SMG1

SMG1
Ідентифікатори
Символи	SMG1, 61E3.4, ATX, LIP, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase, SMG1 nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase
Зовнішні ІД	OMIM: 607032 MGI: 1919742 HomoloGene: 56697 GeneCards: SMG1
Онтологія гена Молекулярна функція • telomeric DNA binding • ATP binding • protein kinase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • kinase activity • зв'язування з іоном металу • nucleotide binding • transferase activity • protein serine/threonine kinase activity • RNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро • гіалоплазма • цитоплазма • Нуклеоплазма Біологічний процес • response to stress • mRNA export from nucleus • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • GO:0035404 peptidyl-serine phosphorylation • phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process • cellular response to DNA damage stimulus • protein autophosphorylation • фосфорилювання • regulation of telomere maintenance • GO:0100026 Репарація ДНК • regulation of response to DNA damage stimulus • protein phosphorylation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23049	233789
Ensembl	ENSG00000157106	ENSMUSG00000030655
UniProt	Q96Q15	Q8BKX6
RefSeq (мРНК)	NM_015092	NM_001031814 NM_177180
RefSeq (білок)	NP_055907	NP_001026984
Локус (UCSC)	Хр. 16: 18.8 – 18.93 Mb	Хр. 7: 117.73 – 117.84 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SMG1 (англ. SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 3 661 амінокислот, а молекулярна маса — 410 501.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSRRAPGSRL		SSGGGGGGTK		YPRSWNDWQP		RTDSASADPD		NLKYSSSRDR
GGSSSYGLQP		SNSAVVSRQR		HDDTRVHADI		QNDEKGGYSV		NGGSGENTYG
RKSLGQELRV		NNVTSPEFTS		VQHGSRALAT		KDMRKSQERS		MSYSDESRLS
NLLRRITRED		DRDRRLATVK		QLKEFIQQPE		NKLVLVKQLD		NILAAVHDVL
NESSKLLQEL		RQEGACCLGL		LCASLSYEAE		KIFKWIFSKF		SSSAKDEVKL
LYLCATYKAL		ETVGEKKAFS		SVMQLVMTSL		QSILENVDTP		ELLCKCVKCI
LLVARCYPHI		FSTNFRDTVD		ILVGWHIDHT		QKPSLTQQVS		GWLQSLEPFW
VADLAFSTTL		LGQFLEDMEA		YAEDLSHVAS		GESVDEDVPP		PSVSLPKLAA
LLRVFSTVVR		SIGERFSPIR		GPPITEAYVT		DVLYRVMRCV		TAANQVFFSE
AVLTAANECV		GVLLGSLDPS		MTIHCDMVIT		YGLDQLENCQ		TCGTDYIISV
LNLLTLIVEQ		INTKLPSSFV		EKLFIPSSKL		LFLRYHKEKE		VVAVAHAVYQ
AVLSLKNIPV		LETAYKLILG		EMTCALNNLL		HSLQLPEACS		EIKHEAFKNH
VFNVDNAKFV		VIFDLSALTT		IGNAKNSLIG		MWALSPTVFA		LLSKNLMIVH
SDLAVHFPAI		QYAVLYTLYS		HCTRHDHFIS		SSLSSSSPSL		FDGAVISTVT
TATKKHFSII		LNLLGILLKK		DNLNQDTRKL		LMTWALEAAV		LMKKSETYAP
LFSLPSFHKF		CKGLLANTLV		EDVNICLQAC		SSLHALSSSL		PDDLLQRCVD
VCRVQLVHSG		TRIRQAFGKL		LKSIPLDVVL		SNNNHTEIQE		ISLALRSHMS
KAPSNTFHPQ		DFSDVISFIL		YGNSHRTGKD		NWLERLFYSC		QRLDKRDQST
IPRNLLKTDA		VLWQWAIWEA		AQFTVLSKLR		TPLGRAQDTF		QTIEGIIRSL
AAHTLNPDQD		VSQWTTADND		EGHGNNQLRL		VLLLQYLENL		EKLMYNAYEG
CANALTSPPK		VIRTFFYTNR		QTCQDWLTRI		RLSIMRVGLL		AGQPAVTVRH
GFDLLTEMKT		TSLSQGNELE		VTIMMVVEAL		CELHCPEAIQ		GIAVWSSSIV
GKNLLWINSV		AQQAEGRFEK		ASVEYQEHLC		AMTGVDCCIS		SFDKSVLTLA
NAGRNSASPK		HSLNGESRKT		VLSKPTDSSP		EVINYLGNKA		CECYISIADW
AAVQEWQNAI		HDLKKSTSST		SLNLKADFNY		IKSLSSFESG		KFVECTEQLE
LLPGENINLL		AGGSKEKIDM		KKLLPNMLSP		DPRELQKSIE		VQLLRSSVCL
ATALNPIEQD		QKWQSITENV		VKYLKQTSRI		AIGPLRLSTL		TVSQSLPVLS
TLQLYCSSAL		ENTVSNRLST		EDCLIPLFSE		ALRSCKQHDV		RPWMQALRYT
MYQNQLLEKI		KEQTVPIRSH		LMELGLTAAK		FARKRGNVSL		ATRLLAQCSE
VQLGKTTTAQ		DLVQHFKKLS		TQGQVDEKWG		PELDIEKTKL		LYTAGQSTHA
MEMLSSCAIS		FCKSVKAEYA		VAKSILTLAK		WIQAEWKEIS		GQLKQVYRAQ
HQQNFTGLST		LSKNILTLIE		LPSVNTMEEE		YPRIESESTV		HIGVGEPDFI
LGQLYHLSSV		QAPEVAKSWA		ALASWAYRWG		RKVVDNASQG		EGVRLLPREK
SEVQNLLPDT		ITEEEKERIY		GILGQAVCRP		AGIQDEDITL		QITESEDNEE
DDMVDVIWRQ		LISSCPWLSE		LDESATEGVI		KVWRKVVDRI		FSLYKLSCSA
YFTFLKLNAG		QIPLDEDDPR		LHLSHRVEQS		TDDMIVMATL		RLLRLLVKHA
GELRQYLEHG		LETTPTAPWR		GIIPQLFSRL		NHPEVYVRQS		ICNLLCRVAQ
DSPHLILYPA		IVGTISLSSE		SQASGNKFST		AIPTLLGNIQ		GEELLVSECE
GGSPPASQDS		NKDEPKSGLN		EDQAMMQDCY		SKIVDKLSSA		NPTMVLQVQM
LVAELRRVTV		LWDELWLGVL		LQQHMYVLRR		IQQLEDEVKR		VQNNNTLRKE
EKIAIMREKH		TALMKPIVFA		LEHVRSITAA		PAETPHEKWF		QDNYGDAIEN
ALEKLKTPLN		PAKPGSSWIP		FKEIMLSLQQ		RAQKRASYIL		RLEEISPWLA
AMTNTEIALP		GEVSARDTVT		IHSVGGTITI		LPTKTKPKKL		LFLGSDGKSY
PYLFKGLEDL		HLDERIMQFL		SIVNTMFATI		NRQETPRFHA		RHYSVTPLGT
RSGLIQWVDG		ATPLFGLYKR		WQQREAALQA		QKAQDSYQTP		QNPGIVPRPS
ELYYSKIGPA		LKTVGLSLDV		SRRDWPLHVM		KAVLEELMEA		TPPNLLAKEL
WSSCTTPDEW		WRVTQSYARS		TAVMSMVGYI		IGLGDRHLDN		VLIDMTTGEV
VHIDYNVCFE		KGKSLRVPEK		VPFRMTQNIE		TALGVTGVEG		VFRLSCEQVL
HIMRRGRETL		LTLLEAFVYD		PLVDWTAGGE		AGFAGAVYGG		GGQQAESKQS
KREMEREITR		SLFSSRVAEI		KVNWFKNRDE		MLVVLPKLDG		SLDEYLSLQE
QLTDVEKLQG		KLLEEIEFLE		GAEGVDHPSH		TLQHRYSEHT		QLQTQQRAVQ
EAIQVKLNEF		EQWITHYQAA		FNNLEATQLA		SLLQEISTQM		DLGPPSYVPA
TAFLQNAGQA		HLISQCEQLE		GEVGALLQQR		RSVLRGCLEQ		LHHYATVALQ
YPKAIFQKHR		IEQWKTWMEE		LICNTTVERC		QELYRKYEMQ		YAPQPPPTVC
QFITATEMTL		QRYAADINSR		LIRQVERLKQ		EAVTVPVCED		QLKEIERCIK
VFLHENGEEG		SLSLASVIIS		ALCTLTRRNL		MMEGAASSAG		EQLVDLTSRD
GAWFLEELCS		MSGNVTCLVQ		LLKQCHLVPQ		DLDIPNPMEA		SETVHLANGV
YTSLQELNSN		FRQIIFPEAL		RCLMKGEYTL		ESMLHELDGL		IEQTTDGVPL
QTLVESLQAY		LRNAAMGLEE		ETHAHYIDVA		RLLHAQYGEL		IQPRNGSVDE
TPKMSAGQML		LVAFDGMFAQ		VETAFSLLVE		KLNKMEIPIA		WRKIDIIREA
RSTQVNFFDD		DNHRQVLEEI		FFLKRLQTIK		EFFRLCGTFS		KTLSGSSSLE
DQNTVNGPVQ		IVNVKTLFRN		SCFSEDQMAK		PIKAFTADFV		RQLLIGLPNQ
ALGLTLCSFI		SALGVDIIAQ		VEAKDFGAES		KVSVDDLCKK		AVEHNIQIGK
FSQLVMNRAT		VLASSYDTAW		KKHDLVRRLE		TSISSCKTSL		QRVQLHIAMF
QWQHEDLLIN		RPQAMSVTPP		PRSAILTSMK		KKLHTLSQIE		TSIATVQEKL
AALESSIEQR		LKWAGGANPA		LAPVLQDFEA		TIAERRNLVL		KESQRASQVT
FLCSNIIHFE		SLRTRTAEAL		NLDAALFELI		KRCQQMCSFA		SQFNSSVSEL
ELRLLQRVDT		GLEHPIGSSE		WLLSAHKQLT		QDMSTQRAIQ		TEKEQQIETV
CETIQNLVDN		IKTVLTGHNR		QLGDVKHLLK		AMAKDEEAAL		ADGEDVPYEN
SVRQFLGEYK		SWQDNIQTVL		FTLVQAMGQV		RSQEHVEMLQ		EITPTLKELK
TQSQSIYNNL		VSFASPLVTD		ATNECSSPTS		SATYQPSFAA		AVRSNTGQKT
QPDVMSQNAR		KLIQKNLATS		ADTPPSTVPG		TGKSVACSPK		KAVRDPKTGK
AVQERNSYAV		SVWKRVKAKL		EGRDVDPNRR		MSVAEQVDYV		IKEATNLDNL
AQLYEGWTAW		V

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, кіназ, серин/треонінових протеїнкіназ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном марганцю. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Sanchez P., De Carcer G., Sandoval I.V., Moscat J., Diaz-Meco M.T. (1998). Localization of atypical protein kinase C isoforms into lysosome-targeted endosomes through interaction with p62. Mol. Cell. Biol. 18: 3069—3080. PMID 9566925 DOI:10.1128/MCB.18.5.3069
• Yamashita A., Ohnishi T., Kashima I., Taya Y., Ohno S. (2001). Human SMG-1, a novel phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinase, associates with components of the mRNA surveillance complex and is involved in the regulation of nonsense-mediated mRNA decay. Genes Dev. 15: 2215—2228. PMID 11544179 DOI:10.1101/gad.913001
• Denning G., Jamieson L., Maquat L.E., Thompson E.A., Fields A.P. (2001). Cloning of a novel phosphatidylinositol kinase-related kinase: characterization of the human SMG-1 RNA surveillance protein. J. Biol. Chem. 276: 22709—22714. PMID 11331269 DOI:10.1074/jbc.C100144200
• Diaz-Meco M.T., Municio M.M., Sanchez P., Lozano J., Moscat J. (1996). Lambda-interacting protein, a novel protein that specifically interacts with the zinc finger domain of the atypical protein kinase C isotype lambda/iota and stimulates its kinase activity in vitro and in vivo. Mol. Cell. Biol. 16: 105—114. PMID 8524286 DOI:10.1128/MCB.16.1.105
• Chiu S.-Y., Serin G., Ohara O., Maquat L.E. (2003). Characterization of human Smg5/7a: a protein with similarities to Caenorhabditis elegans SMG5 and SMG7 that functions in the dephosphorylation of Upf1. RNA. 9: 77—87. PMID 12554878 DOI:10.1261/rna.2137903
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Див. також

• Хромосома 16