CHD9

CHD9
Ідентифікатори
Символи	CHD9, AD013, CReMM, KISH2, PRIC320, CHD-9, chromodomain helicase DNA binding protein 9
Зовнішні ІД	OMIM: 616936 MGI: 1924001 HomoloGene: 11844 GeneCards: CHD9
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • hydrolase activity, acting on acid anhydrides • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ATP binding • hydrolase activity • GO:0008026 helicase activity Клітинна компонента • нуклеоплазма • клітинне ядро • цитоплазма Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • regulation of lipid metabolic process • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	80205	109151
Ensembl	ENSG00000177200	ENSMUSG00000056608
UniProt	Q3L8U1	Q8BYH8
RefSeq (мРНК)	NM_001308319 NM_015287 NM_025134 NM_001352127 NM_001352156 NM_001352157 NM_001352158 NM_001382353 NM_001382354 NM_001382355	NM_177224 NM_001310530
RefSeq (білок)	NP_001295248 NP_079410 NP_001339056 NP_001339085 NP_001339086 NP_001339087 NP_001369282 NP_001369283 NP_001369284	NP_001297459 NP_796198
Локус (UCSC)	Хр. 16: 53.05 – 53.33 Mb	Хр. 8: 91.55 – 91.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CHD9 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 897 амінокислот, а молекулярна маса — 326 022.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTDPMMDFFD		DANLFGETLE		GLSDDAFVQP		GPVSLVDELN		LGAEFEPLHI
DSLNHVQGTP		THQKMTDFEQ		LNQFDSIKFH		HVNQSFGSPA		EHVLSPHSQF
NCSPIHPQNQ		PNGLFPDVSD		GSPMWGHQTA		TTISNQNGSP		FHQQGHSHSM
HQNKSFVAHH		DFALFQANEQ		QTQCTSLRSQ		QNRNNLNPGQ		NSLSQSKNFM
NVSGPHRVNV		NHPPQMTNAS		NSQQSISMQQ		FSQTSNPSAH		FHKCSSHQEG
NFNGPSPNMT		SCSVSNSQQF		SSHYSFSSNH		ISPNSLLQSS		AVLASNHTNQ
TLSDFTGSNS		FSPHRGIKQE		STQHILNPNT		SLNSNNFQIL		HSSHPQGNYS
NSKLSPVHMN		FPDPVDSGTQ		MGHFNDHVET		NGFSSLEENL		LHQVESQTEP
FTGLDPEDLL		QEGLLPHFDE		STFGQDNSSH		ILDHDLDRQF		TSHLVTRPSD
MAQTQLQSQA		RSWHSSFSNH		QHLHDRNHLC		LQRQPPSSKK		SDGSGTYTKL
QNTQVRVMSE		KKQRKKVESE		SKQEKANRII		SEAIAKAKER		GERNIPRVMS
PENFPTASVE		GKEEKKGRRM		KSKPKDKDSK		KTKTCSKLKE		KTKIGKLIIT
LGKKQKRKNE		SSDEISDAEQ		MPQHTLKDQD		SQKRRSNRQI		KRKKYAEDIE
GKQSEEEVKG		SMKIKKNSAP		LPGEQPLQLF		VENPSEEDAA		IVDKILSSRT
VKKEISPGVM		IDTEEFFVKY		KNYSYLHCEW		ATEEQLLKDK		RIQQKIKRFK
LRQAQRAHFF		ADMEEEPFNP		DYVEVDRVLE		VSFCEDKDTG		EPVIYYLVKW
CSLPYEDSTW		ELKEDVDLAK		IEEFEQLQAS		RPDTRRLDRP		PSNIWKKIDQ
SRDYKNGNQL		REYQLEGLNW		LLFNWYNRRN		CILADEMGLG		KTIQSITFLY
EILLTGIRGP		FLIIAPLSTI		ANWEREFRTW		TDINVVVYHG		SLISRQMIQQ
YEMYFRDSQG		RIIRGAYRFQ		AIITTFEMIL		GGCGELNAIE		WRCVIIDEAH
RLKNKNCKLL		EGLKLMNLEH		KVLLTGTPLQ		NTVEELFSLL		HFLEPLRFPS
ESTFMQEFGD		LKTEEQVQKL		QAILKPMMLR		RLKEDVEKKL		APKEETIIEV
ELTNIQKKYY		RAILEKNFSF		LSKGAGQTNV		PNLVNTMMEL		RKCCNHPYLI
KGAEEKILGE		FRDTYNPAAS		DFHLQAMIQS		AGKLVLIDKL		LPKMKAGGHK
VLIFSQMVRC		LDILEDYLIH		KRYLYERIDG		RVRGNLRQAA		IDRFSKPDSD
RFVFLLCTRA		GGLGINLTAA		DTCIIFDSDW		NPQNDLQAQA		RCHRIGQNKA
VKVYRLVTRN		SYEREMFDRA		SLKLGLDKAV		LQSMSGRESN		VGGIQQLSKK
EIEDLLRRGA		YGAIMEEEDE		GSKFCEEDID		QILLRRTKTI		TIESEGRGST
FAKASFVASG		NRTDISLDDP		NFWQKWAKKA		EIDIEAISGR		NSLVIDTPRI
RKQTRPFSAT		KDELAELSEA		ESEGDEKPKL		RRPCDRSNGY		GRTECFRVEK
NLLVYGWGRW		REILSHGRFK		RQLNEHDVEI		ICRALLAYCL		VHYRGDEKIK
GFIWDLITPT		EDGQTRELQN		HLGLSAPVPR		GRKGKKVKTQ		TSSFDIQKAE
WLRKYNPEQL		LQDEGYKKHI		KHHCNKVLLR		VRMLYYLKQE		VIGNECQKVF
DGVDASDIDV		WVPEPDHSEV		PAEWWDFDAD		KSLLIGVFKH		GYEKYNTIRA
DPALCFLERV		GKPDEKAVAA		EQRANDYMDG		DVEDPEYKPA		PAIFKDDIED
DVSSPGDLVI		ADGDGQLMEG		DKVYWPTQSA		LTTRLRRLIT		AYQRTNKNRQ
IQQIQPTFSV		PTSVMQPIYE		EATLNPKMAA		KIERQQRWTR		REEADFYRVV
STFGVVFDPD		RGQFDWTKFR		AMARLHKKTD		DSLEKYLYAF		MSMCRRVCRL
PSKEELVDPN		IFIQPITEER		ASRTLYRIEL		LRKVREQALR		HPQLFERLKL
CHPNPDLPVW		WECGPHDRDL		LIGAAKHGVS		RTDYHILRDP		ELSFMAAQRN
YSQSKMAHSR		TSTPLLQQYQ		VALSASPLTS		LPRLLDAKGI		ILEEMKVKSE
NLKEEPQSSE		EESMSSVETR		TLIKSEPVSP		KNGVLPQATG		DQKSGGKCET
DRRMVAARTE		PLTPNPASKK		PRVHKRGSES		SSDSDSDSER		SSCSSRSSSS
SSSSSCSHSR		SGSSSSSSSS		CSSASSSSSS		STSSSSSSSS		SSSEESDSDE
EEAQKRESTT		HMKAYDEESV		ASLSTTQDET		QDSFQMNNGT		PESAYILQGG
YMLAASYWPK		DRVMINRLDS		ICQTVLKGKW		PSARRSYDAN		TVASFYTTKL
LDSPGAATEY		SDPSVPTPPG		AGVKEEHDQS		TQMSKVKKHV		REKEFTVKIK
DEGGLKLTFQ		KQGLAQKRPF		DGEDGALGQQ		QYLTRLRELQ		SASETSLVNF
PKSIPVSGTS		IQPTLGANGV		ILDNQPIVKK		RRGRRKNVEG		VDIFFFNRNK
PPNHVSLGLT		SSQISTGINP		ALSYTQPQGI		PDTESPVPVI		NLKDGTRLAG
DDAPKRKDLE		KWLKEHPGYV		EDLGAFIPRM		QLHEGRPKQK		RHRCRNPNKL
DVNSLTGEER		VQLINRRNAR		KVGGAFAPPL		KDLCRFLKEN		SEYGVAPEWG
DVVKQSGFLP		ESMYERILTG		PVVREEVSRR		GRRPKSGIAK		ATAAAAAASA
TSVSGNPLLA		NGLLPGVDLT		TLQALQQNLQ		NLQSLQVTAG		LMGMPTGLPS
GGEAKNMAAM		FPMLLSGMAG		LPNLLGMGGL		LTKPTESGTE		DKKGSDSKES
EGKTERTESQ		SSENGGENSV		SSSPSTSSTA		ALNTAAAANP		LALNPLLLSN
ILYPGMLLTP		GLNLHIPTLS		QSNTFDVQNK		NSDLGSSKSV		EVKEEDSRIK
DQEDKGGTEP		SPLNENSTDE		GSEKADASSG		SDSTSSSSED		SDSSNED

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Shur I., Benayahu D. (2005). Characterization and functional analysis of CReMM, a novel chromodomain helicase DNA-binding protein. J. Mol. Biol. 352: 646—655. PMID 16095617 DOI:10.1016/j.jmb.2005.06.049
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 16