SKIV2L2

SKIV2L2
Ідентифікатори
Символи	MTREX, Dob1, KIAA0052, Mtr4, fSAP118, Ski2 like RNA helicase 2, Mtr4 exosome RNA helicase, SKIV2L2
Зовнішні ІД	OMIM: 618122 MGI: 1919448 HomoloGene: 6257 GeneCards: MTREX
Онтологія гена Молекулярна функція • RNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ATP binding • hydrolase activity • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • RNA binding Клітинна компонента • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • ядерце • Екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear exosome (RNase complex) • TRAMP complex Біологічний процес • mRNA processing • maturation of 5.8S rRNA • Сплайсинг РНК • rRNA processing • mRNA splicing, via spliceosome • Деградація РНК Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23517	72198
Ensembl	ENSG00000039123	ENSMUSG00000016018
UniProt	P42285	Q9CZU3
RefSeq (мРНК)	NM_015360	NM_028151
RefSeq (білок)	NP_056175	NP_082427
Локус (UCSC)	Хр. 5: 55.31 – 55.43 Mb	Хр. 13: 113 – 113.06 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SKIV2L2 (англ. Ski2 like RNA helicase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 042 амінокислот, а молекулярна маса — 117 805.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MADAFGDELF		SVFEGDSTTA		AGTKKDKEKD		KGKWKGPPGS		ADKAGKRFDG
KLQSESTNNG		KNKRDVDFEG		TDEPIFGKKP		RIEESITEDL		SLADLMPRVK
VQSVETVEGC		THEVALPAEE		DYLPLKPRVG		KAAKEYPFIL		DAFQREAIQC
VDNNQSVLVS		AHTSAGKTVC		AEYAIALALR		EKQRVIFTSP		IKALSNQKYR
EMYEEFQDVG		LMTGDVTINP		TASCLVMTTE		ILRSMLYRGS		EVMREVAWVI
FDEIHYMRDS		ERGVVWEETI		ILLPDNVHYV		FLSATIPNAR		QFAEWICHLH
KQPCHVIYTD		YRPTPLQHYI		FPAGGDGLHL		VVDENGDFRE		DNFNTAMQVL
RDAGDLAKGD		QKGRKGGTKG		PSNVFKIVKM		IMERNFQPVI		IFSFSKKDCE
AYALQMTKLD		FNTDEEKKMV		EEVFSNAIDC		LSDEDKKLPQ		VEHVLPLLKR
GIGIHHGGLL		PILKETIEIL		FSEGLIKALF		ATETFAMGIN		MPARTVLFTN
ARKFDGKDFR		WISSGEYIQM		SGRAGRRGMD		DRGIVILMVD		EKMSPTIGKQ
LLKGSADPLN		SAFHLTYNMV		LNLLRVEEIN		PEYMLEKSFY		QFQHYRAIPG
VVEKVKNSEE		QYNKIVIPNE		ESVVIYYKIR		QQLAKLGKEI		EEYIHKPKYC
LPFLQPGRLV		KVKNEGDDFG		WGVVVNFSKK		SNVKPNSGEL		DPLYVVEVLL
RCSKESLKNS		ATEAAKPAKP		DEKGEMQVVP		VLVHLLSAIS		SVRLYIPKDL
RPVDNRQSVL		KSIQEVQKRF		PDGIPLLDPI		DDMGIQDQGL		KKVIQKVEAF
EHRMYSHPLH		NDPNLETVYT		LCEKKAQIAI		DIKSAKRELK		KARTVLQMDE
LKCRKRVLRR		LGFATSSDVI		EMKGRVACEI		SSADELLLTE		MMFNGLFNDL
SAEQATALLS		CFVFQENSSE		MPKLTEQLAG		PLRQMQECAK		RIAKVSAEAK
LEIDEETYLS		SFKPHLMDVV		YTWATGATFA		HICKMTDVFE		GSIIRCMRRL
EELLRQMCQA		AKAIGNTELE		NKFAEGITKI		KRDIVFAASL		YL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, процесінг рРНК, ацетилювання, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
• Schilders G., van Dijk E., Pruijn G.J.M. (2007). C1D and hMtr4p associate with the human exosome subunit PM/Scl-100 and are involved in pre-rRNA processing. Nucleic Acids Res. 35: 2564—2572. PMID 17412707 DOI:10.1093/nar/gkm082
• Sloan K.E., Schneider C., Watkins N.J. (2012). Comparison of the yeast and human nuclear exosome complexes. Biochem. Soc. Trans. 40: 850—855. PMID 22817747 DOI:10.1042/BST20120061
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 5