SFSWAP

SFSWAP
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2E5Z, 2E60
Ідентифікатори
Символи	SFSWAP, SFRS8, SWAP, splicing factor SWAP homolog, splicing factor SWAP
Зовнішні ІД	OMIM: 601945 MGI: 101760 HomoloGene: 134548 GeneCards: SFSWAP
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро Біологічний процес • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Альтернативний сплайсинг • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК • mRNA 5'-splice site recognition Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6433	231769
Ensembl	ENSG00000061936	ENSMUSG00000029439
UniProt	Q12872	Q3USH5
RefSeq (мРНК)	NM_001261411 NM_004592 NM_152235	NM_001035259 NM_172276 NM_001359952 NM_001378915 NM_001378916 NM_001378917
RefSeq (білок)	NP_001248340 NP_004583	NP_758480 NP_001346881 NP_001365844 NP_001365845 NP_001365846
Локус (UCSC)	Хр. 12: 131.71 – 131.8 Mb	Хр. 5: 129.58 – 129.65 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SFSWAP (англ. Splicing factor SWAP homolog) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 951 амінокислот, а молекулярна маса — 104 822.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MYGASGGRAK		PERKSGAKEE		AGPGGAGGGG		SRVELLVFGY		ACKLFRDDER
ALAQEQGQHL		IPWMGDHKIL		IDRYDGRGHL		HDLSEYDAEY		STWNRDYQLS
EEEARIEALC		DEERYLALHT		DLLEEEARQE		EEYKRLSEAL		AEDGSYNAVG
FTYGSDYYDP		SEPTEEEEPS		KQREKNEAEN		LEENEEPFVA		PLGLSVPSDV
ELPPTAKMHA		IIERTASFVC		RQGAQFEIML		KAKQARNSQF		DFLRFDHYLN
PYYKFIQKAM		KEGRYTVLAE		NKSDEKKKSG		VSSDNEDDDD		EEDGNYLHPS
LFASKKCNRL		EELMKPLKVV		DPDHPLAALV		RKAQADSSTP		TPHNADGAPV
QPSQVEYTAD		STVAAMYYSY		YMLPDGTYCL		APPPPGIDVT		TYYSTLPAGV
TVSNSPGVTT		TAPPPPGTTP		LPPPTTAETS		SGATSTTTTT		SALAPVAAII
PPPPDVQPVI		DKLAEYVARN		GLKFETSVRA		KNDQRFEFLQ		PWHQYNAYYE
FKKQFFLQKE		GGDSMQAVSA		PEEAPTDSAP		EKPSDAGEDG		APEDAAEVGA
RAGSGGKKEA		SSSKTVPDGK		LVKASFAPIS		FAIKAKENDL		LPLEKNRVKL
DDDSDDDEES		KEGQESSSSA		ANTNPAVAPP		CVVVEEKKPQ		LTQEELEAKQ
AKQKLEDRLA		AAAREKLAQA		SKESKEKQLQ		AERKRKAALF		LQTLKNPLPE
AEAGKIEESP		FSVEESSTTP		CPLLTGGRPL		PTLEVKPPDR		PSSKSKDPPR
EEEKEKKKKK		HKKRSRTRSR		SPKYHSSSKS		RSRSHSKAKH		SLPSAYRTVR
RSRSRSRSPR		RRAHSPERRR		EERSVPTAYR		VSRSPGASRK		RTRSRSPHEK
KKKRRSRSRT		KSKARSQSVS		PSKQAAPRPA		APAAHSAHSA		SVSPVESRGS
SQERSRGVSQ		EKEAQISSAI		VSSVQSKITQ		DLMAKVRAML		AASKNLQTSA
S

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Sarkissian M., Winne A., Lafyatis R. (1996). The mammalian homolog of suppressor-of-white-apricot regulates alternative mRNA splicing of CD45 exon 4 and fibronectin IIICS. J. Biol. Chem. 271: 31106—31114. PMID 8940107 DOI:10.1074/jbc.271.49.31106
• Denhez F., Lafyatis R. (1994). Conservation of regulated alternative splicing and identification of functional domains in vertebrate homologs to the Drosophila splicing regulator, suppressor-of-white-apricot. J. Biol. Chem. 269: 16170—16179. PMID 8206918

Див. також

• Хромосома 12