SUPT6H

SUPT6H
Ідентифікатори
Символи	SUPT6H, SPT6, SPT6H, emb-5, SPT6 homolog, histone chaperone, SPT6 homolog, histone chaperone and transcription elongation factor
Зовнішні ІД	OMIM: 601333 MGI: 107726 HomoloGene: 40661 GeneCards: SUPT6H
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0031493 histone binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • nucleosome binding • RNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро • нуклеоплазма • transcription elongation factor complex Біологічний процес • ремоделювання хроматину • negative regulation of histone H3-K27 methylation • mRNA transport • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of muscle cell differentiation • regulation of mRNA export from nucleus • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • mRNA processing • regulation of DNA-templated transcription, elongation • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК • regulation of isotype switching • GO:0022415 viral process • nucleobase-containing compound metabolic process • positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter • transcription by RNA polymerase II • transcription elongation from RNA polymerase II promoter • GO:0016584, GO:0001207, GO:0042766, GO:0001208, GO:0060303 nucleosome organization • mRNA transcription by RNA polymerase II • regulation of mRNA processing • GO:0015915 транспорт • blastocyst formation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6830	20926
Ensembl	ENSG00000109111	ENSMUSG00000002052
UniProt	Q7KZ85	Q62383
RefSeq (мРНК)	NM_003170 NM_001320755	NM_009297
RefSeq (білок)	NP_001307684 NP_003161	NP_033323
Локус (UCSC)	Хр. 17: 28.66 – 28.7 Mb	Хр. 11: 78.1 – 78.14 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SUPT6H (англ. SPT6 homolog, histone chaperone) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 726 амінокислот, а молекулярна маса — 199 073.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSDFVESEAE		ESEEEYNDEG		EVVPRVTKKF		VEEEDDDEEE		EEENLDDQDE
QGNLKGFIND		DDDEDEGEED		EGSDSGDSED		DVGHKKRKRT		SFDDRLEDDD
FDLIEENLGV		KVKRGQKYRR		VKKMSDDEDD		DEEEYGKEEH		EKEAIAEEIF
QDGEGEEGQE		AMEAPMAPPE		EEEEDDEESD		IDDFIVDDDG		QPLKKPKWRK
KLPGYTDAAL		QEAQEIFGVD		FDYDEFEKYN		EYDEELEEEY		EYEDDEAEGE
IRVRPKKTTK		KRVSRRSIFE		MYEPSELESS		HLTDQDNEIR		ATDLPERFQL
RSIPVKGAED		DELEEEADWI		YRNAFATPTI		SLQESCDYLD		RGQPASSFSR
KGPSTIQKIK		EALGFMRNQH		FEVPFIAFYR		KEYVEPELHI		NDLWRVWQWD
EKWTQLRIRK		ENLTRLFEKM		QAYQYEQISA		DPDKPLADGI		RALDTTDMER
LKDVQSMDEL		KDVYNHFLLY		YGRDIPKMQN		AAKASRKKLK		RVREEGDEEG
EGDEAEDEEQ		RGPELKQASR		RDMYTICQSA		GLDGLAKKFG		LTPEQFGENL
RDSYQRHETE		QFPAEPLELA		KDYVCSQFPT		PEAVLEGARY		MVALQIAREP
LVRQVLRQTF		QERAKLNITP		TKKGRKDVDE		AHYAYSFKYL		KNKPVKELRD
DQFLKICLAE		DEGLLTTDIS		IDLKGVEGYG		NDQTYFEEIK		QFYYRDEFSH
QVQEWNRQRT		MAIERALQQF		LYVQMAKELK		NKLLAEAKEY		VIKACSRKLY
NWLRVAPYRP		DQQVEEDDDF		MDENQGKGIR		VLGIAFSSAR		DHPVFCALVN
GEGEVTDFLR		LPHFTKRRTA		WREEEREKKA		QDIETLKKFL		LNKKPHVVTV
AGENRDAQML		IEDVKRIVHE		LDQGQQLSSI		GVELVDNELA		ILYMNSKKSE
AEFRDYPPVL		RQAVSLARRI		QDPLIEFAQV		CSSDEDILCL		KFHPLQEHVV
KEELLNALYC		EFINRVNEVG		VDVNRAIAHP		YSQALIQYVC		GLGPRKGTHL
LKILKQNNTR		LESRTQLVTM		CHMGPKVFMN		CAGFLKIDTA		SLGDSTDSYI
EVLDGSRVHP		ETYEWARKMA		VDALEYDESA		EDANPAGALE		EILENPERLK
DLDLDAFAEE		LERQGYGDKH		ITLYDIRAEL		SCRYKDLRTA		YRSPNTEEIF
NMLTKETPET		FYIGKLIICN		VTGIAHRRPQ		GESYDQAIRN		DETGLWQCPF
CQQDNFPELS		EVWNHFDSGS		CPGQAIGVKT		RLDNGVTGFI		PTKFLSDKVV
KRPEERVKVG		MTVHCRIMKI		DIEKFSADLT		CRTSDLMDRN		NEWKLPKDTY
YDFDAEAADH		KQEEDMKRKQ		QRTTYIKRVI		AHPSFHNINF		KQAEKMMETM
DQGDVIIRPS		SKGENHLTVT		WKVSDGIYQH		VDVREEGKEN		AFSLGATLWI
NSEEFEDLDE		IVARYVQPMA		SFARDLLNHK		YYQDCSGGDR		KKLEELLIKT
KKEKPTFIPY		FICACKELPG		KFLLGYQPRG		KPRIEYVTVT		PEGFRYRGQI
FPTVNGLFRW		FKDHYQDPVP		GITPSSSSRT		RTPASINATP		ANINLADLTR
AVNALPQNMT		SQMFSAIAAV		TGQGQNPNAT		PAQWASSQYG		YGGSGGGSSA
YHVFPTPAQQ		PVATPLMTPS		YSYTTPSQPI		TTPQYHQLQA		STTPQSAQAQ
PQPSSSSRQR		QQQPKSNSHA		AIDWGKMAEQ		WLQEKEAERR		KQKQRLTPRP
SPSPMIESTP		MSIAGDATPL		LDEMDR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до шаперонів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, транспорт, транспорт мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• Nagase T., Seki N., Ishikawa K., Tanaka A., Nomura N. (1996). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. V. The coding sequences of 40 new genes (KIAA0161-KIAA0200) deduced by analysis of cDNA clones from human cell line KG-1. DNA Res. 3: 17—24. PMID 8724849 DOI:10.1093/dnares/3.1.17
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Wu-Baer F., Lane W.S., Gaynor R.B. (1998). Role of the human homolog of the yeast transcription factor SPT5 in HIV-1 Tat-activation. J. Mol. Biol. 277: 179—197. PMID 9514752 DOI:10.1006/jmbi.1997.1601
• Winkler M., aus Dem Siepen T., Stamminger T. (2000). Functional interaction between pleiotropic transactivator pUL69 of human cytomegalovirus and the human homolog of yeast chromatin regulatory protein SPT6. J. Virol. 74: 8053—8064. PMID 10933715 DOI:10.1128/JVI.74.17.8053-8064.2000
• Yoh S.M., Cho H., Pickle L., Evans R.M., Jones K.A. (2007). The Spt6 SH2 domain binds Ser2-P RNAPII to direct Iws1-dependent mRNA splicing and export. Genes Dev. 21: 160—174. PMID 17234882 DOI:10.1101/gad.1503107
• Yoh S.M., Lucas J.S., Jones K.A. (2008). The Iws1:Spt6:CTD complex controls cotranscriptional mRNA biosynthesis and HYPB/Setd2-mediated histone H3K36 methylation. Genes Dev. 22: 3422—3434. PMID 19141475 DOI:10.1101/gad.1720008

Див. також

• Хромосома 17