PRDM1

PRDM1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3DAL
Ідентифікатори
Символи	PRDM1, BLIMP1, PRDI-BF1, PR domain 1, PR/SET domain 1
Зовнішні ІД	OMIM: 603423 MGI: 99655 HomoloGene: 925 GeneCards: PRDM1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • DNA binding • sequence-specific DNA binding • histone deacetylase binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • promoter-specific chromatin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin DNA binding Клітинна компонента • цитоплазма • клітинне ядро • нуклеоплазма Біологічний процес • germ cell development • trophoblast giant cell differentiation • cardiac septum development • cell fate commitment • heart valve development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ventricular septum development • intestinal epithelial cell development • positive regulation of B cell differentiation • embryonic placenta development • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • post-embryonic development • coronary vasculature development • negative regulation of gene expression • morphogenesis of a branching structure • transcription, DNA-templated • negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway • aorta development • Метилювання • GO:1901313 positive regulation of gene expression • maternal placenta development • regulation of cell population proliferation • artery morphogenesis • eye photoreceptor cell development • sebum secreting cell proliferation • negative regulation of B cell proliferation • адаптивна імунна відповідь • процес імунної системи • regulation of natural killer cell differentiation • regulation of extrathymic T cell differentiation • вроджений імунітет • regulation of NK T cell differentiation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	639	12142
Ensembl	ENSG00000057657	ENSMUSG00000038151
UniProt	O75626	Q60636
RefSeq (мРНК)	NM_001198 NM_182907	NM_007548
RefSeq (білок)	NP_001189 NP_878911	NP_031574 NP_001392858 NP_001392859 NP_001392860 NP_001392861 NP_001392862 NP_001392863 NP_001392864 NP_001392865
Локус (UCSC)	Хр. 6: 105.99 – 106.11 Mb	Хр. 10: 44.31 – 44.4 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PRDM1 (англ. PR/SET domain 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 825 амінокислот, а молекулярна маса — 91 771.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLDICLEKRV		GTTLAAPKCN		SSTVRFQGLA		EGTKGTMKMD		MEDADMTLWT
EAEFEEKCTY		IVNDHPWDSG		ADGGTSVQAE		ASLPRNLLFK		YATNSEEVIG
VMSKEYIPKG		TRFGPLIGEI		YTNDTVPKNA		NRKYFWRIYS		RGELHHFIDG
FNEEKSNWMR		YVNPAHSPRE		QNLAACQNGM		NIYFYTIKPI		PANQELLVWY
CRDFAERLHY		PYPGELTMMN		LTQTQSSLKQ		PSTEKNELCP		KNVPKREYSV
KEILKLDSNP		SKGKDLYRSN		ISPLTSEKDL		DDFRRRGSPE		MPFYPRVVYP
IRAPLPEDFL		KASLAYGIER		PTYITRSPIP		SSTTPSPSAR		SSPDQSLKSS
SPHSSPGNTV		SPVGPGSQEH		RDSYAYLNAS		YGTEGLGSYP		GYAPLPHLPP
AFIPSYNAHY		PKFLLPPYGM		NCNGLSAVSS		MNGINNFGLF		PRLCPVYSNL
LGGGSLPHPM		LNPTSLPSSL		PSDGARRLLQ		PEHPREVLVP		APHSAFSFTG
AAASMKDKAC		SPTSGSPTAG		TAATAEHVVQ		PKATSAAMAA		PSSDEAMNLI
KNKRNMTGYK		TLPYPLKKQN		GKIKYECNVC		AKTFGQLSNL		KVHLRVHSGE
RPFKCQTCNK		GFTQLAHLQK		HYLVHTGEKP		HECQVCHKRF		SSTSNLKTHL
RLHSGEKPYQ		CKVCPAKFTQ		FVHLKLHKRL		HTRERPHKCS		QCHKNYIHLC
SLKVHLKGNC		AAAPAPGLPL		EDLTRINEEI		EKFDISDNAD		RLEDVEDDIS
VISVVEKEIL		AVVRKEKEET		GLKVSLQRNM		GNGLLSSGCS		LYESSDLPLM
KLPPSNPLPL		VPVKVKQETV		EPMDP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, репресорів, метилтрансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як адаптивний імунітет, імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Keller A.D., Maniatis T. (1991). Identification and characterization of a novel repressor of beta-interferon gene expression. Genes Dev. 5: 868—879. PMID 1851123 DOI:10.1101/gad.5.5.868
• Gyory I., Fejer G., Ghosh N., Seto E., Wright K.L. (2003). Identification of a functionally impaired positive regulatory domain I binding factor 1 transcription repressor in myeloma cell lines. J. Immunol. 170: 3125—3133. PMID 12626569 DOI:10.4049/jimmunol.170.6.3125
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Julaton V.T., Reijo Pera R.A. (2011). NANOS3 function in human germ cell development. Hum. Mol. Genet. 20: 2238—2250. PMID 21421998 DOI:10.1093/hmg/ddr114

Див. також

• Хромосома 6