DDX39B

DDX39B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1T5I, 1T6N, 1XTI, 1XTJ, 1XTK
Ідентифікатори
Символи	DDX39B, BAT1, D6S81E, UAP56, DEAD-box helicase 39B, DExD-box helicase 39B
Зовнішні ІД	OMIM: 142560 MGI: 99240 HomoloGene: 48376 GeneCards: DDX39B
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0032403 protein-containing complex binding • U4 snRNA binding • ATP-dependent protein binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • U6 snRNA binding • ATP-dependent activity, acting on RNA • ATPase activity • identical protein binding • RNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • transcription export complex • nuclear matrix • U6 snRNP • spliceosomal complex • U4 snRNP • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear speck • ядерце • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • mRNA transport • negative regulation of DNA damage checkpoint • mRNA processing • viral mRNA export from host cell nucleus • positive regulation of translation • mRNA export from nucleus • positive regulation of DNA-templated transcription, elongation • spliceosomal complex assembly • RNA secondary structure unwinding • Сплайсинг РНК • positive regulation of DNA biosynthetic process • liver development • positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development • positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation • mRNA 3'-end processing • termination of RNA polymerase II transcription • RNA export from nucleus • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	7919	53817
Ensembl	ENSG00000198563 ENSG00000225073 ENSG00000237889 ENSG00000229496 ENSG00000215425 ENSG00000235439 ENSG00000225859 ENSG00000230624	ENSMUSG00000019432
UniProt	Q13838	Q9Z1N5
RefSeq (мРНК)	NM_004640 NM_080598	NM_001252457 NM_019693
RefSeq (білок)	NP_004631 NP_542165	NP_001239386 NP_062667
Локус (UCSC)	Хр. 6: 31.53 – 31.54 Mb	Хр. 17: 35.46 – 35.47 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX39B (англ. DExD-box helicase 39B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 428 амінокислот, а молекулярна маса — 48 991.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAENDVDNEL		LDYEDDEVET		AAGGDGAEAP		AKKDVKGSYV		SIHSSGFRDF
LLKPELLRAI		VDCGFEHPSE		VQHECIPQAI		LGMDVLCQAK		SGMGKTAVFV
LATLQQLEPV		TGQVSVLVMC		HTRELAFQIS		KEYERFSKYM		PNVKVAVFFG
GLSIKKDEEV		LKKNCPHIVV		GTPGRILALA		RNKSLNLKHI		KHFILDECDK
MLEQLDMRRD		VQEIFRMTPH		EKQVMMFSAT		LSKEIRPVCR		KFMQDPMEIF
VDDETKLTLH		GLQQYYVKLK		DNEKNRKLFD		LLDVLEFNQV		VIFVKSVQRC
IALAQLLVEQ		NFPAIAIHRG		MPQEERLSRY		QQFKDFQRRI		LVATNLFGRG
MDIERVNIAF		NYDMPEDSDT		YLHRVARAGR		FGTKGLAITF		VSDENDAKIL
NDVQDRFEVN		ISELPDEIDI		SSYIEQTR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транспорт, транспорт мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Fleckner J., Zhang M., Valcarcel J., Green M.R. (1997). U2AF65 recruits a novel human DEAD box protein required for the U2 snRNP-branchpoint interaction. Genes Dev. 11: 1864—1872. PMID 9242493 DOI:10.1101/gad.11.14.1864
• McCracken S., Longman D., Johnstone I.L., Caceres J.F., Blencowe B.J. (2003). An evolutionarily conserved role for SRm160 in 3'-end processing that functions independently of exon junction complex formation. J. Biol. Chem. 278: 44153—44160. PMID 12944400 DOI:10.1074/jbc.M306856200
• Li Y., Wang X., Zhang X., Goodrich D.W. (2005). Human hHpr1/p84/Thoc1 regulates transcriptional elongation and physically links RNA polymerase II and RNA processing factors. Mol. Cell. Biol. 25: 4023—4033. PMID 15870275 DOI:10.1128/MCB.25.10.4023-4033.2005
• Lischka P., Toth Z., Thomas M., Mueller R., Stamminger T. (2006). The UL69 transactivator protein of human cytomegalovirus interacts with DEXD/H-Box RNA helicase UAP56 to promote cytoplasmic accumulation of unspliced RNA. Mol. Cell. Biol. 26: 1631—1643. PMID 16478985 DOI:10.1128/MCB.26.5.1631-1643.2006
• Shen J., Zhang L., Zhao R. (2007). Biochemical characterization of the ATPase and helicase activity of UAP56, an essential pre-mRNA splicing and mRNA export factor. J. Biol. Chem. 282: 22544—22550. PMID 17562711 DOI:10.1074/jbc.M702304200

Див. також

• Хромосома 6