ARID5B

ARID5B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1IG6, 2OEH
Ідентифікатори
Символи	ARID5B, DESRT, MRF-2, MRF2, AT-rich interaction domain 5B
Зовнішні ІД	OMIM: 608538 MGI: 2175912 HomoloGene: 45872 GeneCards: ARID5B
Пов'язані генетичні захворювання
ревматоїдний артрит, Гострий лімфобластний лейкоз, lymphoblastic leukemia
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • histone demethylase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone demethylation • розвиток нирки • nitrogen compound metabolic process • male gonad development • female gonad development • post-embryonic development • fibroblast migration • adrenal gland development • multicellular organism growth • fat cell differentiation • platelet-derived growth factor receptor signaling pathway • розвиток клітин • muscle organ morphogenesis • skeletal system morphogenesis • positive regulation of DNA-binding transcription factor activity • roof of mouth development • face morphogenesis • adipose tissue development • fat pad development • cellular response to leukemia inhibitory factor • positive regulation of nucleic acid-templated transcription • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	84159	71371
Ensembl	ENSG00000150347	ENSMUSG00000019947
UniProt	Q14865	Q8BM75
RefSeq (мРНК)	NM_001244638 NM_032199	NM_023598
RefSeq (білок)	NP_001231567 NP_115575	NP_076087
Локус (UCSC)	Хр. 10: 61.9 – 62.1 Mb	Хр. 10: 67.93 – 68.11 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

ARID5B (англ. AT-rich interaction domain 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 188 амінокислот, а молекулярна маса — 132 375.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MEPNSLQWVG		SPCGLHGPYI		FYKAFQFHLE		GKPRILSLGD		FFFVRCTPKD
PICIAELQLL		WEERTSRQLL		SSSKLYFLPE		DTPQGRNSDH		GEDEVIAVSE
KVIVKLEDLV		KWVHSDFSKW		RCGFHAGPVK		TEALGRNGQK		EALLKYRQST
LNSGLNFKDV		LKEKADLGED		EEETNVIVLS		YPQYCRYRSM		LKRIQDKPSS
ILTDQFALAL		GGIAVVSRNP		QILYCRDTFD		HPTLIENESI		CDEFAPNLKG
RPRKKKPCPQ		RRDSFSGVKD		SNNNSDGKAV		AKVKCEARSA		LTKPKNNHNC
KKVSNEEKPK		VAIGEECRAD		EQAFLVALYK		YMKERKTPIE		RIPYLGFKQI
NLWTMFQAAQ		KLGGYETITA		RRQWKHIYDE		LGGNPGSTSA		ATCTRRHYER
LILPYERFIK		GEEDKPLPPI		KPRKQENSSQ		ENENKTKVSG		TKRIKHEIPK
SKKEKENAPK		PQDAAEVSSE		QEKEQETLIS		QKSIPEPLPA		ADMKKKIEGY
QEFSAKPLAS		RVDPEKDNET		DQGSNSEKVA		EEAGEKGPTP		PLPSAPLAPE
KDSALVPGAS		KQPLTSPSAL		VDSKQESKLC		CFTESPESEP		QEASFPSFPT
TQPPLANQNE		TEDDKLPAMA		DYIANCTVKV		DQLGSDDIHN		ALKQTPKVLV
VQSFDMFKDK		DLTGPMNENH		GLNYTPLLYS		RGNPGIMSPL		AKKKLLSQVS
GASLSSSYPY		GSPPPLISKK		KLIARDDLCS		SLSQTHHGQS		TDHMAVSRPS
VIQHVQSFRS		KPSEERKTIN		DIFKHEKLSR		SDPHRCSFSK		HHLNPLADSY
VLKQEIQEGK		DKLLEKRALP		HSHMPSFLAD		FYSSPHLHSL		YRHTEHHLHN
EQTSKYPSRD		MYRESENSSF		PSHRHQEKLH		VNYLTSLHLQ		DKKSAAAEAP
TDDQPTDLSL		PKNPHKPTGK		VLGLAHSTTG		PQESKGISQF		QVLGSQSRDC
HPKACRVSPM		TMSGPKKYPE		SLSRSGKPHH		VRLENFRKME		GMVHPILHRK
MSPQNIGAAR		PIKRSLEDLD		LVIAGKKARA		VSPLDPSKEV		SGKEKASEQE
SEGSKAAHGG		HSGGGSEGHK		LPLSSPIFPG		LYSGSLCNSG		LNSRLPAGYS
HSLQYLKNQT		VLSPLMQPLA		FHSLVMQRGI		FTSPTNSQQL		YRHLAAATPV
GSSYGDLLHN		SIYPLAAINP		QAAFPSSQLS		SVHPSTKL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Whitson R.H., Huang T., Itakura K. (1999). The novel Mrf-2 DNA-binding domain recognizes a five-base core sequence through major and minor-groove contacts. Biochem. Biophys. Res. Commun. 258: 326—331. PMID 10329386 DOI:10.1006/bbrc.1999.0643
• Patsialou A., Wilsker D., Moran E. (2005). DNA-binding properties of ARID family proteins. Nucleic Acids Res. 33: 66—80. PMID 15640446 DOI:10.1093/nar/gki145
• Healy J., Richer C., Bourgey M., Kritikou E.A., Sinnett D. (2010). Replication analysis confirms the association of ARID5B with childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia. Haematologica. 95: 1608—1611. PMID 20460642 DOI:10.3324/haematol.2010.022459
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
• Yuan Y.-C., Whitson R.H., Liu Q., Itakura K., Chen Y. (1998). A novel DNA-binding motif shares structural homology to DNA replication and repair nucleases and polymerases. Nat. Struct. Biol. 5: 959—964. PMID 9808040 DOI:10.1038/2934

Див. також

• Хромосома 10