Генеральний вікарій Львівської архідієцезії, від 1996 р. — також і Луцької дієцезії. 25 березня1998 р. папа Іван Павло II призначив єпископа Маркіяна Трофим'яка ординарієм Луцької дієцезії. Інгрес до луцького кафедрального собору св. Апостолів Петра і Павла відбувся 16 травня1998 р.
24 липня 2012 року Папа Римський прийняв зречення Маркіяна Трофим'яка з уряду ординарія Луцької дієцезії.