RBM39

RBM39
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2JRS, 2MHN, 4OO6, 4OZ0, 4OZ1, 4YUD
Ідентифікатори
Символи	RBM39, CAPER, CAPERalpha, FSAP59, HCC1, RNPC2, RNA binding motif protein 39
Зовнішні ІД	OMIM: 604739 MGI: 2157953 HomoloGene: 136465 GeneCards: RBM39
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleic acid binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • microtubule cytoskeleton • клітинне ядро • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • nuclear speck • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9584	170791
Ensembl	ENSG00000131051	ENSMUSG00000027620
UniProt	Q14498 Q5QP23	Q8VH51
RefSeq (мРНК)	NM_001242599 NM_001242600 NM_004902 NM_184234 NM_184237 NM_184241 NM_184244 NM_001323422 NM_001323423 NM_001323424	NM_001291114 NM_001291115 NM_133242 NM_001362763 NM_001362764 NM_001362765 NM_001362766 NM_001362767 NM_001362768 NM_001362769
RefSeq (білок)	NP_001229528 NP_001229529 NP_001310351 NP_001310352 NP_001310353 NP_004893 NP_909122	NP_001278043 NP_001278044 NP_573505 NP_001349692 NP_001349693 NP_001349694 NP_001349695 NP_001349696 NP_001349697 NP_001349698
Локус (UCSC)	Хр. 20: 35.7 – 35.74 Mb	Хр. 2: 156.15 – 156.18 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

RBM39 (англ. RNA binding motif protein 39) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 530 амінокислот, а молекулярна маса — 59 380.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MADDIDIEAM		LEAPYKKDEN		KLSSANGHEE		RSKKRKKSKS		RSRSHERKRS
KSKERKRSRD		RERKKSKSRE		RKRSRSKERR		RSRSRSRDRR		FRGRYRSPYS
GPKFNSAIRG		KIGLPHSIKL		SRRRSRSKSP		FRKDKSPVRE		PIDNLTPEER
DARTVFCMQL		AARIRPRDLE		EFFSTVGKVR		DVRMISDRNS		RRSKGIAYVE
FVDVSSVPLA		IGLTGQRVLG		VPIIVQASQA		EKNRAAAMAN		NLQKGSAGPM
RLYVGSLHFN		ITEDMLRGIF		EPFGRIESIQ		LMMDSETGRS		KGYGFITFSD
SECAKKALEQ		LNGFELAGRP		MKVGHVTERT		DASSASSFLD		SDELERTGID
LGTTGRLQLM		ARLAEGTGLQ		IPPAAQQALQ		MSGSLAFGAV		AEFSFVIDLQ
TRLSQQTEAS		ALAAAASVQP		LATQCFQLSN		MFNPQTEEEV		GWDTEIKDDV
IEECNKHGGV		IHIYVDKNSA		QGNVYVKCPS		IAAAIAAVNA		LHGRWFAGKM
ITAAYVPLPT		YHNLFPDSMT		ATQLLVPSRR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Imai H., Chan E.K.L., Kiyosawa K., Fu X.-D., Tan E.M. (1993). Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified with antibody from hepatocellular carcinoma. J. Clin. Invest. 92: 2419—2426. PMID 8227358 DOI:10.1172/JCI116848
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Cazalla D., Newton K., Caceres J.F. (2005). A novel SR-related protein is required for the second step of pre-mRNA splicing. Mol. Cell. Biol. 25: 2969—2980. PMID 15798186 DOI:10.1128/MCB.25.8.2969-2980.2005
• Loerch S., Maucuer A., Manceau V., Green M.R., Kielkopf C.L. (2014). Cancer-relevant splicing factor CAPERalpha engages the essential splicing factor SF3b155 in a specific ternary complex. J. Biol. Chem. 289: 17325—17337. PMID 24795046 DOI:10.1074/jbc.M114.558825

Див. також

• Хромосома 20