SATB1

SATB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO, 2MW8
Ідентифікатори
Символи	SATB1, SATB homeobox 1, DEFDA, KTZSL
Зовнішні ІД	OMIM: 602075 MGI: 105084 HomoloGene: 2232 GeneCards: SATB1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • double-stranded DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • PML body • nuclear matrix • нуклеоплазма • Хроматин • клітинне ядро • ядерні тільця Біологічний процес • рефлекс • CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation • CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation • ремоделювання хроматину • activated T cell proliferation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription, DNA-templated • epidermis development • histone methylation • GO:0022415 viral process • T cell activation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6304	20230
Ensembl	ENSG00000182568	ENSMUSG00000023927
UniProt	Q01826	Q60611
RefSeq (мРНК)	NM_001131010 NM_001195470 NM_002971 NM_001322871 NM_001322872 NM_001322873 NM_001322874 NM_001322875 NM_001322876	NM_001163630 NM_001163631 NM_001163632 NM_009122 NM_001357636 NM_001357637 NM_001357638 NM_001357640
RefSeq (білок)	NP_001124482 NP_001182399 NP_001309800 NP_001309801 NP_001309802 NP_001309803 NP_001309804 NP_001309805 NP_002962	NP_001157102 NP_001157103 NP_001157104 NP_033148 NP_001344565 NP_001344566 NP_001344567 NP_001344569
Локус (UCSC)	Хр. 3: 18.35 – 18.45 Mb	Хр. 17: 52.04 – 52.14 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SATB1 (англ. SATB homeobox 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 763 амінокислот, а молекулярна маса — 85 957.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MDHLNEATQG		KEHSEMSNNV		SDPKGPPAKI		ARLEQNGSPL		GRGRLGSTGA
KMQGVPLKHS		GHLMKTNLRK		GTMLPVFCVV		EHYENAIEYD		CKEEHAEFVL
VRKDMLFNQL		IEMALLSLGY		SHSSAAQAKG		LIQVGKWNPV		PLSYVTDAPD
ATVADMLQDV		YHVVTLKIQL		HSCPKLEDLP		PEQWSHTTVR		NALKDLLKDM
NQSSLAKECP		LSQSMISSIV		NSTYYANVSA		AKCQEFGRWY		KHFKKTKDMM
VEMDSLSELS		QQGANHVNFG		QQPVPGNTAE		QPPSPAQLSH		GSQPSVRTPL
PNLHPGLVST		PISPQLVNQQ		LVMAQLLNQQ		YAVNRLLAQQ		SLNQQYLNHP
PPVSRSMNKP		LEQQVSTNTE		VSSEIYQWVR		DELKRAGISQ		AVFARVAFNR
TQGLLSEILR		KEEDPKTASQ		SLLVNLRAMQ		NFLQLPEAER		DRIYQDERER
SLNAASAMGP		APLISTPPSR		PPQVKTATIA		TERNGKPENN		TMNINASIYD
EIQQEMKRAK		VSQALFAKVA		ATKSQGWLCE		LLRWKEDPSP		ENRTLWENLS
MIRRFLSLPQ		PERDAIYEQE		SNAVHHHGDR		PPHIIHVPAE		QIQQQQQQQQ
QQQQQQQAPP		PPQPQQQPQT		GPRLPPRQPT		VASPAESDEE		NRQKTRPRTK
ISVEALGILQ		SFIQDVGLYP		DEEAIQTLSA		QLDLPKYTII		KFFQNQRYYL
KHHGKLKDNS		GLEVDVAEYK		EEELLKDLEE		SVQDKNTNTL		FSVKLEEELS
VEGNTDINTD		LKD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Dickinson L.A., Joh T., Kohwi Y., Kohwi-Shigematsu T. (1992). A tissue-specific MAR/SAR DNA-binding protein with unusual binding site recognition. Cell. 70: 631—645. PMID 1505028 DOI:10.1016/0092-8674(92)90432-C
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Dickinson L.A., Dickinson C.D., Kohwi-Shigematsu T. (1997). An atypical homeodomain in SATB1 promotes specific recognition of the key structural element in a matrix attachment region. J. Biol. Chem. 272: 11463—11470. PMID 9111059 DOI:10.1074/jbc.272.17.11463
• de Belle I., Cai S., Kohwi-Shigematsu T. (1998). The genomic sequences bound to special AT-rich sequence-binding protein 1 (SATB1) in vivo in Jurkat T cells are tightly associated with the nuclear matrix at the bases of the chromatin loops. J. Cell Biol. 141: 335—348. PMID 9548713 DOI:10.1083/jcb.141.2.335
• Case S.S., Huber P., Lloyd J.A. (1999). The gammaPE complex contains both SATB1 and HOXB2 and has positive and negative roles in human gamma-globin gene regulation. DNA Cell Biol. 18: 805—817. PMID 10595394 DOI:10.1089/104454999314809
• Gotzmann J., Meissner M., Gerner C. (2000). The fate of the nuclear matrix-associated-region-binding protein SATB1 during apoptosis. Cell Death Differ. 7: 425—438. PMID 10800076 DOI:10.1038/sj.cdd.4400668

Див. також

• Хромосома 3