Став монахом-василіянином, потім проповідував у різних храмах. Був призначений архімандритом у Дубному, Дермані. У 1730 році призначений єпископом Холмським і Белзьким. Після вступу на посаду Холмського єпископа сприяв коронації ікони Холмської Богородиці. З 1753 року був єпископом-коад'ютором Київського митрополита Флоріяна Гребницького, ставши таким чином його наступником в 1762 році. У 1756—1758 роках був також адміністратором Володимирської єпархії. 21 листопада1758 року переведений на Володимирську єпархію з титулом єпископ Володимирський і Берестейський. 18 липня1762 року обраний митрополитом Київським, Галицьким та всієї Руси (13-им з часу прийняття унії). Король і великий князь Станіслав II Август Понятовський спробував звинуватити Пилипа Володковича у зловживаннях, однак Ватикан прийняв рішення про його невинність. Не дивлячись на це, цькування митрополита з боку польської влади продовжувалося до кінця його життя.