journal=Biomarker Research|volume=5|issue=1|pages=2|doi=10.1186/s40364-017-0082-y|issn=2050-7771|pmc=5251341|pmid=28127429}}</ref> Наприклад, один із методів проекту [http://mixomics.org/ mixOmics] реалізує метод, заснований на розрідженій частковій регресії найменших квадратів для відбору ознак (передбачуваних біомаркерів).<ref name=":4">{{Cite journal|last=Rohart|first=Florian|last2=Gautier|first2=Benoît|last3=Singh|first3=Amrit|last4=Lê Cao|first4=Kim-Anh|date=2017-02-14|title=mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration|journal=PLOS Computational Biology|volume=13|issue=11|pages=e1005752|bibcode=2017PLSCB..13E5752R|biorxiv=|doi=10.1371/journal.pcbi.1005752|pmc=5687754|pmid=29099853}}</ref>
Паралельно з прогресом у [[Молекулярна біологія|молекулярній]], [[Системна біологія|системній]] та [[Обчислювальна біологія|обчислювальній біології]], процвітають програми [[Машинне навчання|машинного навчання]] для аналізу біомедичних [[Дані|даних]]. Інтеграція мультиомічного аналізу даних і машинного навчання призвела до відкриття нових біомаркерів.<ref>{{Cite journal|last=Garmire|first=Lana X.|last2=Chaudhary|first2=Kumardeep|last3=Huang|first3=Sijia|date=2017|title=More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods|journal=Frontiers in Genetics|language=English|volume=8|pages=84|doi=10.3389/fgene.2017.00084|issn=1664-8021|pmc=5472696|pmid=28670325|doi-access=free}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Tagkopoulos|first=Ilias|last2=Kim|first2=Minseung|date=2018|title=Data integration and predictive modeling methods for multi-omics datasets|journal=Molecular Omics|volume=14|issue=1|pages=8–25|doi=10.1039/C7MO00051K|pmid=29725673}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lin|first=Eugene|last2=Lane|first2=Hsien-Yuan|date=2017-01-20|title=Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data|journal=Biomarker Research|volume=5|issue=1|pages=2|doi=10.1186/s40364-017-0082-y|issn=2050-7771|pmc=5251341|pmid=28127429}}</ref> Наприклад, один із методів проекту [http://mixomics.org/ mixOmics] реалізує метод, заснований на розрідженій частковій регресії найменших квадратів для відбору ознак (передбачуваних біомаркерів).<ref name=":4">{{Cite journal|last=Rohart|first=Florian|last2=Gautier|first2=Benoît|last3=Singh|first3=Amrit|last4=Lê Cao|first4=Kim-Anh|date=2017-02-14|title=mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration|journal=PLOS Computational Biology|volume=13|issue=11|pages=e1005752|bibcode=2017PLSCB..13E5752R|biorxiv=|doi=10.1371/journal.pcbi.1005752|pmc=5687754|pmid=29099853}}</ref>


Версія за 09:16, 12 червня 2023

Мультиоміка: спрощено та схематично
Мультиоміка: спрощено та схематично
Кількість цитувань термінів «Multiomics» і «Multi-omics» у PubMed до 31 грудня 2021 року.

Мультиоміка, мульти-оміка, інтегративна оміка — це підхід до біологічного аналізу, спрямований на використання та інтеграцію великої кількості даних, наданої дослідженнями «омами», такими як геном, протеом, транскриптом, епігеном, епітранскриптом, метаболом і мікробіом (мета-геном і/або мета-транскриптом), інтерактом тощо, щоб розвинути комплексне та цілісне розуміння біологічних систем.[1][2][3][4]

«-Оми» — це набори передових, високопродуктивних методологій, які використовуються для аналізу широкого діапазону біологічних молекул та їх взаємодії з метою розуміння структури, функції та динаміки біологічних систем на різних рівнях.[5] Поєднуючи ці «-оми», вчені можуть аналізувати складні біологічні великі дані, щоб знаходити нові асоціації між біологічними об’єктами, точно визначати відповідні біомаркери захворювань і фізіологічних процесів.[6][7] Роблячи це, мультиоміка об’єднує різноманітні дані омік, щоб знайти узгоджено відповідний зв’язок або асоціацію генотип-фенотип-довкілля.[8] Термін «мультіоміка» відображає взаємозв’язок і складну взаємодію між різними типами біологічних даних. Біологічні процеси керуються каскадом подій, які починаються з генома та призводять до функціональних білків і метаболітів, які опосередковують клітинні процеси. Уздовж цього континууму існують різні точки регулювання та зворотного зв’язку, які найкраще зрозуміти, якщо розглядати їх разом.[9]

Мультиоміка має на меті вийти за рамки редукціоністського погляду на розгляд кожного типу даних омік ізольовано. Натомість мультиоміка, як підхід, визнає, що ціле більше, ніж сума його частин. Підходи мультиоміки можуть прояснити, як зміни на одному рівні (наприклад, генетична мутація) можуть поширюватися на інші рівні (наприклад, зміни у функції білка та виробництві метаболітів), таким чином сприяючи складним рисам або хворобливим станам.[10][11]

Цей комплексний підхід є особливо ефективним у вирішенні складних біологічних питань і все частіше застосовується в таких сферах, як біомедицина[7] та біомедична інженерія, біологія, сільське господарство й дослідження навколишнього середовища, біоінженерія та синтетична біологія тощо. Наприклад, у прецизійній медицині інтеграція мультиомних даних — від геномних до навколишніх — пропонує можливість більш точного прогнозування, профілактики та стратегій лікування для окремих пацієнтів.[12]

Однак інтеграція кількох типів даних омік не позбавлена ​​проблем. Вони включають потребу в надійних обчислювальних інструментах і статистичних методах для обробки та аналізу великих складних наборів даних; необхідність стандартизації та перевірки даних; а також питання етики, конфіденційності та обміну даними.[13] Незважаючи на ці проблеми, мультиоміка має величезні перспективи для трансформації нашого розуміння складних біологічних систем і хворобливих процесів.[6]

Типи досліджень в мультиоміці

Геноміка

Геноміка — це наука про повний набір генів в організмі (геном), включаючи їх організацію, функції та взаємодію.[14] Завершення проекту «Геном людини» у 2003 році стало знаменним досягненням, яке проклало шлях для передових досліджень генетики людини та інших видів.[15] Методи в геноміці включають секвенування цілого генома[16][17], повногеномне дослідження асоціацій (GWAS)[18] і порівняльну геноміку[19][20] та інші.[21][22]

Транскриптоміка

Транскриптоміка передбачає вивчення повного набору транскриптів РНК, які виробляються геномом за певних умов.[23] Такі методи, як мікрочипи та секвенування РНК (RNA-seq), дозволяють дослідникам вимірювати зміни в експресії генів, виявляючи, як клітини реагують на різні стимули.[24] (Див. також Транскрипція (біологія), Транскриптомні технології)

Епігеноміка

Епігеноміка — це дослідження повного набору епігенетичних модифікацій генетичного матеріалу клітини, відомого як епігеном. Ці зміни можуть впливати на експресію генів, "вмикаючи" чи "вимикаючи" їх, не змінюючи базову послідовність ДНК.[25]

Епітранскриптоміка

Епітранскриптоміка — це дослідження епітранскриптому[26] — функціонально відповідних модифікацій транскриптому, які можуть впливати на стабільність, локалізацію та трансляцію РНК.[27] Це поле дозволяє досліджувати інший рівень регуляції генів, який впливає на численні клітинні процеси та потенційно сприяє хворобливим станам.[28]

Протеоміка

Протеоміка передбачає широкомасштабне вивчення білків, включаючи їх структуру, функції та взаємодії, — протеом.[29][30][31][32][33] Мас-спектрометрія та білкові мікрочіпи є широко використовуваними методами в протеоміці.[34][35]

Ліпідоміка

Ліпідоміка — це широкомасштабне дослідження шляхів і мереж клітинних ліпідів у біологічних системах.[36] Ліпідоміка використовує методи аналітичної хімії та мас-спектрометрії[37] для ідентифікації та кількісного визначення різноманітного діапазону ліпідів у біологічних системах.[38][39]

Глікоміка

Глікоміка — це комплексне дослідження всіх гліканових структур (вуглеводів) клітини, тканини або організму.[40] Глікоміка досліджує структуру та функції гліканів (цукрів, сахаридів) у біологічних системах, зокрема, завдяки мас-спектрометрії.[41][42][43]

Метаболоміка

Метаболоміка — це дослідження повного набору дрібномолекулярних хімічних речовин, знайдених у біологічному зразку. Досліджуючи ці метаболіти, дослідники можуть отримати уявлення про фізіологічні стани та реакцію на захворювання або зміни навколишнього середовища.[44]

Інтерактоміка

Інтерактоміка відноситься до вивчення інтерактома, усієї сукупності молекулярних взаємодій у клітинах. Це може включати білок-білок[45][46], білок-ДНК[47], білок-метаболіт[48], епігенетичні[49], бактеріальні[50] та інші типи взаємодій.[51][52]

Мікробіоміка

Мікробіоміка передбачає характеристику та аналіз мікробних спільнот, включаючи бактерії, археї, віруси, гриби, пріони, найпростіші та водорості, у визначеному середовищі.[53] (Див. також Мікробіом, Мікробіом людини, Мікробіота кишківника)

Метагеноміка

Метагеноміка — це дослідження генетичного матеріалу, отриманого безпосередньо зі зразків навколишнього середовища[54] чи мікробіому певного організму.[55] Це дозволяє охарактеризувати спільноти організмів, які не піддаються культивуванню звичайними мікробіологічними методами.[56] Метагеноміка дає уявлення про структуру та функції мікробних спільнот у різноманітних середовищах, у тому числі в організмі людини.[57]

Інструменти та методи

Секвенування наступного покоління

Технології секвенування наступного покоління (NGS) зробили революцію в геноміці та інших галузях оміки.[58] Вони забезпечують високопродуктивне секвенування, обробляючи мільйони послідовностей одночасно.[59][60] NGS використовується для секвенування цілих геномів, транскриптомів (RNA-seq), метагеномів і аналізу епігенетичних маркерів.[61][62][63][64]

Одноклітинна мультиоміка

Відгалуженням галузі мультиоміки є аналіз багаторівневих одноклітинних даних, які називають одноклітинною мультиомікою.[65][66] Цей підхід дає нам безпрецедентну можливість розглядати багаторівневі процеси в здоров’ї та захворюваннях на рівні однієї клітини.[67]

Методи паралельного одноклітинного геномного та транскриптомного аналізу можуть базуватися на одночасній ампліфікації[68] або фізичному розділенні РНК і геномної ДНК.[69] Вони дозволяють отримати інформацію, яку неможливо зібрати виключно за допомогою транскриптомного аналізу, оскільки, наприклад, дані РНК не містять некодуючих геномних ділянок та інформації щодо варіації кількості копій. Розширенням цієї методології є інтеграція одноклітинних транскриптомів до одноклітинних метиломів, поєднання одноклітинного бісульфітного секвенування[70][71] до одноклітинного секвенування РНК (RNA-Seq).[72] Інші методи досліджують епігеном, такі як одноклітинний ATAC-Seq[73] і одноклітинний Hi-C.[74]

Проблемою є інтеграція протеомних[30][33] і транскриптомних даних.[75][76] Один із підходів до виконання такого вимірювання полягає у фізичному розділенні одноклітинних лізатів на дві частини, обробці половини для РНК, а половини для білків.[75] Вміст білка в лізатах можна виміряти, наприклад, за допомогою методів розширення (PEA), які використовують антитіла зі штрих-кодом ДНК.[77] Інший підхід використовує комбінацію РНК-зондів важких металів і білкових антитіл для адаптації мас-цитометрії для мультиомічного аналізу.[76]

Машинне навчання

Паралельно з прогресом у молекулярній, системній та обчислювальній біології, процвітають програми машинного навчання для аналізу біомедичних даних. Інтеграція мультиомічного аналізу даних і машинного навчання призвела до відкриття нових біомаркерів.[78][79][80] Наприклад, один із методів проекту mixOmics реалізує метод, заснований на розрідженій частковій регресії найменших квадратів для відбору ознак (передбачуваних біомаркерів).[81]

Мультиоміка в медицині

Огляд фаз 1 і 2 проекту мікробіома людини.

Прогрес в мультиоміці обіцяє заповнити прогалини в розумінні людського здоров’я та хвороб, і багато дослідників працюють над способами створення та аналізу даних, пов’язаних із хворобами.[82] Перші застосування варіюються від розуміння взаємодій господар-патоген та інфекційних захворювань[83][84], онкопатологій[85], до кращого розуміння хронічних і складних неінфекційних захворювань[86], неврологічних патологій[87], і вдосконалення персоналізованої медицини.[88][7]

Комплексний проект мікробіома людини

Друга фаза проекту людського мікробіому вартістю 170 мільйонів доларів була зосереджена на інтеграції даних пацієнтів у різні набори даних омік, враховуючи генетику господаря, клінічну інформацію та склад мікробіому.[89][90] Перша фаза була зосереджена на характеристиці спільнот у різних місцях тіла. Друга фаза зосереджена на інтеграції мультиомічних даних від господаря та мікробіому до захворювань людини. Зокрема, проект використовував мультиоміку для покращення розуміння взаємодії мікробіомів кишечника та носа з діабетом 2 типу,[91] мікробіоти кишківника та запальних захворювань кишківника[92], та мікробіомів піхви та передчасних пологів[93].

Системна імунологія

Складність взаємодій в імунній системі людини спонукала до створення великої кількості пов’язаних з імунологією багатомасштабних омічних даних.[94] Мультиомічний аналіз даних був використаний для збору нових ідей щодо імунної відповіді на інфекційні захворювання, такі як дитяча чікунгунья [95], а також неінфекційні аутоімунні захворювання.[96] Інтегративну оміку також активно використовували для розуміння ефективності та побічних ефектів вакцин.[97] Наприклад, мультиоміка була важливою для виявлення зв’язку змін метаболітів плазми та транскриптома імунної системи у відповідь на вакцинацію проти оперізувального герпесу.[98]

Список програмного забезпечення для мультиомічного аналізу

Проект Bioconductor курує різні пакети R, спрямовані на інтеграцію omic даних:

  • omicade4 для множинного співінерційного аналізу мультиомічних наборів даних[99]
  • MultiAssayExperiment, що пропонує інтерфейс біопровідника для накладання зразків[100]
  • IMAS, пакет, зосереджений на використанні мультиомічних даних для оцінки альтернативного сплайсингу[101]
  • bioCancer, пакет для візуалізації мультиомних даних раку[102]
  • mixOmics, набір багатоваріантних методів для інтеграції даних[81]
  • MultiDataSet, пакет для інкапсуляції кількох наборів даних[103]

База даних OmicTools[104] додаткововисвітлює R-пакети та інші інструменти для мультиомічного аналізу даних:

  • PaintOmics, веб-ресурс для візуалізації наборів даних мультиоміки[105][106]
  • SIGMA, програма Java, зосереджена на інтегрованому аналізі наборів даних раку[107]
  • iOmicsPASS, інструмент на C++ для прогнозування фенотипу на основі мультиоміки[108]
  • Grimon, графічний інтерфейс R для візуалізації мультиомічних даних[109]
  • Omics Pipe, фреймворк на Python для відтворюваної автоматизації мультиомічного аналізу даних[110]

Мультиомні бази даних

Основним обмеженням класичних омічних досліджень є виділення лише одного рівня біологічної складності. Наприклад, транскриптомні дослідження можуть надавати інформацію на рівні транскриптів, але багато різних об’єктів та процесів впливають на біологічний стан зразка (геномні варіанти, посттрансляційні модифікації, продукти метаболізму, взаємодіючі організми тощо). З появою високопродуктивної біології стає все більш доступним проводити численні вимірювання, дозволяючи трансдоменні (наприклад, рівні РНК і білка) кореляції та висновки. Ці кореляції допомагають будувати більш повні біологічні мережі, заповнюючи прогалини в наших знаннях.

Інтеграція даних, однак, не є легким завданням. Щоб полегшити процес, були створені бази даних і конвеєри для систематичного дослідження мультиомічних даних:

Див. також

Додаткова література

Книги

Журнали

Статті

Примітки

  1. ↑ Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  2. ↑ Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (1 January 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. 17 (2): S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  3. ↑ Bock, Christoph; Farlik, Matthias; Sheffield, Nathan C. (August 2016). Multi-Omics of Single Cells: Strategies and Applications. Trends in Biotechnology. 34 (8): 605—608. doi:10.1016/j.tibtech.2016.04.004. PMC 4959511. PMID 27212022.
  4. ↑ Vilanova, Cristina; Porcar, Manuel (26 July 2016). Are multi-omics enough?. Nature Microbiology. 1 (8): 16101. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.101. PMID 27573112.
  5. ↑ Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  6. ↑ а б Kang Ning (2023). Methodologies of Multi-Omics Data Integration and Data Mining: Techniques and Applications (англ) . Сінгапур: Springer. с. 167. ISBN 978-981-19-8209-5.
  7. ↑ а б в Christopher Gerner, Michelle Hill (2021). Integrative Multi-Omics in Biomedical Research (англ) . MDPI, Biomolecules. с. 178. ISBN 978-3-0365-2582-2.
  8. ↑ Tarazona, S., Balzano-Nogueira, L., & Conesa, A. (2018). Multiomics Data Integration in Time Series Experiments. DOI:10.1016/bs.coac.2018.06.005
  9. ↑ Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  10. ↑ Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  11. ↑ Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 11 червня 2023.
  12. ↑ Hood, Leroy; Flores, Mauricio (15 вересня 2012). A personal view on systems medicine and the emergence of proactive P4 medicine: predictive, preventive, personalized and participatory. New Biotechnology (англ.). Т. 29, № 6. с. 613—624. doi:10.1016/j.nbt.2012.03.004. ISSN 1871-6784. Процитовано 11 червня 2023.
  13. ↑ Wang, Bo; Mezlini, Aziz M.; Demir, Feyyaz; Fiume, Marc; Tu, Zhuowen; Brudno, Michael; Haibe-Kains, Benjamin; Goldenberg, Anna (2014-03). Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale. Nature Methods (англ.). Т. 11, № 3. с. 333—337. doi:10.1038/nmeth.2810. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
  14. ↑ Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (31 грудня 2007). Molecular Biology of the Cell. doi:10.1201/9780203833445. Процитовано 11 червня 2023.
  15. ↑ International Human Genome Sequencing Consortium (2004-10). Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature (англ.). Т. 431, № 7011. с. 931—945. doi:10.1038/nature03001. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
  16. ↑ Austin-Tse, Christina A.; Jobanputra, Vaidehi; Perry, Denise L.; Bick, David; Taft, Ryan J.; Venner, Eric; Gibbs, Richard A.; Young, Ted; Barnett, Sarah (8 квітня 2022). Best practices for the interpretation and reporting of clinical whole genome sequencing. npj Genomic Medicine (англ.). Т. 7, № 1. с. 1—13. doi:10.1038/s41525-022-00295-z. ISSN 2056-7944. Процитовано 11 червня 2023.
  17. ↑ Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  18. ↑ Uffelmann, Emil; Huang, Qin Qin; Munung, Nchangwi Syntia; de Vries, Jantina; Okada, Yukinori; Martin, Alicia R.; Martin, Hilary C.; Lappalainen, Tuuli; Posthuma, Danielle (26 серпня 2021). Genome-wide association studies. Nature Reviews Methods Primers (англ.). Т. 1, № 1. с. 1—21. doi:10.1038/s43586-021-00056-9. ISSN 2662-8449. Процитовано 11 червня 2023.
  19. ↑ Setubal, João Carlos; Stoye, Jens; Stadler, Peter F., ред. (2018). Comparative genomics: methods and protocols. Methods in molecular biology. New York, NY: Humana Press. ISBN 978-1-4939-7461-0.
  20. ↑ Genereux, Diane P.; Serres, Aitor; Armstrong, Joel; Johnson, Jeremy; Marinescu, Voichita D.; Murén, Eva; Juan, David; Bejerano, Gill; Casewell, Nicholas R. (2020-11). A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation. Nature (англ.). Т. 587, № 7833. с. 240—245. doi:10.1038/s41586-020-2876-6. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
  21. ↑ Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  22. ↑ Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  23. ↑ Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  24. ↑ Stark, Rory; Grzelak, Marta; Hadfield, James (2019-11). RNA sequencing: the teenage years. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 11. с. 631—656. doi:10.1038/s41576-019-0150-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
  25. ↑ Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  26. ↑ Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  27. ↑ Stefan Jurga, Jan Barciszewski (2021). Epitranscriptomics. RNA Technologies (RNATECHN, volume 12) (англ) . Springer. с. 632. ISBN 978-3-030-71611-0.
  28. ↑ Matsumura, Yoshihiro; Wei, Fan-Yan; Sakai, Juro (2023-03). Epitranscriptomics in metabolic disease. Nature Metabolism (англ.). Т. 5, № 3. с. 370—384. doi:10.1038/s42255-023-00764-4. ISSN 2522-5812. Процитовано 11 червня 2023.
  29. ↑ Anderson, N. Leigh; Anderson, Norman G. (1998-08). Proteome and proteomics: New technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis (англ.). Т. 19, № 11. с. 1853—1861. doi:10.1002/elps.1150191103. ISSN 0173-0835. Процитовано 11 червня 2023.
  30. ↑ а б Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  31. ↑ Cui, Miao; Cheng, Chao; Zhang, Lanjing (2022-11). High-throughput proteomics: a methodological mini-review. Laboratory Investigation (англ.). Т. 102, № 11. с. 1170—1181. doi:10.1038/s41374-022-00830-7. ISSN 1530-0307. Процитовано 11 червня 2023.
  32. ↑ Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  33. ↑ а б Rosenberger, Florian A.; Thielert, Marvin; Mann, Matthias (2023-03). Making single-cell proteomics biologically relevant. Nature Methods (англ.). Т. 20, № 3. с. 320—323. doi:10.1038/s41592-023-01771-9. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
  34. ↑ Gstaiger, Matthias; Aebersold, Ruedi (2009-09). Applying mass spectrometry-based proteomics to genetics, genomics and network biology. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 9. с. 617—627. doi:10.1038/nrg2633. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
  35. ↑ Aebersold, Ruedi; Mann, Matthias (2016-09). Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature (англ.). Т. 537, № 7620. с. 347—355. doi:10.1038/nature19949. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
  36. ↑ Wenk, Markus R. (2005-07). The emerging field of lipidomics. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 4, № 7. с. 594—610. doi:10.1038/nrd1776. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
  37. ↑ Wu, Zhuojun; Bagarolo, Giulia Ilaria; Thoröe-Boveleth, Sven; Jankowski, Joachim (1 січня 2020). “Lipidomics”: Mass spectrometric and chemometric analyses of lipids. Advanced Drug Delivery Reviews (англ.). Т. 159. с. 294—307. doi:10.1016/j.addr.2020.06.009. ISSN 0169-409X. Процитовано 11 червня 2023.
  38. ↑ Han, Xianlin; Gross, Richard W. (2022-02). The foundations and development of lipidomics. Journal of Lipid Research. Т. 63, № 2. с. 100164. doi:10.1016/j.jlr.2021.100164. ISSN 0022-2275. PMC 8953652. PMID 34953866. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  39. ↑ Kyle, Jennifer E.; Stratton, Kelly G.; Zink, Erika M.; Kim, Young-Mo; Bloodsworth, Kent J.; Monroe, Matthew E.; Waters, Katrina M.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Koeller, David M. (21 квітня 2021). A resource of lipidomics and metabolomics data from individuals with undiagnosed diseases. Scientific Data (англ.). Т. 8, № 1. с. 114. doi:10.1038/s41597-021-00894-y. ISSN 2052-4463. Процитовано 11 червня 2023.
  40. ↑ Raman, Rahul; Raguram, S.; Venkataraman, Ganesh; Paulson, James C.; Sasisekharan, Ram (2005-11). Glycomics: an integrated systems approach to structure-function relationships of glycans. Nature Methods (англ.). Т. 2, № 11. с. 817—824. doi:10.1038/nmeth807. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
  41. ↑ Miyoshi, Eiji; Kamada, Yoshihiro; Suzuki, Tadashi (2020-02). Functional glycomics: Application to medical science and hepatology. Hepatology Research (англ.). Т. 50, № 2. с. 153—164. doi:10.1111/hepr.13459. ISSN 1386-6346. Процитовано 11 червня 2023.
  42. ↑ Park, Heajin; Jung, Jaesoo; Rodrigues, Emily; Kitova, Elena N.; Macauley, Matthew S.; Klassen, John S. (20 жовтня 2020). Mass Spectrometry-Based Shotgun Glycomics for Discovery of Natural Ligands of Glycan-Binding Proteins. Analytical Chemistry (англ.). Т. 92, № 20. с. 14012—14020. doi:10.1021/acs.analchem.0c02931. ISSN 0003-2700. Процитовано 11 червня 2023.
  43. ↑ de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  44. ↑ Wishart, David S. (2016-07). Emerging applications of metabolomics in drug discovery and precision medicine. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 15, № 7. с. 473—484. doi:10.1038/nrd.2016.32. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
  45. ↑ Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  46. ↑ Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  47. ↑ Choi, Soon Gang; Richardson, Aaron; Lambourne, Luke; Hill, David E.; Vidal, Marc (2018). Oñate-Sánchez, Luis (ред.). Protein Interactomics by Two-Hybrid Methods. Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols (англ.). New York, NY: Springer. с. 1—14. doi:10.1007/978-1-4939-7871-7_1. ISBN 978-1-4939-7871-7. PMC 6948107. PMID 29855947.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  48. ↑ Hicks, Kevin G.; Cluntun, Ahmad A.; Schubert, Heidi L.; Hackett, Sean R.; Berg, Jordan A.; Leonard, Paul G.; Ajalla Aleixo, Mariana A.; Zhou, Youjia; Bott, Alex J. (10 березня 2023). Protein-metabolite interactomics of carbohydrate metabolism reveal regulation of lactate dehydrogenase. Science (англ.). Т. 379, № 6636. с. 996—1003. doi:10.1126/science.abm3452. ISSN 0036-8075. Процитовано 11 червня 2023.
  49. ↑ Burton, Antony J.; Haugbro, Michael; Gates, Leah A.; Bagert, John D.; Allis, C. David; Muir, Tom W. (2020-06). In situ chromatin interactomics using a chemical bait and trap approach. Nature Chemistry (англ.). Т. 12, № 6. с. 520—527. doi:10.1038/s41557-020-0474-8. ISSN 1755-4349. Процитовано 11 червня 2023.
  50. ↑ James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  51. ↑ Vidal, Marc; Cusick, Michael E.; Barabási, Albert-László (2011-03). Interactome Networks and Human Disease. Cell. Т. 144, № 6. с. 986—998. doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. ISSN 0092-8674. PMC 3102045. PMID 21414488. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  52. ↑ Santorelli, Lucia; Caterino, Marianna; Costanzo, Michele (2022-12). Dynamic Interactomics by Cross-Linking Mass Spectrometry: Mapping the Daily Cell Life in Postgenomic Era. OMICS: A Journal of Integrative Biology. Т. 26, № 12. с. 633—649. doi:10.1089/omi.2022.0137. Процитовано 11 червня 2023.
  53. ↑ Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  54. ↑ Vecherskii, M. V.; Semenov, M. V.; Lisenkova, A. A.; Stepankov, A. A. (1 грудня 2021). Metagenomics: A New Direction in Ecology. Biology Bulletin (англ.). Т. 48, № 3. с. S107—S117. doi:10.1134/S1062359022010150. ISSN 1608-3059. Процитовано 11 червня 2023.
  55. ↑ Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  56. ↑ Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  57. ↑ Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
  58. ↑ Wang, Xinkun (6 липня 2023). Next-Generation Sequencing Data Analysis (вид. 2). New York: CRC Press. doi:10.1201/9780429329180. ISBN 978-0-429-32918-0.
  59. ↑ Mardis, Elaine R. (1 вересня 2008). Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics (англ.). Т. 9, № 1. с. 387—402. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. ISSN 1527-8204. Процитовано 12 червня 2023.
  60. ↑ Shendure, Jay; Ji, Hanlee (2008-10). Next-generation DNA sequencing. Nature Biotechnology (англ.). Т. 26, № 10. с. 1135—1145. doi:10.1038/nbt1486. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
  61. ↑ Next-Generation Sequencing (NGS) | Explore the technology. www.illumina.com (англ.). Процитовано 12 червня 2023.
  62. ↑ An Overview of Next-Generation Sequencing. Genomics Research from Technology Networks (англ.). Процитовано 12 червня 2023.
  63. ↑ Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  64. ↑ Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  65. ↑ Han, Jing-Dong Jackie (5 вересня 2018). Faculty of 1000 evaluation for Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells. Trends in Genetics. 33 (2). doi:10.3410/f.727213649.793550351.
  66. ↑ Hu, Youjin; An, Qin; Sheu, Katherine; Trejo, Brandon; Fan, Shuxin; Guo, Ying (20 квітня 2018). Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6: 28. doi:10.3389/fcell.2018.00028. ISSN 2296-634X. PMC 5919954. PMID 29732369.
  67. ↑ Vandereyken, Katy; Sifrim, Alejandro; Thienpont, Bernard; Voet, Thierry (2 березня 2023). Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics. Nature Reviews Genetics (англ.). с. 1—22. doi:10.1038/s41576-023-00580-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
  68. ↑ Kester, Lennart Spanjaard, Bastiaan Bienko, Magda van Oudenaarden, Alexander Dey, Siddharth S (2015). Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell. Nature Biotechnology. 33 (3): 285—289. doi:10.1038/nbt.3129. OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178.
  69. ↑ Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Haerty, Wilfried; Kumar, Parveen; Ponting, Chris P; Voet, Thierry (29 вересня 2016). Separation and parallel sequencing of the genomes and transcriptomes of single cells using G&T-seq. Nature Protocols. 11 (11): 2081—2103. doi:10.1038/nprot.2016.138. ISSN 1754-2189. PMID 27685099.
  70. ↑ Tang, Fuchou; Wen, Lu; Li, Xianlong; Wu, Xinglong; Zhu, Ping; Guo, Hongshan (1 грудня 2013). Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research. 23 (12): 2126—2135. doi:10.1101/gr.161679.113. ISSN 1088-9051. PMC 3847781. PMID 24179143.
  71. ↑ Kelsey, Gavin; Reik, Wolf; Stegle, Oliver; Andrews, Simon R.; Julian Peat; Saadeh, Heba; Krueger, Felix; Angermueller, Christof; Lee, Heather J. (August 2014). Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 11 (8): 817—820. doi:10.1038/nmeth.3035. ISSN 1548-7105. PMC 4117646. PMID 25042786.
  72. ↑ Angermueller, Christof; Clark, Stephen J; Lee, Heather J; Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Hu, Tim Xiaoming; Krueger, Felix; Smallwood, Sébastien A; Ponting, Chris P (11 січня 2016). Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 13 (3): 229—232. doi:10.1038/nmeth.3728. ISSN 1548-7091. PMC 4770512. PMID 26752769.
  73. ↑ Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
  74. ↑ Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
  75. ↑ а б Darmanis, Spyros; Gallant, Caroline Julie; Marinescu, Voichita Dana; Niklasson, Mia; Segerman, Anna; Flamourakis, Georgios; Fredriksson, Simon; Assarsson, Erika; Lundberg, Martin (12 січня 2016). Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells. Cell Reports. 14 (2): 380—389. doi:10.1016/j.celrep.2015.12.021. ISSN 2211-1247. PMC 4713867. PMID 26748716.
  76. ↑ а б Gherardini, Pier Federico; Nolan, Garry P.; Chen, Shih-Yu; Hsieh, Elena W. Y.; Zunder, Eli R.; Bava, Felice-Alessio; Frei, Andreas P. (March 2016). Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells. Nature Methods. 13 (3): 269—275. doi:10.1038/nmeth.3742. ISSN 1548-7105. PMC 4767631. PMID 26808670.
  77. ↑ Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
  78. ↑ Garmire, Lana X.; Chaudhary, Kumardeep; Huang, Sijia (2017). More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods. Frontiers in Genetics (English) . 8: 84. doi:10.3389/fgene.2017.00084. ISSN 1664-8021. PMC 5472696. PMID 28670325.
  79. ↑ Tagkopoulos, Ilias; Kim, Minseung (2018). Data integration and predictive modeling methods for multi-omics datasets. Molecular Omics. 14 (1): 8—25. doi:10.1039/C7MO00051K. PMID 29725673.
  80. ↑ Lin, Eugene; Lane, Hsien-Yuan (20 січня 2017). Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data. Biomarker Research. 5 (1): 2. doi:10.1186/s40364-017-0082-y. ISSN 2050-7771. PMC 5251341. PMID 28127429.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  81. ↑ а б Rohart, Florian; Gautier, Benoît; Singh, Amrit; Lê Cao, Kim-Anh (14 лютого 2017). mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration. PLOS Computational Biology. 13 (11): e1005752. Bibcode:2017PLSCB..13E5752R. doi:10.1371/journal.pcbi.1005752. PMC 5687754. PMID 29099853.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання) Помилка цитування: Некоректний тег <ref>; назва «:4» визначена кілька разів з різним вмістом
  82. ↑ Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. 18 (1): 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  83. ↑ Khan, Mohd M.; Ernst, Orna; Manes, Nathan P.; Oyler, Benjamin L.; Fraser, Iain D. C.; Goodlett, David R.; Nita-Lazar, Aleksandra (11 березня 2019). Multi-Omics Strategies Uncover Host–Pathogen Interactions. ACS Infectious Diseases. 5 (4): 493—505. doi:10.1021/acsinfecdis.9b00080. ISSN 2373-8227. PMID 30857388.
  84. ↑ Aderem, Alan; Adkins, Joshua N.; Ansong, Charles; Galagan, James; Kaiser, Shari; Korth, Marcus J.; Law, G. Lynn; McDermott, Jason G.; Proll, Sean C. (1 лютого 2011). A Systems Biology Approach to Infectious Disease Research: Innovating the Pathogen-Host Research Paradigm. mBio. 2 (1): e00325-10. doi:10.1128/mbio.00325-10. ISSN 2150-7511. PMC 3034460. PMID 21285433.
  85. ↑ Mouchtouris, N; Smit, RD; Piper, K; Prashant, G; Evans, JJ; Karsy, M (4 March 2022). A review of multiomics platforms in pituitary adenoma pathogenesis. Frontiers in Bioscience (Landmark Edition). 27 (3): 77. doi:10.31083/j.fbl2703077. PMID 35345309.
  86. ↑ Yan, Jingwen; Risacher, Shannon L; Shen, Li; Saykin, Andrew J. (30 червня 2017). Network approaches to systems biology analysis of complex disease: integrative methods for multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 19 (6): 1370—1381. doi:10.1093/bib/bbx066. ISSN 1467-5463. PMC 6454489. PMID 28679163.
  87. ↑ Yoon, Jong; Villa, Chiara, ред. (13 грудня 2021). Multi-Omics for the Understanding of Brain Diseases (English) . MDPI - Multidisciplinary Digital Publishing Institute. doi:10.3390/books978-3-0365-2603-4. ISBN 978-3-0365-2602-7.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  88. ↑ He, Feng Q.; Ollert, Markus; Balling, Rudi; Bode, Sebastian F. N.; Delhalle, Sylvie (6 лютого 2018). A roadmap towards personalized immunology. NPJ Systems Biology and Applications. 4 (1): 9. doi:10.1038/s41540-017-0045-9. ISSN 2056-7189. PMC 5802799. PMID 29423275.
  89. ↑ Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
  90. ↑ After the Integrative Human Microbiome Project, what's next for the microbiome community?. Nature. 569 (7758): 599. 29 травня 2019. Bibcode:2019Natur.569Q.599.. doi:10.1038/d41586-019-01674-w. PMID 31142868.
  91. ↑ Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
  92. ↑ Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
  93. ↑ Buck, Gregory A.; Strauss, Jerome F.; Jefferson, Kimberly K.; Hendricks-Muñoz, Karen D.; Wijesooriya, N. Romesh; Rubens, Craig E.; Gravett, Michael G.; Sexton, Amber L.; Chaffin, Donald O. (June 2019). The vaginal microbiome and preterm birth. Nature Medicine. 25 (6): 1012—1021. doi:10.1038/s41591-019-0450-2. ISSN 1546-170X. PMC 6750801. PMID 31142849.
  94. ↑ Kidd, Brian A; Peters, Lauren A; Schadt, Eric E; Dudley, Joel T (21 січня 2014). Unifying immunology with informatics and multiscale biology. Nature Immunology. 15 (2): 118—127. doi:10.1038/ni.2787. ISSN 1529-2908. PMC 4345400. PMID 24448569.
  95. ↑ Harris, Eva; Kasarskis, Andrew; Wolinsky, Steven M.; Suaréz‐Fariñas, Mayte; Zhu, Jun; Wang, Li; Balmaseda, Angel; Thomas, Guajira P.; Stewart, Michael G. (1 серпня 2018). Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases. Molecular Systems Biology. 14 (8): e7862. doi:10.15252/msb.20177862. ISSN 1744-4292. PMC 6110311. PMID 30150281.
  96. ↑ Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
  97. ↑ Pulendran, Bali; Li, Shuzhao; Nakaya, Helder I. (29 жовтня 2010). Systems Vaccinology. Immunity. 33 (4): 516—529. doi:10.1016/j.immuni.2010.10.006. ISSN 1074-7613. PMC 3001343. PMID 21029962.
  98. ↑ Li, Shuzhao; Sullivan, Nicole L.; Rouphael, Nadine; Yu, Tianwei; Banton, Sophia; Maddur, Mohan S.; McCausland, Megan; Chiu, Christopher; Canniff, Jennifer (18 травня 2017). Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans. Cell. 169 (5): 862—877.e17. doi:10.1016/j.cell.2017.04.026. ISSN 0092-8674. PMC 5711477. PMID 28502771.
  99. ↑ Meng, Chen; Kuster, Bernhard; Culhane, Aedín C; Gholami, Amin (2014). A multivariate approach to the integration of multi-omics datasets. BMC Bioinformatics. 15 (1): 162. doi:10.1186/1471-2105-15-162. ISSN 1471-2105. PMC 4053266. PMID 24884486.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  100. ↑ Ramos, Marcel; Schiffer, Lucas; Re, Angela; Azhar, Rimsha; Basunia, Azfar; Rodriguez, Carmen; Chan, Tiffany; Chapman, Phil; Davis, Sean R. (1 November 2017). Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor. Cancer Research. 77 (21): e39—e42. doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-0344. PMC 5679241. PMID 29092936.
  101. ↑ Seonggyun Han, Younghee Lee (2017), IMAS, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.imas, процитовано 28 червня 2019
  102. ↑ Karim Mezhoud [Aut, Cre] (2017), bioCancer, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.biocancer, процитовано 28 червня 2019
  103. ↑ Hernandez-Ferrer, Carles; Ruiz-Arenas, Carlos; Beltran-Gomila, Alba; González, Juan R. (17 січня 2017). MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration. BMC Bioinformatics. 18 (1): 36. doi:10.1186/s12859-016-1455-1. ISSN 1471-2105. PMC 5240259. PMID 28095799.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  104. ↑ Reap the rewards of a biological insight engine. omicX. Процитовано 26 червня 2019.
  105. ↑ Conesa, Ana; Dopazo, Joaquín; García-López, Federico; García-Alcalde, Fernando (1 січня 2011). Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data. Bioinformatics. 27 (1): 137—139. doi:10.1093/bioinformatics/btq594. ISSN 1367-4803. PMC 3008637. PMID 21098431.
  106. ↑ Conesa, Ana; Pappas, Georgios J.; Furió-Tarí, Pedro; Balzano-Nogueira, Leandro; Martínez-Mira, Carlos; Tarazona, Sonia; Hernández-de-Diego, Rafael (2 липня 2018). PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data. Nucleic Acids Research. 46 (W1): W503—W509. doi:10.1093/nar/gky466. ISSN 0305-1048. PMC 6030972. PMID 29800320.
  107. ↑ Chari, Raj; Coe, Bradley P.; Wedseltoft, Craig; Benetti, Marie; Wilson, Ian M.; Vucic, Emily A.; MacAulay, Calum; Ng, Raymond T.; Lam, Wan L. (7 жовтня 2008). SIGMA2: A system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. BMC Bioinformatics. 9 (1): 422. doi:10.1186/1471-2105-9-422. ISSN 1471-2105. PMC 2571113. PMID 18840289.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  108. ↑ Choi, Hyungwon; Ewing, Rob; Choi, Kwok Pui; Fermin, Damian; Koh, Hiromi W. L. (23 липня 2018). iOmicsPASS: a novel method for integration of multi-omics data over biological networks and discovery of predictive subnetworks. bioRxiv: 374520. doi:10.1101/374520.
  109. ↑ Kanai, Masahiro; Maeda, Yuichi; Okada, Yukinori (19 червня 2018). Grimon: graphical interface to visualize multi-omics networks. Bioinformatics. 34 (22): 3934—3936. doi:10.1093/bioinformatics/bty488. ISSN 1367-4803. PMC 6223372. PMID 29931190.
  110. ↑ Su, Andrew I.; Loguercio, Salvatore; Carland, Tristan M.; Ducom, Jean-Christophe; Gioia, Louis; Meißner, Tobias; Fisch, Kathleen M. (1 червня 2015). Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis. Bioinformatics. 31 (11): 1724—1728. doi:10.1093/bioinformatics/btv061. ISSN 1367-4803. PMC 4443682. PMID 25637560.
  111. ↑ Montague, Elizabeth; Stanberry, Larissa; Higdon, Roger; Janko, Imre; Lee, Elaine; Anderson, Nathaniel; Choiniere, John; Stewart, Elizabeth; Yandl, Gregory (June 2014). MOPED 2.5—An Integrated Multi-Omics Resource: Multi-Omics Profiling Expression Database Now Includes Transcriptomics Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 18 (6): 335—343. doi:10.1089/omi.2014.0061. ISSN 1536-2310. PMC 4048574. PMID 24910945.
  112. ↑ Zhang, Bing; Wang, Jing; Straub, Peter; Vasaikar, Suhas V. (4 січня 2018). LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D956—D963. doi:10.1093/nar/gkx1090. ISSN 0305-1048. PMC 5753188. PMID 29136207.
  113. ↑ LinkedOmics :: Login. www.linkedomics.org. Процитовано 26 червня 2019.
  114. ↑ Kan, Zhengyan; Rejto, Paul A.; Roberts, Peter; Ding, Ying; AChing, Keith; Wang, Kai; Deng, Shibing; Schefzick, Sabine; Estrella, Heather (January 2016). OASIS: web-based platform for exploring cancer multi-omics data. Nature Methods. 13 (1): 9—10. doi:10.1038/nmeth.3692. ISSN 1548-7105. PMID 26716558.
  115. ↑ Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
  116. ↑ Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
  117. ↑ Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
  118. ↑ Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
  119. ↑ Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.
  120. ↑ Liu, Haijun; Wang, Fan; Xiao, Yingjie; Tian, Zonglin; Wen, Weiwei; Zhang, Xuehai; Chen, Xi; Liu, Nannan; Li, Wenqiang (2016). MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database. 2016: baw117. doi:10.1093/database/baw117. ISSN 1758-0463. PMC 4976297. PMID 27504011.
  121. ↑ Xu, Dong; Nguyen, Henry T.; Stacey, Gary; Gaudiello, Eric C.; Endacott, Ryan Z.; Zhang, Hongxin; Liu, Yang; Chen, Shiyuan; Fitzpatrick, Michael R. (1 січня 2014). Soybean knowledge base (SoyKB): a web resource for integration of soybean translational genomics and molecular breeding. Nucleic Acids Research. 42 (D1): D1245—D1252. doi:10.1093/nar/gkt905. ISSN 0305-1048. PMC 3965117. PMID 24136998.
  122. ↑ Samaras, Patroklos; Schmidt, Tobias; Frejno, Martin; Gessulat, Siegfried; Reinecke, Maria; Jarzab, Anna; Zecha, Jana; Mergner, Julia; Giansanti, Piero (8 січня 2020). ProteomicsDB: a multi-omics and multi-organism resource for life science research. Nucleic Acids Research (англ.). 48 (D1): D1153—D1163. doi:10.1093/nar/gkz974. ISSN 0305-1048. PMC 7145565. PMID 31665479.
Галузі
Біомедицина
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=Мультиоміка&oldid=39696663