SNW1

SNW1
Ідентифікатори
Символи	SNW1, Bx42, NCOA-62, PRPF45, Prp45, SKIIP, SKIP, SNW domain containing 1, SKIP1, FUN20
Зовнішні ІД	OMIM: 603055 MGI: 1913604 HomoloGene: 56557 GeneCards: SNW1
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • Notch binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • retinoic acid receptor binding • SMAD binding • vitamin D receptor binding • RNA binding • enzyme binding • androgen receptor binding Клітинна компонента • catalytic step 2 spliceosome • nuclear matrix • нуклеоплазма • cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex • spliceosomal complex • клітинне ядро • ядерні тільця • post-mRNA release spliceosomal complex • nuclear speck • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • Сигнальний шлях Notch • cellular response to retinoic acid • positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of retinoic acid receptor signaling pathway • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • mRNA processing • regulation of vitamin D receptor signaling pathway • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of neurogenesis • retinoic acid receptor signaling pathway • positive regulation of histone H3-K4 methylation • Сплайсинг РНК • positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • GO:0022415 viral process • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation by host of viral transcription • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • mRNA splicing, via spliceosome • generation of catalytic spliceosome for second transesterification step • positive regulation of transcription of Notch receptor target • positive regulation of Notch signaling pathway Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	22938	66354
Ensembl	ENSG00000100603	ENSMUSG00000021039
UniProt	Q13573	Q9CSN1
RefSeq (мРНК)	NM_012245 NM_001318844	NM_025507
RefSeq (білок)	NP_001305773 NP_036377	NP_079783
Локус (UCSC)	Хр. 14: 77.72 – 77.76 Mb	Хр. 12: 87.5 – 87.52 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SNW1 (англ. SNW domain containing 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 536 амінокислот, а молекулярна маса — 61 494.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MALTSFLPAP		TQLSQDQLEA		EEKARSQRSR		QTSLVSSRRE		PPPYGYRKGW
IPRLLEDFGD		GGAFPEIHVA		QYPLDMGRKK		KMSNALAIQV		DSEGKIKYDA
IARQGQSKDK		VIYSKYTDLV		PKEVMNADDP		DLQRPDEEAI		KEITEKTRVA
LEKSVSQKVA		AAMPVRAADK		LAPAQYIRYT		PSQQGVAFNS		GAKQRVIRMV
EMQKDPMEPP		RFKINKKIPR		GPPSPPAPVM		HSPSRKMTVK		EQQEWKIPPC
ISNWKNAKGY		TIPLDKRLAA		DGRGLQTVHI		NENFAKLAEA		LYIADRKARE
AVEMRAQVER		KMAQKEKEKH		EEKLREMAQK		ARERRAGIKT		HVEKEDGEAR
ERDEIRHDRR		KERQHDRNLS		RAAPDKRSKL		QRNENRDISE		VIALGVPNPR
TSNEVQYDQR		LFNQSKGMDS		GFAGGEDEIY		NVYDQAWRGG		KDMAQSIYRP
SKNLDKDMYG		DDLEARIKTN		RFVPDKEFSG		SDRRQRGREG		PVQFEEDPFG
LDKFLEEAKQ		HGGSKRPSDS		SRPKEHEHEG		KKRRKE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання. Локалізований у ядрі.

Література

• Dahl R., Wani B., Hayman M.J. (1998). The Ski oncoprotein interacts with Skip, the human homolog of Drosophila Bx42. Oncogene. 16: 1579—1586. PMID 9569025 DOI:10.1038/sj.onc.1201687
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zhou S., Fujimuro M., Hsieh J.J., Chen L., Hayward S.D. (2000). A role for SKIP in EBNA2 activation of CBF1-repressed promoters. J. Virol. 74: 1939—1947. PMID 10644367 DOI:10.1128/JVI.74.4.1939-1947.2000
• Prathapam T., Kuhne C., Banks L. (2001). The HPV-16 E7 oncoprotein binds Skip and suppresses its transcriptional activity. Oncogene. 20: 7677—7685. PMID 11753645 DOI:10.1038/sj.onc.1204960
• Prathapam T., Kuhne C., Banks L. (2002). Skip interacts with the retinoblastoma tumor suppressor and inhibits its transcriptional repression activity. Nucleic Acids Res. 30: 5261—5268. PMID 12466551 DOI:10.1093/nar/gkf658
• Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088

Див. також

• Хромосома 14